カトリック教会は、サルヴィーニ氏による宗教的シンボルの政治化に猛反発した。 枢機卿のピエトロ・パロリン国務長官は、”自分のために神を呼び出すことは常に危険だ “と言って、大臣を叱責した。 イタリア司教協議会の新聞「アヴニレ」は、サルヴィーニ氏を「ローマ教皇と教会の教えから非常に離れた、彼自身のカトリック教の聖火ランナー」と表現した。 サルヴィーニ氏は昨年、イタリアの港に移民救助船の停泊を阻止するよう命じた。また、イタリア国内の亡命者に新たな制限を課し、イタリア領海へのあらゆる船の入港を禁止する実質的に無制限の権限を自分のオフィスに与える法案を成功裏に推進させた。 しかし、何百万人ものカトリック教徒がサルヴィーニ氏に投票しているとすれば、世論調査では、実践的カトリック教徒の33％が連盟に投票し、教会に通う人々の間では第一党となっている。

キリスト教に言及する政治家を非難しようとするフランシスコ教会の熱心さは、世俗的になりつつあるイタリアを含む社会で教会の見解を適切なものにしようとしたヨハネ・パウロ2世とベネディクト16世の方針との鋭い相違を表しています。 これらの教皇の下で、教会のスポークスマンは、イタリア国内外での市民結合や同性婚を批判し、体外受精などの手続きに反対するキャンペーンを行いました。 2015年のイタリアの教会への演説で、彼はいわゆる司教操縦士、彼らの群れの政治的選択を指示しようとする聖職者の羊飼いの終わりを呼びかけました。 フランシスコは教会指導者たちに、自分たちの行動を司牧的な次元に限定するよう喝破した。 このメッセージは、司教は社会問題に執着するのではなく、貧しい人々や疎外された人々の世話をする「羊の臭いを感じながら生きる羊飼い」であるべきだという彼の考えと一致するものだった。 (ただし、フランシス政権下の教会は政治から退いたというより、別の種類の政治を受け入れたとする批評家もいる。抗議したにもかかわらず、フランシス教会は司教操縦士を解任せず、むしろカトリック国民を別の、より進歩的な方向へ微妙に操縦するよう命じたという。)