タンパク質コード配列

< Back to Catalog

タンパク質コード配列は、mRNAに転写されるDNA配列で、対応するmRNA分子はポリペプチド鎖に翻訳されます。 タンパク質コード配列中のコドンと呼ばれる3つのヌクレオチドごとに、ポリペプチド鎖中の1つのアミノ酸がコードされています。 場合によっては、異なるシャーシでは、あるコドンを異なる配列にマッピングしたり、異なるコドンを使用する頻度が高くなったり低くなったりすることがある。 したがって、いくつかのタンパク質コード化配列は、特定のシャーシでの使用に最適化されているかもしれない。

レジストリでは、タンパク質コード化配列は、開始コドン（通常ATG）で始まり、停止コドン（通常ダブルストップコドンTAA TAA）で終了する。 タンパク質コード配列はしばしば頭文字をとってCDSと略記される。

タンパク質コード配列は基本的な部分と考えられることが多いが、実際にはタンパク質コード配列自体がタンパク質ドメインと呼ばれる一つ以上の領域で構成されていることもある。 したがって、タンパク質コード化配列は、基本部分として、あるいは2つ以上のタンパク質ドメインの複合部分として入力される可能性があります。

1. タンパク質コード配列のN-末端ドメインは、多くの点で特別である。 第一に、それは常にリボソーム結合部位から適切な距離に置かれた開始コドンを含んでいる。 第二に、多くのコード領域はN末端に特別な機能を持つ。例えば、タンパク質輸出タグやリポタンパク質の切断・付着タグなどである。 これらはコーディング領域の最初に生じるため、ヘッドドメインと呼ばれる。
2. タンパク質ドメインは、比較的独立して折り畳まれるアミノ酸の配列であり、異なるタンパク質コーディング領域間で単位として進化的にシャッフルされている。 このようなドメインのDNA配列は、フレーム内翻訳を維持しなければならないため、3塩基の倍数になっている。 このようなタンパク質ドメインは、タンパク質コード配列内に存在するため、内部ドメインと呼ばれる。 同様に、タンパク質のC末端ドメインは、少なくともストップコドンを含む特別なドメインである。 分解タグのような他の特別な機能も、最末端のC-末端にあることが要求される。 4335>

タンパク質のコーディング配列にタンパク質ドメインを組み入れる方法など、タンパク質ドメインの詳細については、タンパク質ドメインを参照してください。

Protein coding sequences should be as follows

GAATTC GCGGCCGC T TCTAG T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG

	デザインをお願いします。 新しいタンパク質をコードする配列の設計に興味がおありですか？ 9514>
	Help.にあります。 翻訳単位、タンパク質コーディング配列、タンパク質ドメインに関する用語集、FAQ、詳細情報。

Commonly used protein coding sequences

	Reporters: レポーターは、遺伝子発現やその他の細胞内イベントの測定に用いることができるタンパク質である。 レポーターは一般に蛍光、色、ルミネセンスのような測定可能なシグナルを生成する。
	転写調節因子。 9514>
	Selection markers…転写の活性化または抑制に関わるタンパク質を挙げることができる。 抗生物質耐性マーカーを含む、細胞に選択的な利点または欠点を与えることに関与するタンパク質。 これらのタンパク質コード配列は、プラスミドを含むような特定の形質を有する細胞を選択するのに有用である。

酵素

	生合成。 化学物質や代謝物の生産・分解に関わる酵素を掲載しています。
	DNA modification: DNAの切断、切除、統合、ライゲーション、クロマチンリモデリング、複製時に使用される酵素
	Proteases: プロテアーゼは他のタンパク質を切断したり分解したりする。 9514>
	Post-translational modification enzymes.タンパク質コード化配列／翻訳後修飾酵素。 いくつかの酵素は、例えば、フォフェートまたはメチル基を付加または除去することによって、他のタンパク質を翻訳後修飾する。

Other protein coding sequences

	Membrane proteins：表面ディスプレイペプチド、輸送体、チャネルおよびポンプがここに記載されている。
	Receptors and ligands.Proteinコーディング配列：レセプターとリガンド。 9514>
	Lysis proteins.Proteinコーディング配列：細胞膜と関連しないレセプターおよびリガンドを指す。 膜を破壊して細胞を殺すことに関与するタンパク質。