In deze studie karakteriseren we de genetische diversiteit en relaties tussen de Sjiitische en Soennitische moslimpopulaties van Noord-India en geografisch gerichte naburige en globale populaties. We onderzochten een aantal parameters van populatiegenetisch en forensisch belang op basis van de allelfrequenties van 15 autosomale STR loci (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818, en FGA). Alle bestudeerde loci waren consistent met het Hardy-Weinberg-evenwicht, behalve loci D18S51 en FGA voor beide moslimpopulaties, zelfs na toepassing van de Bonferroni-correctie. De gecombineerde power of exclusion en de gecombineerde power of discrimination waarden voor alle 15 STR loci waren 0.9999 en >0.99999, respectievelijk, in beide Moslim populaties. De gen-diversiteitswaarden varieerden van 0.6784 (TPOX) tot 0.9027 (FGA) voor Shia Moslims en van 0.7152 (CSF1PO) tot 0.9120 (D18S51) voor Sunni Moslims. De waargenomen heterozygositeit (H(o)) varieerde van 0.5833 (D18S51) tot 0.8595 (VWA) bij Shia Moslims en van 0.6818 (CSF1PO) tot 0.8333 (D21S11) bij Sunni Moslims en was lager dan de verwachte heterozygositeit (H(e)) voor 11 van de 15 getypeerde STRs. We analyseerden de genetische verwantschap van de sjiitische en soennitische moslimpopulaties met hun geografisch dichtstbijzijnde naburige Noord-Indiase, Midden-Oosterse, Oost-Aziatische en Europese populaties met behulp van methoden op basis van afstand, waaronder buur-toetredingsbomen en multidimensionale schaling. Bovendien schatten we de genetische bijdrage van de vermeende ouderpopulaties in de analyse aan de genenpool van sjiieten en soennieten met behulp van admixture-analyse. Hoewel we een zekere mate van genetische bijdrage van Iran aan beide moslimpopulaties hebben waargenomen, suggereren de resultaten van de fylogenetische analyses op basis van autosomale STRs genetische verwantschap met enkele van de geografisch dichtstbijzijnde naburige Hindoe-religieuze populaties.