1803年1月18日、ジェファーソンはルイス・クラーク探検隊の資金援助を議会に要請する。

ジェファーソンは公式に2,500ドルの資金提供を議会に要請したが、いくつかの資料では、この遠征は最終的に50,000ドル近くかかったとされている。 メリウェザー・ルイスは、友人のウィリアム・クラークと、奴隷にされたアフリカ系アメリカ人、サカガウィアという名のネイティブ・アメリカンの女性ガイドを含む50人とともに旅に出ました。 この広大な土地は、北は現在のノースダコタ州、南はメキシコ湾に達し、現在のテキサス州にあるスペイン領の東側境界で停止した。 その後、ロッキー山脈を越え、河川敷のルートを通って現在のオレゴン州の太平洋岸に到達した。 帰国後、二人が出会ったエキゾチックで畏敬の念を抱かせる新天地についての報告が、西方拡大への新たな波を巻き起こすことになった。

ジェファーソンは、ナポレオンが後にルイジアナ購入として知られることになるフランスのアメリカ領をアメリカに売却すると申し出る以前から探検遠征を提案し、ナポレオンからの売却申し出の知らせがワシントンに届くとこの地域の調査を開始する権限を議会から得ていた。 アメリカにとって幸運なことに、ナポレオンはアメリカの南側にフランスの足場を築く計画を放棄し、ヨーロッパ征服の助成のためにこの土地をアメリカに売却したのである。

ジェファーソンは、その意図を議会には明らかにしなかったが、私設秘書のメリウェザー・ルイスをルイジアナ購入の境界をはるかに超える偵察に送り、アメリカが北米毛皮貿易でどこまで西に商業を拡大できるかを見極め、将来の西部への領土拡張の可能性を評価しようと計画した。 ジェファーソンは、議会を欺くことで、戦略的目標を達成するための行政特権の乱用に対する嫌悪感を一時的に押し殺していたのである。 啓蒙主義の産物であるジェファーソンは、強い政治的信条を持つ人物であったが、同時に科学的発見や冒険の面で遠征がもたらすかもしれないものに魅了されていた。 ジェファーソンは、アメリカの領土を拡大し、外国との競争を排除し、インディアン諸国をキリスト教に改宗させようとした。西への拡大は、国が農耕の価値を維持し、過密化するヨーロッパと同じ政治的危機を回避する方法であると考えたのである。

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