Nomenklatur für Mausstämme

Eine große Anzahl von GEMM-Stämmen (Genetically Engineered & Mutant Mice) sind kongene Stämme. Kongene Stämme werden erzeugt, indem eine Mutation von einem genetischen Hintergrund auf einen bestimmten Inzuchtstamm durch wiederholte Rückkreuzung übertragen wird. Es wird erwartet, dass der kongene Stamm und der Inzuchtpartner an allen Loci identisch sind, mit Ausnahme des übertragenen Locus und eines damit verbundenen Chromosomenabschnitts. Die Größe des Segments und die Möglichkeit, dass Allele auf andere Chromosomen übertragen werden, hängen von der Anzahl der Rückkreuzungsgenerationen ab.

Ein Stamm gilt nach zehn Rückkreuzungsgenerationen (N10) als vollständig kongenial. Stämme, die Mutationen tragen und seit mindestens fünf, aber weniger als zehn Generationen auf den Hintergrundstamm rückgekreuzt wurden, gelten jedoch als beginnende kongene Stämme und können in einer Vielzahl von Forschungsbereichen nützlich sein.

Die meisten Stammnamen für kongene Mäuse, die spontane und gezielte Mutationen tragen, sowie für einige wenige Stämme, die für Histokompatibilitäts-Loci kongen sind, folgen aus historischen Gründen nicht der Standard-Nomenklatur für kongene Stämme. Als Reaktion auf die Besorgnis der wissenschaftlichen Gemeinschaft über den Ursprung genetischer Mutationen und Unterschiede im Phänotyp aufgrund genetischer Hintergrundeffekte verpflichteten sich das International Committee on Standardized Genetic Nomenclature for Mice und The Jackson Laboratory, diese Unstimmigkeiten zu korrigieren.

Mit Wirkung vom 1. Juni 2000 wurden die Namen zahlreicher JAX®-Mäusestämme geändert, um den Ursprungsstamm der Mutation anzugeben. Die Stämme sind unter ihren neuen Namen aufgeführt, wobei die früheren Namen in der JAX®-Mausdatenbank angegeben sind. Beispiele für diese Namensänderungen sind unten aufgeführt. Die kongene Nomenklatur wird übernommen, sobald ein Stamm die fünfte Generation der Rückkreuzung (N5) erreicht hat, obwohl ein Stamm erst ab N10 als vollständig kongen betrachtet wird. Es wurde beschlossen, die Nomenklatur einiger Stämme, die mehrere Allele unterschiedlicher Herkunft tragen, nicht zu ändern, entweder aufgrund der Art und Weise, wie der Stamm erzeugt wurde, oder weil die Nomenklatur zusätzliche Verwirrung stiften würde. Zusätzliche Informationen über die Herkunft von Transgenen und genetischen Mutationen können über die JAX®-Mausdatenbank gefunden werden, indem eine Suche mit dem Gensymbol oder der Stammnummer von Interesse durchgeführt wird.

Nomenklatur kongener Stämme

Kongene Stämme werden durch ein zusammengesetztes Symbol bezeichnet, das aus dem Wirtsstamm (in der Regel abgekürzt), einem Punkt, dem Spenderstamm (ebenfalls in der Regel abgekürzt), einem Bindestrich und dem kursiv gedruckten Symbol des Differentiallocus bzw. der Differentialloci und des/der Allele besteht (z. B., B10.129P-H12b). Wenn der Spenderstamm entweder kein Inzuchtstamm oder ein komplexer Stamm ist, wird das Symbol „Cg“ verwendet, das für congenic steht. Die Nomenklatur für kongene Stämme wird sowohl für beginnende als auch für vollständige kongene Stämme verwendet. Die Generationsnummer ist in der Stammangabe enthalten.

Der genetische Hintergrund vieler Congenics ist eine Mischung aus C57BL/6J und einem 129-Substamm (entweder als B6;129, B6;129P oder B6;129S bezeichnet; siehe nachfolgende Erläuterung zur „Revidierten Nomenklatur für Mäusestamm 129“). Der Hintergrund einiger kongener Stämme ist jedoch unbekannt, sie stammen von mehr als zwei Vorläuferstämmen ab oder haben genetische Beiträge aus einer unbekannten oder überzüchteten Quelle. Der Hintergrund solcher kongenitalen Stämme wird häufig als „STOCK“ bezeichnet. Früher wurden die meisten spontanen und induzierten Mutationen, die durch Rückkreuzung von einem gemischten Hintergrund (z. B. entweder B6;129 oder STOCK) auf einen Inzucht-Hintergrund übertragen wurden, nicht durch die herkömmliche Nomenklatur für kongene Tiere beschrieben. Die Namen vieler genetisch veränderter und mutierter Mäusestämme wurden jedoch überarbeitet, um den Ursprung einer Mutation deutlicher anzugeben (z. B. B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

Das Jackson Laboratory stellt eine große Anzahl von kongenen Histokompatibilitätsstämmen bereit. In einigen Fällen stammen mehrere Linien von demselben Spenderstamm ab und werden durch eine Zahl und/oder einen Buchstaben in Klammern unterschieden (z. B. B10.129P-H11b(10M)/SnJ und B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

Im Jahr 2000 wurden die Namen zahlreicher JAX®-Mäusestämme geändert, um den Ursprungsstamm der Mutation anzugeben. Beispiele für Nomenklaturänderungen

Beispiel 1.

Anmerkung: Dieser Stammname ist nicht zu verwechseln mit dem einer Mutation, die auf einem gemischten genetischen Hintergrund B6;129P gehalten wird, bei dem die Stammabkürzungen im Namen durch ein Semikolon und nicht durch einen Punkt getrennt sind (siehe Beispiel 5). Wir haben zusätzliche Informationen (Stammtyp, Kontrollinformationen, Hintergrund- und Spenderstämme und Generationsnummer) in die Angaben zu den kongenen Stämmen sowohl in unserer gedruckten Literatur als auch auf unserer Website aufgenommen, um den genetischen Hintergrund klarer abzugrenzen.

Beispiel 2.

Note: Das Cg (für congenic) wird verwendet, wenn es mehrere Spenderstämme gibt oder der Spenderstamm einen gemischten genetischen Hintergrund hat.

Beispiel 3.

Anmerkung: In diesem Beispiel wird das Cg verwendet, um zu vermeiden, dass der Eindruck entsteht, dass beide Mutationen auf DBA/J entstanden sind, und um zu zeigen, dass der Misty (m)-Farbmarker und die Diabetes (Leprdb)-Mutation in Abstoßung beibehalten werden.

Beispiel 4.

Anmerkung: Zusätzliches genetisches Material kann in Klammern hinter dem Spenderstamm angegeben werden. In diesem Beispiel wurde eine gezielte Mutation von einem gemischten B6;129P-Hintergrund auf einen dritten Inzuchtstamm übertragen. Die genomische Region, die das Zielgen flankiert, ist aufgrund des Ursprungs der ES-Zelllinie 129P2-ähnlich, aber ein unbekannter Anteil des Genoms des Stammes kann C57BL/6-Ursprung sein. Die Menge der DNA des Spenderstamms, die sowohl mit dem differentiellen Locus verknüpft als auch nicht verknüpft ist, nimmt mit zunehmenden Generationen der Rückkreuzung ab.

Stamm mit einer Mutation, die auf einem gemischten genetischen Hintergrund getragen wird

Beispiel 5.

Anmerkung: Es handelt sich nicht um einen kongenen Stamm, sondern um eine Mischung aus C57BL/6 und 129P2 (aus der ES-Zelllinie), so dass die Allele dieser beiden Stämme segregieren. Das Komma zwischen den Stammabkürzungen wurde durch ein Semikolon ersetzt, um eine klarere Unterscheidung vom Punkt in der kongenen Nomenklatur zu schaffen.

Stamm mit unveränderter Nomenklatur, der jedoch Allele unterschiedlicher Herkunft trägt

Beispiel 6.

Anmerkung: Dieser Stamm wurde durch Verpaarung, nicht durch Rückkreuzung, von drei einzelnen kongenen Stämmen hergestellt, die bereits unterschiedliche Allele auf einem genetischen Hintergrund von C57BL/6J tragen (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a, und B6.CAST-Gpi1).