あなたの旅は、パンドラの武器商人マーカスから、これまでのゲームのストーリーを聞くところから始まります。 ボーダーランズ1』の）Vaultは、先代のヒーローたちによって開かれ、触手と失望に満ちているようにしか見えませんでした。 しかし、Vault が開かれた後、パンドラではエリジウムが顕在化しはじめました。 新しく強力な鉱物であるそれは、戦士、愚か者、企業、そしてさらにVaultハンターたちの注目を集め始めたのです。 ハンサム・ジャック率いるハイペリオン社はエリジウムの採掘を開始し、その過程でさらに別のVaultの証拠を発見した。 7069>

映画のようなイントロで、4人の主要プレイアブルキャラクター（DLCキャラクターを除く）がVaultを探すために列車で移動している様子が紹介されます。 アクストン ザ・コマンドー、マヤ セイレーン、サルバトーレ 7069>

ジャックの送り込んだロボットや盗賊に襲われ、協力して鉄くずやベタベタに変えていく。 この後、彼らはジャックを見つけようとするが、彼の後ろに爆弾を積んだジャックパペットを見つけるだけで終わってしまう。 爆弾は爆発し、列車を脱線させ、あなたが選んだプレイヤーキャラクターを除く他のVault Huntersは全員死亡します。 ここからあなたの冒険が始まります。