De voortplanting kan zeer gevarieerd zijn door het grote aantal verschillende organismen in dit fylum.Voortplanting vindt eerst plaats tussen twee tegenovergestelde geslachten. Een vrouwtje legt het ei en het mannetje bevrucht het met het sperma. Maar sommige weekdieren zijn hermafrodiet en hebben dus zowel het mannelijke als het vrouwelijke voortplantingssysteem. Zeeslakken en oesters kunnen herhaaldelijk van geslacht veranderen om hun kind te beschermen.
Bevruchting kan uitwendig of inwendig plaatsvinden. Uitwendige voortplanting komt het meest voor bij aquatische weekdieren. Het mannetje en het vrouwtje werpen hun eitje of sperma in het water en de bevruchting en ontwikkeling begint. Binnen 2-3 weken komt het eitje uit in een larve die trocofoor wordt genoemd. Trocoforen zijn bolvormig, peervormig en omgeven door trilharen. Ze gebruiken de trilharen om zwevende voedseldeeltjes op te zuigen. Na het trocofoorstadium ontwikkelen ze zich tot de veligerlarve en vormt zich een velum. Het velum wordt gebruikt om te zwemmen, zich te voeden en gas uit te wisselen. In dit stadium beginnen ze ook een voet te ontwikkelen. In dit stadium ontwikkelen ze ook hun volwassen kenmerken en worden ze miniatuur-volwassen dieren genoemd.
Enkele andere weekdieren planten zich inwendig voort, zoals landslakken. De bevruchting vindt in het vrouwtje plaats wanneer het sperma van het mannetje het eitje met succes heeft bevrucht. Bij sommige soorten legt het vrouwtje na de bevruchting het ei in het water. Wanneer het ei uitkomt, is er een larve of een volwassen miniatuurvisje gevormd. Deze larven doorlopen dezelfde stadia als de larven die door uitwendige voortplanting worden ontwikkeld, trocofoor en veliger. Bij andere weekdieren blijven de bevruchte eieren in het vrouwtje, waar ze tot volle ontwikkeling komen en dan worden geboren.