Karaktermatrices

Characters en Karaktermatrices

Characters en hun karaktertoestanden zijn middelen om de kenmerken van organismen te beschrijven. Mesquite ondersteunt karakters waarvan de toestanden categorisch (discreet en niet noodzakelijk geordend), continu (decimaal gewaardeerde metingen) of meristisch (tellingen) zijn. Er bestaan speciale versies van categorische tekens voor DNA-, RNA- en eiwitsequentiegegevens. Zie voor meer details over deze soorten tekens de pagina’s over moleculaire en continue tekens. Andere categorische karakters dan moleculaire karakters kunnen 55 toestanden hebben. Meristische karakters zijn gehele getallen (en kunnen negatief zijn).

Karakters kunnen bestaan binnen matrices die in een gegevensbestand zijn opgeslagen. Zo kan in één matrix een reeks categorische tekens worden opgeslagen om fenotypische kenmerken te beschrijven. In een aparte matrix kunnen doorlopende tekens worden opgeslagen die metingen aan organismen beschrijven, terwijl in een derde matrix DNA-sequentiegegevens kunnen worden opgeslagen, waarbij elke uitgelijnde plaats als een teken wordt behandeld (Mesquite behandelt momenteel niet-uitgelijnde gegevens alsof ze zijn uitgelijnd, hoewel de uitlijning kan worden genegeerd). Elke matrix mag slechts één type karakter hebben, maar een gegevensbestand kan meer dan één matrix bevatten.

Characters kunnen ook buiten matrices bestaan. Karakters kunnen bijvoorbeeld worden gecreëerd door simulaties en randomisaties of door ordinaties en direct in berekeningen worden gebruikt, zonder op enig moment in een matrix te worden vastgelegd en in een bestand te worden opgeslagen. De “Bron van tekens” die voor een berekening wordt gebruikt kunnen dus matrices zijn die in het bestand zijn opgeslagen, of tekens die tijdens de berekening worden gegenereerd door simulaties of randomisaties, of ordinaties. Om deze reden vraagt Mesquite standaard welke “Source of Characters” gebruikt moet worden wanneer tekens of matrices nodig zijn. Omdat sommige beginnende gebruikers deze vraag verwarrend kunnen vinden, kunt u Mesquite zo instellen dat het standaard Stored Characters of Stored Matrices kiest, zonder te vragen, door het item “Use Stored Characters/Matrices by Default” te selecteren in het Defaults submenu van het File menu.

Het grootste deel van deze handleiding pagina betreft karakters/matrices opgeslagen in het data bestand.

• Typen tekenmatrices
• Een tekenmatrix maken
• Wissen en hernoemen van tekenmatrices
• De tekenmatrixeditor
  • Ontbinden
  • Toevoegen, verwijderen, hernoemen en sorteren van taxa en tekens
  • Invoeren van tekengegevens
  • Selecteren van taxa, tekens en cellen van de matrix
  • Zoeken in de matrix
  • Kopiëren/plakken
  • Namen van tekens en staten bewerken
  • Anotaties
  • Cellen van de matrix kleuren
  • Alteraties en transformaties
• De attributen van tekens wijzigen
• Informatie over tekens in kaart brengen
• Alle tekenmatrices in kaart brengen

Typen tekenmatrices

De standaardtypen tekenmatrices die in Mesquite beschikbaar zijn, zijn:

• Standaard Categorische Matrices – Staten zijn discreet, niet noodzakelijk geordend. Karakters kunnen tot 55 toestanden hebben, waarvan de symbolen standaard zijn 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Polymorfismen (b.v. toestand 0 en 2) worden aangegeven met 0&2; onzekerheid (b.v. toestand 0 of 2) wordt aangegeven met 0/2. Een volledig onbekende toestand wordt standaard aangegeven met ?. Als het teken niet van toepassing is op dat taxon, is het symbool standaard -. Toestandsnamen kunnen worden toegewezen met behulp van Edit State Names.
  
• DNA/RNA-matrices – Vier toestanden, A, C, G, T of A, C, G, U. Standaard meerduidigheidscodes (bijv. R = A of G) kunnen worden gebruikt. Standaard is onbekende staat ?, hiaat is -. Meer informatie over het bewerken van DNA-gegevens wordt hier gegeven.
  
• Eiwitmatrices – Standaardsymbolen voor aminozuren. Standaard is onbekende staat ?, gat is -. Meer informatie over het bewerken van eiwitgegevens wordt hier gegeven.
• Continue matrices – Toestanden zijn continue waarden (bijv. 1,02, 3e-4). Een matrix kan meerdere items hebben, zoals x, y of min, max. Items kunnen worden toegevoegd met behulp van de menu-items onder Matrix>Gebruiksvormen, of met behulp van het matrix-informatiepaneel (weergegeven met de blauwe “i” links onderaan de matrix). Een speciaal type continue matrix, Geografisch, heeft twee tekens (breedtegraad, lengtegraad). Meer informatie over continue gegevens vindt u hier.
  
• Meristische matrices – Staten zijn gehele getallen (en kunnen negatief zijn). Als het teken niet van toepassing is op dat taxon wordt dit aangegeven met een x, en niet met “-” zoals in andere gegevenstypen, om verwarring met het minteken te voorkomen. Ontbrekende gegevens worden aangegeven met een vraagteken (?). Meristische matrices kunnen meerdere items bevatten, die kunnen worden toegevoegd met behulp van het matrixinformatiepaneel (weergegeven met de blauwe “i” linksonder in de matrix).
  

Een tekenmatrix maken

Er zijn verschillende manieren om een tekenmatrix te maken die in het bestand moet worden opgeslagen. Het eenvoudigst is het om een lege matrix te maken door te kiezen voor Tekens>Nieuwe lege matrix. In het dialoogvenster dat verschijnt, geeft u de tekenmatrix een naam en specificeert u het aantal tekens. U zult ook moeten kiezen welk soort gegevens de matrix zal bevatten (standaard categorisch, DNA (of RNA) sequentiegegevens, continu, of eiwitsequentiegegevens). Normaal gesproken maakt u een lege matrix als u waarnemingen over organismen gaat invoeren.

Het is ook mogelijk om tekenmatrices te maken die al gevuld zijn met tekenstatussen. Als u bijvoorbeeld een duplicaat van een bestaande tekenmatrix wilt maken, selecteert u Tekens>Nieuwe matrix maken van>Bestaande matrices. Als u een matrix wilt maken van de inhoud van het klembord, selecteert u Tekens>Nieuwe matrix maken van>Klembord. Andere keuzes beschikbaar onder Characters>Make New Matrix From> stellen u in staat matrices te maken en op te slaan die het resultaat zijn van simulaties van karakter evolutie, randomisaties van bestaande matrices, of andere bronnen.

Personagematrices kunnen ook uit bestanden worden gelezen, inclusief die in NEXUS en andere formaten die kunnen worden geïmporteerd.

Verwijderen en hernoemen van matrices

Er zijn drie plaatsen waar u tekenmatrices kunt hernoemen en verwijderen: in de tekenmatrixeditor, in het venster Lijst van tekenmatrices, en in het Projectpaneel.

In de tekenmatrixeditor heeft het submenu Huidige matrix bovenin het matrixmenu menu-items voor het hernoemen of verwijderen van de matrix die in het venster wordt getoond.

In het venster Lijst van tekenmatrices (beschikbaar in het menu Tekens) kunt u de naam van een matrix wijzigen door de naam rechtstreeks te bewerken. Om matrices te verwijderen, selecteert u de rijen die corresponderen met de matrices die u wilt verwijderen, en selecteert u List>Delete Selected Character Matrices.

Om de naam van een matrix te wijzigen vanuit het Project Panel aan de linkerkant van uw venster, raakt u de naam van de matrix aan totdat een drop down menu verschijnt:

Kies Matrix hernoemen uit dit menu om de matrix te hernoemen. U kunt dit vervolgkeuzemenu ook gebruiken om een matrix te verwijderen.

De tekenmatrixeditor

Als u eenmaal een tekenmatrix hebt, kunt u deze bewerken met Mesquite’s tekenmatrixeditor, die u bovenin het menu Tekens vindt. Dit is een spreadsheet editor, vergelijkbaar met MacClade’s. Hoewel de Mesquite editor continue data kan verwerken en speciale utilities heeft, bijvoorbeeld om matrices te vergelijken, mist het de geavanceerde functies van MacClade voor het bekijken en aligneren van moleculaire sequentie data. Omdat MacClade en Mesquite het NEXUS bestandsformaat delen, zult u voor de meeste gegevensbestanden in staat zijn om matrices te bewerken in een van beide programma’s om te gebruiken in het andere. Hieronder staan instructies voor het bewerken van een karakter matrix. De meeste bewerkingen kunnen worden gedaan in de Character Matrix Editor, maar sommige veranderingen kunnen worden gemaakt in andere vensters.

De tekenmatrix editor wordt bestuurd door de Matrix en Select menu’s, en door de gereedschappen in het palet links. Het Matrix menu bevat items om kolombreedtes te veranderen (het Display submenu), de celkleuring te veranderen, en om de tekengegevens te wijzigen.

U kunt een paneel opvragen om informatie over de matrix en de tekens te tonen door de blauwe “i” () rechtsboven of linksonder in de matrix aan te raken.

U kunt meer dan één Matrix Editor zichtbaar hebben voor het werken aan dezelfde matrix. Om een tweede editor te krijgen, kies Extra Matrix Editor uit het Characters menu. Dit kan handig zijn als je de editors op verschillende standpunten wilt zetten (b.v. een op Vogels oog standpunt, of gekleurd als vertaald naar eiwit).

Merk op dat momenteel veel wijzigingen die je in een tekenmatrix aanbrengt, niet ongedaan kunnen worden gemaakt!

De tekenmatrixeditor met morfologische gegevens
De tekenmatrixeditor met DNA-sequenties

Er zijn knoppen linksonder in de tekenmatrixeditor om het venster Lijst van tekens () en het venster Lijst van taxa () te openen. Omgekeerd heeft het venster Lijst van tekens een knop () om de Karaktermatrix-editor te tonen.

Ongedaan maken

Mesquite’s tekenmatrix editor heeft een mogelijkheid om de laatst gemaakte wijziging ongedaan te maken, afhankelijk van wat die wijziging was. U kunt Ongedaan maken opvragen in het Edit menu. Momenteel kan het verwijderen van een karakter niet ongedaan worden gemaakt, net zo min als het verwijderen van een taxa. We werken aan een uitbreiding van wat ongedaan gemaakt kan worden. (Als het onvermogen om ongedaan te maken je zorgen baart, zou je automatische NEXUS backups kunnen aanzetten in het Defaults submenu van het File menu, en regelmatig opslaan).

Taxa en tekens toevoegen, verwijderen, hernoemen, samenvoegen en sorteren

Er zijn verschillende methoden om taxa of tekens aan een bestaande matrix toe te voegen. Om taxa toe te voegen, kiest u (Character Matrix) Matrix>Add Taxa… of (Taxa) List>Add Taxa… om taxa toe te voegen aan het eind van de matrix, of u gebruikt het gereedschap Add Taxa () in de tekenmatrix om taxa toe te voegen op het punt in de matrix dat wordt aangeraakt. Om tekens toe te voegen kiest u (Tekenmatrix) Matrix>Tekens toevoegen… om tekens aan het eind van de matrix toe te voegen, of u gebruikt het gereedschap Tekens toevoegen () in de tekenmatrix om tekens toe te voegen op het punt in de matrix dat wordt aangeraakt.

Om bestaande taxa te verwijderen, selecteer de taxa in het Taxa Lijst Venster (door het nummer van het taxon uiterst links aan te raken), en kies (Taxa) Lijst>Verwijder Geselecteerde Taxa, of selecteer de hele rij voor de te verwijderen taxa (door het nummer van het taxon uiterst links aan te raken) in de Karakter Matrix en kies (Karakter Matrix) Matrix>Verwijder Geselecteerde.

Om bestaande tekens te verwijderen, selecteer de tekens in het venster Lijst van tekens (door het nummer van het teken uiterst links aan te raken), en kies (Tekens) Lijst>Verwijder geselecteerde tekens, of selecteer de hele rij voor de te verwijderen tekens (door het nummer van het teken uiterst links aan te raken) in de tekenmatrix en kies (Tekenmatrix) Matrix>Verwijder geselecteerde tekens.

Om de naam van taxa of tekens te wijzigen, kiest u het I-balk gereedschap () in het Taxa Lijst Venster, Lijst van tekens Venster, of Karaktermatrix Venster, selecteert u de naam die moet worden gewijzigd, en typt u de nieuwe naam.

Taxa kunnen worden samengevoegd met behulp van Merge Taxa in het Taxon Utilities submenu van het Matrix menu. Dit zal ook hun karakterstaten in eventuele matrices samenvoegen. Als de twee taxa dezelfde toestanden hebben, wordt deze toestand gebruikt voor het samengevoegde taxon. Als een van de twee taxa ontbrekende gegevens of een hiaat (niet van toepassing) heeft, maar de andere heeft een toestand, dan wordt de toestand van de ander gebruikt (bijv. ? + A = A). Als de ene een leemte heeft en de andere ontbrekende gegevens, is het resultaat ontbrekende gegevens. Als de twee taxa verschillende toestanden hebben die enkelvoudig of polymorf zijn, resulteert dat in een polymorfisme (bv. A + G = A&G). Als de twee taxa verschillende toestanden hebben en ten minste één daarvan ambigu is, resulteert dat in een onzekerheid, tenzij de ambiguïteit volledig besloten ligt in het polymorfisme van de ander (bijv. A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

Om de volgorde van tekens te veranderen, kunt u hele tekens selecteren en verslepen in het venster Lijst van tekens of de tekenmatrixeditor. U kunt ook het sorteergereedschap () gebruiken om tekens automatisch te sorteren in alfabetische of numerieke volgorde van de kolom of rij waarop u in deze vensters drukt.

Invoeren van tekengegevens

U kunt tekengegevens invoeren per cel, of met behulp van gereedschappen waarmee u meerdere cellen tegelijk kunt invoeren. De beschikbare hulpmiddelen worden in de volgende tabel weergegeven.

	Tool	Action
	I-beam	Selecteert een afzonderlijke cel en stelt u in staat de inhoud van de cel te bewerken zoals u dat met elke standaardtekst zou doen.
	Selecteren en typen	Als dit gereedschap actief is, wordt door het typen van een toets die ene waarde in alle geselecteerde cellen ingevoerd. Cellen kunnen met dit gereedschap worden geselecteerd; door de Shift- of Command-toets ingedrukt te houden, kunnen meerdere cellen worden geselecteerd.
	Verfemmer	Met dit gereedschap kan een blok cellen snel worden gevuld met een bepaalde toestand. De toestand (“verf”) kan worden gekozen door de pipet aan te raken op een cel met de juiste toestand, of door Vulstaten instellen te kiezen in het vervolgkeuzemenu van de verfemmer.
	Eye Dropper	Dit gereedschap stelt, wanneer het op een cel in de matrix wordt aangeraakt, de “verf” van de Paint Bucket in op de toestanden in die cel.

Selecteren van taxa, tekens en cellen van de matrix

Mesquite heeft verschillende gereedschappen voor het selecteren van taxa, tekens of gegevenscellen, zoals in de volgende tabel wordt beschreven.

	Tool	Action
	Arrow	Selecteert afzonderlijke of meerdere cellen. Als u cellen aan een bestaande selectie wilt toevoegen of ervan wilt aftrekken, houdt u de Command-toets (of Apple-toets) ingedrukt terwijl u een cel aanraakt. Als u een selectie wilt uitbreiden tot een blok cellen, houdt u de Shift-toets ingedrukt terwijl u een cel aanraakt.
	Wand	Als standaardinstelling worden alle cellen geselecteerd die dezelfde gewaardeerde status hebben als de aangeraakte cel. Dat wil zeggen, als je de hand op een cel met status “1” legt, worden alle cellen in de hele matrix met status “1” geselecteerd. Met behulp van het drop-down menu kunt u echter vragen om alle cellen te selecteren met een waarde groter dan de aangeraakte, of kleiner dan. Standaard selecteert dit gereedschap cellen in de hele matrix. Met behulp van het uitklapmenu kunt u vragen om de selectie te beperken tot een enkel taxon, of een enkel teken. Door de Shift-toets ingedrukt te houden, wordt de nieuwe cel aan de bestaande selectie toegevoegd. Als u de Command-toets (of Apple-toets) ingedrukt houdt, worden de nieuwe cellen aan de bestaande selectie toegevoegd als u een cel aanraakt die nog niet is geselecteerd, en worden de cellen uit de bestaande selectie verwijderd als de cel al is geselecteerd.
	Taxon Wand	In de standaardinstelling worden alle taxa geselecteerd die in het aangeraakte teken dezelfde toestand hebben als in de aangeraakte cel. Met behulp van het drop-down menu kunt u echter vragen om alle taxa te kiezen met een waarde groter dan de aangeraakte, of kleiner dan. Door de Shift-toets ingedrukt te houden, worden de nieuwe taxa aan de bestaande selectie toegevoegd. Als u de Command-toets (of Apple-toets) ingedrukt houdt, wordt de nieuwe taxa aan de bestaande selectie toegevoegd als u een taxon aanraakt dat nog niet is geselecteerd, en wordt de taxa uit de bestaande selectie verwijderd als het taxon al is geselecteerd.
	Character Wand	In de standaardinstelling worden alle tekens geselecteerd die binnen het aangeraakte teken dezelfde status hebben als die in de aangeraakte cel. Met behulp van het uitklapmenu kunt u echter vragen om alle tekens te kiezen met een waarde groter dan het aangeraakte teken, of kleiner dan. Door de Shift-toets ingedrukt te houden, worden de nieuwe tekens aan de bestaande selectie toegevoegd. Als u de Command-toets (of Apple-toets) ingedrukt houdt, worden de nieuwe tekens aan de bestaande selectie toegevoegd als u een teken aanraakt dat nog niet is geselecteerd, en worden de tekens uit de bestaande selectie verwijderd als het teken al is geselecteerd.

Taxa, tekens en cellen kunnen ook worden geselecteerd met behulp van items in het menu Selecteren van de tekenmatrixeditor. Hiermee kunt u variabele tekens selecteren, reeksen selecteren die overeenkomen met een momenteel geselecteerd reek, de huidige selectie omkeren en andere wijzigingen in de selectie aanbrengen.

De matrix doorzoeken

De inhoud van de matrix kan op twee manieren worden doorzocht. Ten eerste kan het zoekveld bovenin het venster worden ingesteld op Zoeken op gegevens (door op het kleine pictogram te klikken totdat het verschijnt als ). Vervolgens kunt u een zoekterm invoeren en op return drukken.

Ten tweede kunt u de matrix doorzoeken met de opdrachten Zoeken in het menu Bewerken, en Selecteren door Zoeken in het menu Selecteren. In het menu Bewerken selecteert u met Zoeken op tekenreeks… de eerste instantiecel in de matrix die de opgegeven tekenreeks bevat. Het doorzoekt eerst de taxonnamen, de tekennamen en de tekenstatussen binnen de matrix. U kunt volgende instanties vinden met de opdracht Opnieuw zoeken. Alles zoeken selecteert alle cellen die een gegeven tekenreeks bevatten. Voetnoot zoeken werkt als String zoeken, maar markeert cellen die voetnoten met de gegeven tekst bevatten. (Om tekst in de uitgebreidere Annotaties te vinden, moet u een annotatie-venster oproepen met het gereedschap Annoteren (potlood) in de tekenmatrixeditor, en vervolgens Annotatie zoeken kiezen in het menu Notities.)

Kopiëren/plakken

U kunt taxon- en tekennamen kopiëren van het ene gebied van de matrix naar het andere en van de ene matrix naar de andere. U kunt ook een of meer cellen in de matrix kopiëren naar het Klembord, en deze plakken in een ander gebied van de matrix, of in een andere matrix. Mesquite staat het toe om discontinue selecties te maken, zolang het aantal cellen dat geselecteerd is in het eerste taxon dat geselecteerd is tijdens het kopiëren hetzelfde is als het aantal cellen dat geselecteerd is in het eerste taxon dat geselecteerd is tijdens het plakken, en hetzelfde voor de volgende taxa. Dat wil zeggen, als je twee cellen selecteert in taxon 3, één cel in taxon 5, en vier cellen in taxon 7, en dit kopieert naar het Klembord, dan moet je bij het plakken twee cellen selecteren in het eerste taxon om te plakken, één in het volgende, en vier in het laatste.

Mesquite zal je niet toestaan een blok cellen in de matrix te plakken terwijl je een anders gevormd blok in de matrix hebt geselecteerd. Als u dat toch probeert, zal Mesquite aanbieden om de selectie te wijzigen, zodat deze hetzelfde aantal cellen omvat als in de selectie. U kunt dan opnieuw proberen te plakken.

Namen van tekens en staten bewerken

Namen van tekens kunnen worden toegewezen door de kolomkoppen in de tekenmatrixeditor te bewerken, of door de namen van de tekens rechtstreeks in het venster Lijst van tekens te bewerken.

De Toestandsnamen-editor, beschikbaar door te kiezen voor (Character Matrix) Matrix>Toestandsnamen bewerken, stelt u in staat om de toestanden van categorische tekens een naam te geven. Deze is niet beschikbaar als uw matrix is gespecificeerd als nucleotide- of eiwitgegevens. U kunt de oriëntatie (toestanden per teken, of tekens per toestand) van de staatsnamen-editor wijzigen door de dubbele pijl linksboven in het venster aan te raken. Voetnoten kunnen aan bepaalde toestanden worden toegevoegd door de toestand te selecteren en de voetnoot in te typen in het annotatiegebied onderin het venster.

Anotaties

U kunt annotaties aanbrengen in de tekenmatrix door eenvoudige voetnoten, uitgebreidere annotaties, of kleuren aan de taxa, tekens of cellen van de matrix toe te voegen. Eenvoudige voetnoten kunnen worden toegevoegd door de cel te selecteren met het pijl- of I-gereedschap, dan naar het witte annotatiegebied onderin het venster te gaan en de voetnoot in te voeren. Uitgebreidere annotaties en kleuren kunnen worden toegevoegd met behulp van het Annotaties-paneel, dat beschikbaar is door Annotaties-paneel tonen te selecteren in het Matrix-menu. Momenteel zijn de voetnoten en annotatiesystemen gescheiden in Mesquite – de voetnoten verschijnen in het annotatiegebied onderaan veel vensters; de uitgebreide annotaties verschijnen in een paneel dat in de tekenmatrixeditor is ingebed. Een voorbeeld databestand met annotaties staat in Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Het paneel met annotaties verschijnt rechts in het venster, als volgt:

Het bovenstaande annotaties-paneel toont de annotaties (indien aanwezig) die zijn geassocieerd met een bepaald taxon, karakter of cel in de matrix (afhankelijk van wat is geselecteerd met het annotatiegereedschap (potlood)). Notities kunnen worden toegevoegd of verwijderd met de (+) of prullenbak knoppen linksboven. Aan elke noot kan een afbeelding worden toegevoegd, en labels kunnen aan de afbeeldingen worden toegevoegd met behulp van de I-balk cursor. Om het uiterlijk van deze labels te regelen, klik met de rechtermuisknop of control-klik op het label om een uitklapmenu te krijgen waarmee het lettertype, de kleur en andere eigenschappen van het label kunnen worden aangepast. De aanwijzer van het label kan worden verplaatst met het Aanpassen aanwijzer gereedschap. Andere functies van de annotaties zijn toegankelijk via het Annotaties submenu van het Matrix menu. U kunt naar annotaties zoeken die tekst bevatten met het menu-item Find Annotation van het submenu Annotations.

Cellen van de matrix kleuren

Cellen of hun tekst kunnen gekleurd worden. De standaard achtergrondkleur voor cellen wordt gekozen in het (Character Matrix) Matrix>Achtergrondkleur submenu. Kleuren om verschillende cellen te onderscheiden kunnen worden gespecificeerd met de items in de (Character Matrix) Matrix>Color Cells en (Character Matrix) Matrix>Color Text submenu’s. Deze submenu’s specificeren de kleur die moet worden gebruikt voor de achtergrond van de cel, of voor de tekst in de cel, volgens de volgende criteria:

• Character value – Een cel wordt gekleurd volgens een waarde voor het gehele karakter, zoals parsimony character steps.
• Cell value – Een cel wordt gekleurd volgens een waarde voor die specifieke cel. Bij DNA-sequentiegegevens kunnen de cellen bijvoorbeeld blauw worden gekleurd als de plaats G of C is, wit als A of T is. Door (Tekenmatrix) Matrix>Verplaatsingsvenster (voor kleuren)… te selecteren, kunt u de grootte van het verplaatsingsvenster instellen waarover het GC-gehalte wordt gemiddeld. Andere celwaarden zijn beschikbaar voor aminozuureigenschappen (b.v, hydrofobicity)
• Excluded – Een cel wordt grijs gekleurd als het teken ervan is uitgesloten.
• Footnote present- Een cel wordt groen gekleurd als het een footnote heeft.
• Character State – Een cel wordt gekleurd volgens de tekenstatus (bijv. verschillende kleuren voor A, C, G, T)
• Anotatie bijgevoegd – Een cel wordt groen gekleurd als er annotatie (geen voetnoten, maar de volledige complexe annotaties) bijgevoegd zijn.
• Toegewezen kleuren – Een cel wordt getoond met kleur zoals toegewezen door het penseelgereedschap (). Om een kleur aan een cel toe te kennen, klikt u met het penseel op de cel. Houd de toets in het gereedschapspalet ingedrukt om een menu te krijgen waarmee u de gebruikte kleur kunt selecteren, kleuren kunt verwijderen of alle geselecteerde cellen kunt kleuren.

Wanneer cellen gekleurd zijn, kunt u een legenda voor de kleuren opvragen door Show Color Legend te selecteren in het Matrix menu, of door de kleine knop () aan te raken linksonder in de Matrix Editor (onder de taxon namen). Als u dubbelklikt op een kleur in de matrix, gaat de editor naar een cel met die kleur.

Wijzigingen en transformaties

In het menu Wijziging/Transformatie van het Matrix-menu kunt u de cellen of tekens van een matrix wijzigen:

• Vullen van geselecteerde cellen met een gespecificeerde toestand: Kies (Karaktermatrix) Matrix>Alter/Transformeren>Vullen
• Vullen van geselecteerde cellen met willekeurige toestanden met gelijke frequentie voor alle toestanden: Kies (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
• Herschik de toestanden binnen een karakter op willekeurige wijze onder de geselecteerde taxa: Kies (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Shuffle states among taxa
• Voor sequentiegegevens van nucleotiden, zet u de gegevens in elke cel om in hun complement: Kies (Tekenmatrix) Matrix>Alter/Transform>Nucleotidecomplement
• Een geselecteerde moleculaire sequentie omkeren: Kies (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence
• Het verwijderen van tekens die uit niets anders bestaan dan gaten: Kies (Tekenmatrix) Matrix>Alter/Transformatie>Verwijder tekens die alleen uit hiaten bestaan
• Verwijder invariante tekens: Kies (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Invariant Characters

De attributen van karakters wijzigen

Een karakter kan, behalve dat het toestanden toegewezen heeft gekregen in elk van de terminale taxa, ook nog andere attributen hebben. Een karakter wordt bijvoorbeeld aangemerkt als inbegrepen of uitgesloten, en er worden aannames aan toegekend, zoals een gewicht en een parsimony evolutiemodel. Deze attributen worden in diverse berekeningen gebruikt. Zij kunnen worden toegekend in de vensters Lijst van tekens, beschikbaar in het menu Tekens.

In het venster Lijst van tekens verwijzen de kolommen naar inclusie, parsimony-model en waarschijnlijkheidsmodel (voor waarschijnlijkheidsberekeningen). Andere kolommen kunnen worden opgevraagd voor Groepslidmaatschap, Gewicht, en (voor DNA-gegevens) Codonpositie. U kunt vragen om een kolom te tonen via het menu Columns. Voor elk van deze kolommen kan het toegewezen attribuut worden gewijzigd door eerst de te wijzigen tekens te selecteren (indien slechts enkele tekens moeten worden gewijzigd) of door de kolom van het attribuut te selecteren (indien alle tekens moeten worden gewijzigd). Door vervolgens de naam van de kolom aan te raken (waar een omgekeerde zwarte driehoek zou moeten verschijnen), verschijnt een keuzemenu dat u in staat stelt de juiste specificatie te maken.

Voor elk van de attributen, behalve groepslidmaatschap, zijn de onderste drie menu-items om de huidige specificatie in het bestand op te slaan als een benoemde specificatieverzameling (zoals het opslaan van een typeset of gewichtenset in MacClade), om een bestaande specificatieverzameling te vervangen door de huidige, of om een opgeslagen specificatieverzameling te laden om de huidige te worden.

De volgende opties zijn specifiek voor elke kolom:

• Inclusion – Include, Exclude, en Reverse stellen u in staat om het opnemen van tekens te wijzigen. Omgekeerd verandert uitgesloten in opgenomen en vice versa. Tekens die zijn uitgesloten doen niet mee aan treelengte en vele andere berekeningen. Uitsluiting wordt niet universeel gerespecteerd door de berekeningen, want sommige berekeningen gebruiken zelfs tekens die zijn uitgesloten.
• Parsimony-model – In het submenu Model kunt u een parsimony-model kiezen om aan de tekens toe te wijzen, voor gebruik in parsimony-berekeningen.
• Bewaarschijnlijkheidsmodel – Met het Model-submenu kunt u een waarschijnlijkheidsmodel selecteren om aan de tekens toe te wijzen, voor gebruik in waarschijnlijkheidsberekeningen en simulaties.
• Groepslidmaatschap – De afbeelding hierboven toont Groepslidmaatschap in de laatste kolom. Om tekens aan groepen toe te wijzen, moet u eerst groepen maken met New Group. U kunt bijvoorbeeld een groep Adult Characters en een andere groep Larval Characters maken. Daarna kun je karakters aan de groep toewijzen met het Set Group submenu. U kunt ook de kleur van de groep wijzigen, en de groep een andere naam geven. De groepskleur is handig om karakters van verschillende groepen te onderscheiden, bijvoorbeeld in grafieken of in de Karaktermatrix editor.
• Gewicht – Met het menu-item Gewicht instellen kunt u het gewicht instellen dat aan het teken is toegekend. Dit wordt momenteel gebruikt bij boomlengte-berekeningen.
• Codon Positions – Deze kolom is beschikbaar voor DNA-gegevens. Met het drop down menu kunt u posities toewijzen.

Informatie over tekens in kaart brengen

Informatieve statistieken en waarden voor tekens kunnen in verschillende vensters worden bekeken of in kaart worden gebracht. In het menu Analyse kan een staaf & lijndiagram worden opgevraagd om de verdeling van een waarde voor een reeks tekens te tonen. Zo kan bijvoorbeeld het aantal parsimony-stappen in de tekens van een huidige boom in kaart worden gebracht. Het Scattergram, beschikbaar in het menu Analyse, plaatst tekens in een tweedimensionale ruimte, waarbij de X-as een bepaalde waarde weergeeft (b.v. de waarschijnlijkheid van het teken onder één boom), de Y-as een andere waarde (b.v. de waarschijnlijkheid van het teken onder een andere boom). Waarden voor tekens kunnen ook worden bekeken in het venster Lijst van tekens, waar kolommen kunnen worden toegevoegd (in het menu Lijst) om geselecteerde statistieken voor elk van de tekens te tonen.

Lijst van alle tekenmatrices

Het menu-item Lijst van tekenmatrices onder Karakters brengt een lijst van tekenmatrices naar voren. Hier kunt u statistieken bekijken en namen van tekenmatrices wijzigen.

Karakter matrices kunnen worden gemarkeerd als “verborgen”, wat betekent dat ze niet zullen worden opgenomen in de meeste menu’s en dialoogvensters waarin u matrices kunt kiezen, en ze zullen niet verschijnen in het project paneel aan de linkerkant van het venster. Om de zichtbaarheid in te stellen, gaat u naar de Lijst van tekenmatrices, Kolom>Zichtbaarheid van matrix. Zodra de kolom verschijnt, selecteert u de rijen voor de matrices waarvan u de zichtbaarheid wilt wijzigen, en kiest u Toggle Visibility uit het drop down menu bovenaan de kolom.