Die katholische Kirche hat wütend auf die Politisierung religiöser Symbole durch Salvini reagiert. Pietro Parolin, der Kardinalstaatssekretär, tadelte den Minister mit den Worten: „Es ist immer gefährlich, Gott für sich selbst anzurufen.“ Avvenire, die Zeitung der italienischen Bischofskonferenz, bezeichnete Salvini als „Fackelträger eines eigenen Katholizismus, der von der Lehre des Papstes und der Kirche sehr weit entfernt ist“

Eine Ursache für die Spannungen zwischen Salvini und der Kirche liegt in der aggressiven Anti-Einwanderungsrhetorik und -politik des Ministers. Letztes Jahr wies Salvini italienische Häfen an, das Anlegen von Rettungsbooten für Migranten zu blockieren. Er setzte sich auch erfolgreich für einen Gesetzentwurf ein, der neue Beschränkungen für Asylbewerber in Italien vorsah und seinem Amt praktisch unkontrollierte Befugnisse verlieh, jedem Schiff die Einfahrt in italienische Gewässer zu verbieten. Diese Bemühungen haben ihn in direkten Konflikt mit Papst Franziskus gebracht, der die Aufnahme von Migranten zu einem zentralen Thema seines Pontifikats gemacht hat.

Wenn jedoch Millionen von Katholiken für Herrn Salvini stimmen – Umfragen zeigen, dass 33 Prozent der praktizierenden Katholiken für die Liga gestimmt haben, was sie zur führenden Partei unter den Kirchgängern macht -, könnte das auch daran liegen, dass er ein Vakuum in der italienischen Politik füllt, das durch den eigenen Rückzug der Kirche aus der politischen Debatte unter Franziskus entstanden ist.

Der Eifer der Kirche von Franziskus, Politiker zu züchtigen, die sich auf das Christentum berufen, stellt einen scharfen Bruch mit der Politik von Johannes Paul II. und Benedikt XVI. dar, die versucht haben, die Ansichten der Kirche in Gesellschaften, einschließlich Italiens, die zunehmend säkular geworden sind, relevant zu halten. Unter diesen Päpsten kritisierten Sprecher der Kirche zivile Partnerschaften und gleichgeschlechtliche Ehen sowohl in Italien als auch im Ausland und setzten sich gegen Verfahren wie die In-vitro-Fertilisation ein.

Papst Franziskus hat sich jedoch für ein neues Modell entschieden. In einer Ansprache an die italienische Kirche im Jahr 2015 forderte er das Ende der sogenannten Bischofspiloten, kirchlicher Hirten, die versuchen, die politischen Entscheidungen ihrer Herde zu lenken. Franziskus ermahnte die Kirchenführer, ihr Handeln auf die pastorale Dimension zu beschränken. Die Botschaft stand im Einklang mit seiner Vorstellung, dass Bischöfe „Hirten sein sollten, die mit dem Geruch der Schafe leben“ und sich um die Armen und Ausgegrenzten kümmern, anstatt sich mit sozialen Fragen zu beschäftigen. (Einige Kritiker haben jedoch argumentiert, dass sich die Kirche unter Franziskus nicht so sehr aus der Politik zurückgezogen, sondern vielmehr eine andere Art von Politik angenommen hat – dass die Kirche von Franziskus trotz ihrer Proteste die Bischöfe nicht entlassen, sondern ihnen vielmehr befohlen hat, das katholische Volk auf subtile Weise in eine andere, fortschrittlichere Richtung zu lenken.)