De tabel met codons die door organismen worden gebruikt om mRNA in eiwitten te vertalen, staat onderaan de bladzijde. Zoals eerder in deze les werd vermeld, moest de genetische code een keer worden gekraakt omdat alle organismen dezelfde codons gebruikten om aminozuren te coderen. Toen wetenschappers de volgorde van de coderende regio’s van genen van verschillende organismen begonnen te bepalen, ontdekten zij iets dat codonvoorkeur wordt genoemd. Als je naar de codontabel kijkt, zie je dat de genetische code redundant is. Dit betekent dat meer dan één codon kan coderen voor hetzelfde aminozuur. Dit komt omdat er 61 codons zijn die coderen voor de plaatsing van 20 verschillende aminozuren. Een codon werkt alleen bij codering als een tRNA met een complementair anticodon ook in dezelfde cel wordt gevonden en het juiste aminozuur kan leveren. Daarom kunnen er 61 verschillende tRNA’s zijn, één om elk codon aan te vullen. Elk verschillend tRNA moet door een ander gen worden gecodeerd. Indien dat gen niet tot expressie komt in de cel, zal het tRNA niet worden gevonden en zal een codon dat door dat tRNA moet worden gecomplementeerd, niet worden gecomplementeerd. In dit geval zal het codon werken als een stopcodon. Het ribosoom stopt met de vertaling en het eiwit dat wordt gemaakt is een kortere versie van het bedoelde eiwit. Het is duidelijk dat organismen niet van deze situatie zouden profiteren, dus is er een nauwe complementatie tussen welke tRNA-genen aanwezig zijn en tot expressie komen in de cellen van een organisme en welke codons worden gebruikt om een specifiek mRNA te coderen. Op deze manier krijgt de genetische code een dialect. De taal is universeel, maar bepaalde woorden worden bij voorkeur gebruikt.

Wetenschappers zijn er niet zeker van waarom codonvoorkeuren een deel zijn van het genexpressieproces in organismen. Het kan voor het organisme een extra niveau zijn om de hoeveelheden en soorten eiwitten die in zijn cellen worden gemaakt, te controleren. Recente ervaringen met genetische manipulatie van planten en dieren hebben de codonvoorkeur echter tot een belangrijke overweging gemaakt. Wetenschappers hebben bijvoorbeeld genen van een bodembacterie in maïscellen ingebracht om de maïsplant in staat te stellen een eiwit te maken dat giftig is voor de Europese maïsboorder, een veel voorkomende plaag voor maïsproducenten. Zij ontdekten dat het gen wel werd getranscribeerd, maar dat het mRNA niet werd vertaald om het gewenste eiwit te maken. Een van de redenen was het codongebruik. Sommige van de codons die de bacteriën gebruiken om aminozuren te coderen, worden zelden door maïs gebruikt. De maïsplant had ofwel geen tRNA om het codon aan te vullen, of maakte zo weinig tRNA aan dat er niet genoeg kopieën in de cel waren om de vertaling van het Bt-mRNA mogelijk te maken. Daarom moesten de genetische ingenieurs synthetische coderende regio’s maken die de codons die de voorkeur van maïs genoten, vervingen door codons die de voorkeur van bacteriën genoten. Het eindresultaat was dat zij in staat waren hogere niveaus van het Bt eiwit te maken zodra deze veranderingen in het gen werden aangebracht. Codonvoorkeur maakt het gentechnologisch proces dus een grotere uitdaging.