In dieser Studie charakterisieren wir die genetische Vielfalt und die Beziehungen zwischen den schiitischen und sunnitischen muslimischen Populationen in Nordindien und geographisch ausgewählten benachbarten und globalen Populationen. Wir untersuchten eine Reihe von Parametern von populationsgenetischem und forensischem Interesse anhand der Allelhäufigkeiten von 15 autosomalen STR-Loci (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 und FGA). Alle untersuchten Loci entsprachen dem Hardy-Weinberg-Gleichgewicht, mit Ausnahme der Loci D18S51 und FGA für beide muslimischen Populationen, selbst nach Anwendung der Bonferroni-Korrektur. Die kombinierte Ausschlusskraft und die kombinierte Unterscheidungskraft für alle 15 STR-Loci lagen in beiden muslimischen Populationen bei 0,9999 bzw. >0,99999. Die Werte der Gendiversität reichten von 0,6784 (TPOX) bis 0,9027 (FGA) für schiitische Muslime und von 0,7152 (CSF1PO) bis 0,9120 (D18S51) für sunnitische Muslime. Die beobachtete Heterozygotie (H(o)) reichte von 0,5833 (D18S51) bis 0,8595 (VWA) bei schiitischen Muslimen und von 0,6818 (CSF1PO) bis 0,8333 (D21S11) bei sunnitischen Muslimen und war bei 11 der 15 typisierten STRs niedriger als die erwartete Heterozygotie (H(e)). Wir analysierten die genetische Verwandtschaft der schiitischen und sunnitischen muslimischen Populationen mit ihren geografisch nächstgelegenen Nachbarpopulationen in Nordindien, im Nahen Osten, in Ostasien und in Europa mit Hilfe von distanzbasierten Methoden, einschließlich Nachbarschaftsbäumen und multidimensionaler Skalierung. Darüber hinaus schätzten wir den genetischen Beitrag der mutmaßlichen Elternpopulationen, die in die Analyse einbezogen wurden, zum Genpool der schiitischen und sunnitischen Muslime mithilfe von Vermischungsanalysen. Obwohl wir einen gewissen genetischen Beitrag aus dem Iran zu beiden muslimischen Populationen festgestellt haben, deuten die Ergebnisse der phylogenetischen Analysen auf der Grundlage autosomaler STRs auf eine genetische Verwandtschaft mit einigen der geografisch am nächsten gelegenen religiösen Hindu-Populationen hin.