Nomenclatuur voor Muizenstammen

Een groot aantal GEMM stammen (Genetically Engineered & Mutant Mice) zijn congenische stammen. Congene stammen worden verkregen door een mutatie van een genetische achtergrond via herhaalde terugkruisingen over te brengen op een specifieke ingeteelde stam. Van de congene stam en de ingeteelde partner wordt verwacht dat zij op alle loci identiek zijn, behalve op de overgebrachte locus en een daaraan gekoppeld chromosoomsegment. De grootte van het segment en de mogelijkheid van overgedragen allelen op andere chromosomen hangen af van het aantal terugkruisingsgeneraties.

Een stam wordt als volledig congeen beschouwd na tien generaties terugkruisen (N10). Stammen met mutaties die gedurende ten minste vijf, maar minder dan tien generaties zijn teruggekruist op de achtergrondstam, worden echter beschouwd als beginnende congenische stammen en kunnen nuttig zijn in een verscheidenheid van onderzoeksgebieden.

De meeste stamnamen voor congenische muizen met spontane en gerichte mutaties, alsook voor enkele stammen congenisch voor histocompatibiliteitsloci, hebben om historische redenen niet de standaard congenische nomenclatuur gevolgd. In antwoord op de bezorgdheid van de wetenschappelijke gemeenschap over de oorsprong van genetische mutaties en verschillen in fenotype als gevolg van genetische achtergrond effecten, hebben het International Committee on Standardized Genetic Nomenclature for Mice en The Jackson Laboratory zich ertoe verbonden om deze inconsistenties te corrigeren.

Met ingang van 1 juni 2000, werd een groot aantal stamnamen van JAX® Mice veranderd om de stam van oorsprong van de mutatie aan te geven. Stammen zijn opgenomen onder hun nieuwe naam, met de oude namen aangegeven in de JAX ® Mice Database. Voorbeelden van deze naamsveranderingen worden hieronder gegeven. Congenic nomenclatuur wordt aangenomen zodra een stam de vijfde generatie van terugkruisen (N5) heeft bereikt, hoewel een stam niet wordt beschouwd als volledig congenic tot N10. Er is besloten de nomenclatuur van sommige stammen die meerdere allelen van verschillende oorsprong dragen, niet te wijzigen, hetzij wegens de wijze waarop de stam is gegenereerd, hetzij omdat de nomenclatuur extra verwarring zou veroorzaken. Aanvullende informatie over de oorsprong van transgenen en genetische mutaties kan worden gevonden via de JAX ® Mice Database door het uitvoeren van een zoekopdracht met behulp van het gen symbool of stamnummer van belang.

Nomenclatuur van congene stammen

Congene stammen worden aangeduid met een samengesteld symbool bestaande uit de gaststam (meestal afgekort), een punt, de donorstam (ook meestal afgekort), een koppelteken, en het gecursiveerde symbool van de differentiële locus of loci en allel(s) (bijv, B10.129P-H12b). Wanneer de donorstam geen inteelt is of complex is, wordt het symbool “Cg” gebruikt, dat congenic betekent. De congenic nomenclatuur wordt zowel op beginnende als op volledige congenics toegepast. Het generatienummer is opgenomen in de stamgegevens.

De genetische achtergrond van veel congenics is een mengsel van C57BL/6J en een 129 substam (aangeduid als B6;129, B6;129P, of B6;129S; zie uitleg die volgt op “Herziene Nomenclatuur voor Stam 129 Muizen”). Echter, de achtergrond van sommige congenic stammen is onbekend, afgeleid van meer dan twee stammen, of heeft genetische bijdragen van een onbekende of outbred bron. De achtergrond van dergelijke congenic stammen wordt vaak aangeduid als “STOCK”. Vroeger werden de meeste spontane en geïnduceerde mutaties die werden overgedragen door terugkruising van een gemengde achtergrond (b.v. B6;129 of STOCK) naar een ingeteelde achtergrond niet beschreven door de conventionele congenische nomenclatuur. Veel Genetisch Gemanipuleerde en Mutant Muizen stamnamen zijn echter herzien om duidelijker de oorsprong van een mutatie aan te geven (bijv. B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

Het Jackson Laboratory levert een groot aantal histocompatibiliteit congenic stammen. In sommige gevallen zijn meerdere lijnen afgeleid van dezelfde donor stam en worden onderscheiden door een nummer en/of letter tussen haakjes (bijv. B10.129P-H11b(10M)/SnJ en B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

In, 2000, veranderde een groot aantal JAX ® Mice stam namen om de stam van herkomst van de mutatie aan te geven. Voorbeelden van wijzigingen in de nomenclatuur

Voorbeeld 1.

Note: Deze stamnaam mag niet worden verward met die van een mutatie op een gemengde B6;129P genetische achtergrond, waarbij de stamafkortingen in de naam worden gescheiden door een puntkomma in plaats van een punt (zie voorbeeld 5). Zowel in onze gedrukte literatuur als op onze website hebben wij aanvullende informatie (stamtype, controle-informatie, achtergrond- en donorstammen, en generatienummer) opgenomen in de gegevens over de congenic stammen om de genetische achtergrond duidelijker af te bakenen.

Voorbeeld 2.

Note: De Cg (voor congenic) wordt gebruikt wanneer er meerdere donorstammen zijn of wanneer de donorstam een gemengde genetische achtergrond heeft.

Voorbeeld 3.

Noot: In dit voorbeeld wordt de Cg gebruikt om niet te suggereren dat beide mutaties op DBA/J zijn ontstaan, terwijl wel wordt aangetoond dat de mistige (m) vachtkleurmarker en de diabetes (Leprdb) mutatie elkaar blijven afstoten.

Voorbeeld 4.

Noot: Aanvullend bijdragend genetisch materiaal kan tussen haakjes na de donorstam worden vermeld. In dit voorbeeld is een gerichte mutatie overgebracht van een gemengde B6;129P-achtergrond naar een derde ingeteelde stam. De genomische regio die het doelgen flankeert is 129P2-achtig vanwege de oorsprong van de ES-cellijn, maar een onbekend deel van het genoom van de stam kan van C57BL/6-oorsprong zijn. De hoeveelheid DNA van de donorstam, zowel gekoppeld als niet-gekoppeld aan de differentiële locus, neemt af met toenemende generaties terugkruisen.

Stam met een mutatie uitgevoerd op een gemengde genetische achtergrond

Voorbeeld 5.

Note: Dit is geen congenic, maar eerder een mengsel van C57BL/6 en 129P2 (van ES cellijn) en segregeert dus allelen van deze twee stammen. De komma tussen stamafkortingen werd vervangen door een puntkomma om een duidelijker onderscheid te maken met de punt in de congenische nomenclatuur.

Stam met nomenclatuur die niet is gewijzigd, maar die allelen van verschillende oorsprong draagt

Voorbeeld 6.

Noot: Deze stam is verkregen door het paren, niet terugkruisen, van drie individuele congene stammen met verschillende allelen, reeds op een C57BL/6J genetische achtergrond (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a, en B6.CAST-Gpi1).