Merkmalsmatrizen

Zeichen und Merkmalsmatrizen

Zeichen und ihre Merkmalsausprägungen sind Mittel zur Beschreibung der Merkmale von Organismen. Mesquite unterstützt Zeichen, deren Zustände kategorisch (diskret und nicht notwendigerweise geordnet), kontinuierlich (dezimalwertige Messungen) oder meristisch (Zählungen) sind. Für DNA-, RNA- und Proteinsequenzdaten gibt es spezielle Versionen von kategorischen Zeichen. Weitere Einzelheiten zu diesen Arten von Zeichen finden Sie auf den Seiten über molekulare und kontinuierliche Zeichen. Andere kategoriale Zeichen als molekulare Zeichen können 55 Zustände haben. Meristische Zeichen sind ganze Zahlen (und können negativ sein).

Zeichen können innerhalb von Matrizen existieren, die in einer Datendatei gespeichert sind. So kann eine Matrix eine Reihe von kategorischen Merkmalen speichern, um phänotypische Merkmale zu beschreiben. In einer anderen Matrix können kontinuierliche Zeichen gespeichert werden, die Messungen an den Organismen beschreiben, während in einer dritten Matrix DNA-Sequenzdaten gespeichert werden können, in denen jede ausgerichtete Stelle als Zeichen behandelt wird (Mesquite behandelt derzeit nicht ausgerichtete Daten so, als ob sie ausgerichtet wären, obwohl die Ausrichtung ignoriert werden kann). Jede Matrix kann nur eine einzige Art von Zeichen enthalten, aber eine Datendatei kann mehr als eine Matrix enthalten.

Zeichen können auch außerhalb von Matrizen existieren. Beispielsweise können Zeichen durch Simulationen und Randomisierungen oder durch Ordinationen erzeugt und direkt in Berechnungen verwendet werden, ohne dass sie zu irgendeinem Zeitpunkt in einer Matrix erfasst und in einer Datei gespeichert werden. Die „Zeichenquelle“, die für eine Berechnung verwendet wird, können also entweder in der Datei gespeicherte Matrizen sein oder Zeichen, die durch Simulationen, Randomisierungen oder Ordinationen on-the-fly erzeugt wurden. Aus diesem Grund fragt Mesquite Sie standardmäßig, welche Zeichenquelle Sie verwenden möchten, wenn Zeichen oder Matrizen benötigt werden. Da einige unerfahrene Benutzer diese Abfrage verwirrend finden könnten, können Sie Mesquite so einstellen, dass es standardmäßig gespeicherte Zeichen oder gespeicherte Matrizen auswählt, ohne zu fragen, indem Sie den Punkt „Gespeicherte Zeichen/Matrizen standardmäßig verwenden“ im Untermenü „Standard“ des Menüs „Datei“ auswählen.

Der größte Teil dieser Handbuchseite bezieht sich auf Zeichen/Matrizen, die in der Datendatei gespeichert sind.

• Typen von Zeichenmatrizen
• Erstellen einer Zeichenmatrix
• Löschen und Umbenennen von Zeichenmatrizen
• Der Zeichenmatrix-Editor
  • Undo
  • Hinzufügen, Löschen, Umbenennen und Sortieren von Taxa und Zeichen
  • Eingabe von Zeichendaten
  • Auswahl von Taxa, Zeichen und Zellen der Matrix
  • Durchsuchen der Matrix
  • Kopieren/Einfügen
  • Bearbeiten von Namen von Zeichen und Zuständen
  • Anmerkungen
  • Färben von Zellen der Matrix
  • Änderungen und Transformationen
• Ändern der Attribute von Zeichen
• Informationen über Zeichen darstellen
• Auflistung aller Zeichenmatrizen

Typen von Zeichenmatrizen

Die in Mesquite verfügbaren Standardtypen von Zeichenmatrizen sind:

• Standard-Kategorienmatrizen – Zustände sind diskret, nicht unbedingt geordnet. Zeichen können bis zu 55 Zustände haben, deren Symbole standardmäßig 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z sind. Polymorphismen (z.B. Zustand 0 und 2) werden durch 0&2 angezeigt; Unsicherheit (z.B. Zustand 0 oder 2) wird durch 0/2 angezeigt. Ein völlig unbekannter Zustand wird standardmäßig durch ? angezeigt. Wenn das Zeichen für das betreffende Taxon nicht anwendbar ist, wird das Symbol standardmäßig mit – angezeigt. Zustandsnamen können mit Hilfe von „Edit State Names“ zugewiesen werden.
  
• DNA/RNA-Matrizen – Vier Zustände, A, C, G, T oder A, C, G, U. Standardmäßige Mehrdeutigkeitscodes (z. B. R = A oder G) können verwendet werden. Standardmäßig ist der unbekannte Zustand ?, die Lücke ist -. Weitere Informationen zur Bearbeitung von DNA-Daten finden Sie hier.
  
• Proteinmatrizen – Standardsymbole für Aminosäuren. Standardmäßig ist der unbekannte Zustand ?, die Lücke ist -. Weitere Informationen zur Bearbeitung von Proteindaten finden Sie hier.
• Kontinuierliche Matrizen – Zustände sind kontinuierliche Werte (z.B. 1.02, 3e-4). Eine Matrix kann mehrere Elemente enthalten, z. B. x, y oder min, max. Elemente können über die Menüpunkte unter Matrix>Hilfsmittel oder über das Matrix-Informationsfeld (angezeigt durch das blaue „i“ unten links in der Matrix) hinzugefügt werden. Ein spezieller Typ einer kontinuierlichen Matrix, Geographic, hat zwei Zeichen (Breitengrad, Längengrad). Weitere Informationen zu kontinuierlichen Daten finden Sie hier.
  
• Meristische Matrizen – Staaten sind ganze Zahlen (und können negativ sein). Wenn das Zeichen für das betreffende Taxon nicht zutrifft, wird dies durch ein x und nicht wie bei anderen Datentypen durch ein „-“ angezeigt, um Verwechslungen mit dem Minuszeichen zu vermeiden. Fehlende Daten werden durch ein Fragezeichen (?) angezeigt. Meristische Matrizen können mehrere Elemente enthalten, die über das Matrix-Informationsfeld hinzugefügt werden können (angezeigt durch das blaue „i“ unten links in der Matrix).
  

Erstellen einer Zeichenmatrix

Es gibt mehrere Möglichkeiten, eine Zeichenmatrix zu erstellen, die in der Datei gespeichert werden soll. Am einfachsten ist es, eine leere Matrix zu erstellen, indem Sie Zeichen>Neue leere Matrix wählen. In dem daraufhin angezeigten Dialogfeld geben Sie der Zeichenmatrix einen Namen und die Anzahl der Zeichen. Sie müssen auch die Art der Daten auswählen, die die Matrix enthalten soll (kategorische Standarddaten, DNA- (oder RNA-) Sequenzdaten, kontinuierliche Daten oder Proteinsequenzdaten). Normalerweise erstellen Sie eine leere Matrix, wenn Sie mit der Eingabe von Beobachtungen über Organismen beginnen wollen.

Es ist auch möglich, Zeichenmatrizen zu erstellen, die bereits mit Zeichenstatus gefüllt sind. Wenn Sie z. B. ein Duplikat einer vorhandenen Zeichenmatrix erstellen möchten, wählen Sie Zeichen>Neue Matrix aus>gespeicherten Matrizen erstellen. Wenn Sie eine Matrix aus dem Inhalt der Zwischenablage erstellen möchten, wählen Sie Zeichen>Neue Matrix aus>Zwischenablage erstellen. Andere Möglichkeiten, die unter Zeichen>Neue Matrix erstellen aus> zur Verfügung stehen, ermöglichen es Ihnen, Matrizen zu erstellen und zu speichern, die aus Simulationen der Charakterentwicklung, Zufallsgenerierungen bestehender Matrizen oder anderen Quellen stammen.

Zeichenmatrizen können auch aus Dateien gelesen werden, einschließlich solcher in NEXUS und anderen Formaten, die importiert werden können.

Löschen und Umbenennen von Matrizen

Es gibt drei Stellen, an denen Sie Zeichenmatrizen umbenennen und löschen können: im Zeichenmatrix-Editor, im Fenster „Liste der Zeichenmatrizen“ und in der Projektleiste.

Im Zeichenmatrix-Editor enthält das Untermenü „Aktuelle Matrix“ am oberen Rand des Matrix-Menüs Menüpunkte zum Umbenennen oder Löschen der im Fenster angezeigten Matrix.

Im Fenster „Liste der Zeichenmatrizen“ (verfügbar im Menü „Zeichen“) können Sie eine Matrix umbenennen, indem Sie ihren Namen direkt bearbeiten. Um Matrizen zu löschen, markieren Sie die Zeilen, die den zu löschenden Matrizen entsprechen, und wählen Sie Liste>Ausgewählte Zeichenmatrizen löschen.

Um eine Matrix im Projektfenster auf der linken Seite des Fensters umzubenennen, tippen Sie auf den Namen der Matrix, bis ein Dropdown-Menü erscheint:

Wählen Sie Matrix umbenennen aus diesem Menü, um die Matrix umzubenennen. Sie können dieses Dropdown-Menü auch verwenden, um eine Matrix zu löschen.

Der Zeichenmatrix-Editor

Sobald Sie eine Zeichenmatrix erstellt haben, können Sie sie mit dem Zeichenmatrix-Editor von Mesquite bearbeiten, der oben im Menü „Zeichen“ verfügbar ist. Es handelt sich dabei um einen Tabellenkalkulationseditor, ähnlich dem von MacClade. Während der Mesquite-Editor mit kontinuierlichen Daten umgehen kann und über spezielle Hilfsprogramme verfügt, z. B. zum Vergleichen von Matrizen, fehlen ihm die ausgefeilten Funktionen von MacClade zum Anzeigen und Ausrichten von Molekülsequenzdaten. Da MacClade und Mesquite das gleiche NEXUS-Dateiformat verwenden, können Sie für die meisten Datendateien die Matrizen in einem der beiden Programme bearbeiten und im anderen verwenden. Im Folgenden finden Sie Anweisungen zur Bearbeitung einer Zeichenmatrix. Der größte Teil der Bearbeitung kann im Zeichenmatrix-Editor erfolgen, aber einige Änderungen können auch in anderen Fenstern vorgenommen werden.

Der Zeichenmatrix-Editor wird über die Menüs „Matrix“ und „Auswahl“ sowie über die Werkzeuge in der Palette links gesteuert. Das Menü „Matrix“ enthält Einträge zum Ändern der Spaltenbreite (Untermenü „Anzeige“), zum Ändern der Zellenfärbung und zum Ändern der Zeichendaten.

Durch Berühren des blauen „i“ () oben rechts oder unten links in der Matrix können Sie ein Fenster mit Informationen über die Matrix und ihre Zeichen aufrufen.

Sie können mehr als einen Matrix-Editor für die Arbeit an der gleichen Matrix anzeigen lassen. Um einen zweiten Editor zu erhalten, wählen Sie „Extra Matrix Editor“ aus dem Menü „Zeichen“. Dies kann nützlich sein, wenn Sie die Editoren auf verschiedene Ansichten einstellen möchten (z. B. einen auf Vogelaugenansicht oder farbig wie bei der Übersetzung in Protein).

Beachten Sie, dass derzeit viele Änderungen, die Sie an einer Zeichenmatrix vornehmen, nicht rückgängig gemacht werden können!

Der Zeichenmatrix-Editor zeigt morphologische Daten
Der Zeichenmatrix-Editor zeigt DNA-Sequenzen

Unten links im Zeichenmatrix-Editor befinden sich Schaltflächen zum Öffnen des Fensters Liste der Zeichen () und des Fensters Liste der Taxa (). Umgekehrt verfügt das Fenster „Zeichenliste“ über eine Schaltfläche (), um den Zeichenmatrix-Editor anzuzeigen.

Rückgängig machen

Der Zeichenmatrix-Editor von Mesquite bietet die Möglichkeit, die zuletzt vorgenommene Änderung rückgängig zu machen, je nachdem, was diese Änderung war. Sie können Rückgängig im Menü Bearbeiten aufrufen. Derzeit kann das Löschen von Zeichen nicht rückgängig gemacht werden, ebenso wenig wie das Löschen von Taxa. Wir arbeiten daran, den Umfang dessen, was rückgängig gemacht werden kann, zu erweitern. (Wenn die Unmöglichkeit des Rückgängigmachens Sie beunruhigt, sollten Sie die automatische NEXUS-Sicherung im Untermenü „Standardeinstellungen“ des Menüs „Datei“ aktivieren und häufig speichern).

Hinzufügen, Löschen, Umbenennen, Zusammenführen und Sortieren von Taxa und Zeichen

Es gibt mehrere Methoden zum Hinzufügen von Taxa oder Zeichen zu einer bestehenden Matrix. Um Taxa hinzuzufügen, wählen Sie entweder (Zeichenmatrix) Matrix>Taxa hinzufügen… oder (Taxa) Liste>Taxa hinzufügen…, um Taxa am Ende der Matrix hinzuzufügen, oder verwenden Sie das Werkzeug Taxa hinzufügen () in der Zeichenmatrix, um Taxa an dem Punkt in der Matrix hinzuzufügen, der berührt wird. Um Zeichen hinzuzufügen, wählen Sie entweder (Zeichenmatrix) Matrix>Zeichen hinzufügen…, um Zeichen am Ende der Matrix hinzuzufügen, oder verwenden Sie das Werkzeug Zeichen hinzufügen () in der Zeichenmatrix, um Zeichen an dem Punkt in der Matrix hinzuzufügen, der berührt wird.

Um vorhandene Taxa zu löschen, markieren Sie entweder die Taxa im Fenster Taxa-Liste (indem Sie die Nummer des Taxons ganz links berühren) und wählen Sie (Taxa) Liste>Ausgewählte Taxa löschen, oder markieren Sie die gesamte Zeile für das zu löschende Taxa (indem Sie die Nummer des Taxons ganz links berühren) in der Zeichenmatrix und wählen Sie (Zeichenmatrix) Matrix>Ausgewählte löschen.

Um vorhandene Zeichen zu löschen, markieren Sie entweder die Zeichen im Fenster „Zeichenliste“ (indem Sie auf die Nummer des Zeichens ganz links tippen) und wählen Sie (Zeichen) Liste>Ausgewählte Zeichen löschen, oder markieren Sie die gesamte Zeile der zu löschenden Zeichen (indem Sie auf die Nummer des Zeichens ganz links tippen) in der Zeichenmatrix und wählen Sie (Zeichenmatrix) Matrix>Ausgewählte löschen.

Um Taxa oder Zeichen umzubenennen, wählen Sie das I-Träger-Werkzeug () im Fenster Taxaliste, im Fenster Zeichenliste oder im Fenster Zeichenmatrix, wählen Sie den zu bearbeitenden Namen und geben Sie den neuen Namen ein.

Taxa können mit dem Befehl „Taxa zusammenführen“ im Untermenü „Taxon Utilities“ des Menüs „Matrix“ zusammengeführt werden. Dadurch werden auch ihre Merkmalsausprägungen in allen Matrizen zusammengeführt. Wenn die beiden Taxa die gleichen Zustände haben, wird dieser Zustand für das fusionierte Taxon verwendet. Wenn eines der beiden Taxa fehlende Daten oder eine Lücke (nicht zutreffend) aufweist, das andere aber einen Status hat, wird der Status des anderen verwendet (z. B. ? + A = A). Hat eines der beiden Taxa eine Lücke und das andere fehlende Daten, so sind die Ergebnisse fehlende Daten. Wenn die beiden Taxa unterschiedliche Zustände haben, die Einzelzustände oder polymorph sind, ergibt sich ein Polymorphismus (z. B. A + G = A&G). Wenn die beiden Taxa unterschiedliche Zustände haben und mindestens einer davon mehrdeutig ist, ergibt sich eine Ungewissheit, es sei denn, die Mehrdeutigkeit ist vollständig im Polymorphismus des anderen enthalten (z. B. A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

Um die Reihenfolge der Zeichen zu ändern, können Sie ganze Zeichen im Fenster „Zeichenliste“ oder im Zeichenmatrix-Editor auswählen und ziehen. Sie können auch das Sortierwerkzeug () verwenden, um Zeichen automatisch in alphabetischer oder numerischer Reihenfolge der Spalte oder Zeile zu sortieren, die Sie in diesen Fenstern berühren.

Eingabe von Zeichendaten

Sie können Zeichendaten entweder zellenweise oder mit Werkzeugen eingeben, die die gleichzeitige Eingabe mehrerer Zellen ermöglichen. Die verfügbaren Werkzeuge sind in der folgenden Tabelle aufgeführt.

	Werkzeug	Aktion
	I-Balken	Wählt eine einzelne Zelle aus und ermöglicht es Ihnen, den Inhalt der Zelle wie jeden anderen Standardtext zu bearbeiten.
	Auswählen und eintippen	Wenn dieses Werkzeug aktiv ist, bewirkt die Eingabe einer Taste, dass dieser einzelne Wert in alle ausgewählten Zellen eingegeben wird. Mit diesem Werkzeug können Zellen ausgewählt werden; durch Gedrückthalten der Umschalt- oder Befehlstaste können mehrere Zellen ausgewählt werden.
	Farbeimer	Dieses Werkzeug füllt schnell einen Block von Zellen mit einem bestimmten Zustand. Der Zustand („Farbe“) kann durch Berühren einer Zelle mit dem entsprechenden Zustand mit der Pipette oder durch Auswahl von „Füllzustände festlegen“ aus dem Dropdown-Menü des Fülleimers ausgewählt werden.
	Augentropfer	Dieses Werkzeug, wenn es auf eine Zelle in der Matrix berührt wird, setzt die „Farbe“ des Fülleimers auf die Zustände in dieser Zelle.

Auswahl von Taxa, Zeichen und Zellen der Matrix

Mesquite verfügt über mehrere Werkzeuge zur Auswahl von Taxa, Zeichen oder Datenzellen, wie in der folgenden Tabelle beschrieben.

	Werkzeug	Aktion
	Pfeil	Wählt einzelne oder mehrere Zellen aus. Um Zellen zu einer bestehenden Auswahl hinzuzufügen oder zu entfernen, halten Sie die Befehlstaste (oder Apfeltaste) gedrückt, während Sie auf eine Zelle tippen. Um eine Auswahl auf einen ganzen Block von Zellen zu erweitern, halten Sie die Umschalttaste gedrückt, während Sie eine Zelle berühren.
	Stift	Wählt standardmäßig alle Zellen aus, die den gleichen Wert wie die berührte Zelle haben. Das heißt, wenn Sie eine Zelle mit dem Wert „1“ berühren, werden alle Zellen in der gesamten Matrix mit dem Wert „1“ ausgewählt. Über das Dropdown-Menü können Sie jedoch alle Zellen auswählen, deren Wert größer oder kleiner als der berührte Wert ist. Standardmäßig wählt dieses Werkzeug Zellen in der gesamten Matrix aus. Über das Dropdown-Menü können Sie die Auswahl auf ein einzelnes Taxon oder ein einzelnes Zeichen beschränken. Wenn Sie die Umschalttaste gedrückt halten, wird die neue Zelle der bestehenden Auswahl hinzugefügt. Wenn Sie die Befehlstaste (oder die Apfeltaste) gedrückt halten, werden die neuen Zellen der bestehenden Auswahl hinzugefügt, wenn Sie eine nicht ausgewählte Zelle berühren, und die Zellen werden aus der bestehenden Auswahl entfernt, wenn die Zelle bereits ausgewählt ist.
	Taxonstab	Standardmäßig werden alle Taxa ausgewählt, die innerhalb des berührten Zeichens denselben Status aufweisen wie in der berührten Zelle. Über das Dropdown-Menü können Sie jedoch alle Taxa auswählen, deren Wert größer oder kleiner als der berührte ist. Wenn Sie die Umschalttaste gedrückt halten, wird das neue Taxa der bestehenden Auswahl hinzugefügt. Wenn Sie die Befehlstaste (oder die Apfeltaste) gedrückt halten, wird das neue Taxa der bestehenden Auswahl hinzugefügt, wenn Sie ein nicht ausgewähltes Taxon berühren, und das Taxa wird aus der bestehenden Auswahl entfernt, wenn das Taxon bereits ausgewählt ist.
	Zeichenstab	Standardmäßig werden alle Zeichen ausgewählt, die innerhalb des berührten Zeichens denselben Status haben wie in der berührten Zelle. Über das Dropdown-Menü können Sie jedoch alle Zeichen auswählen, deren Wert größer oder kleiner als der berührte ist. Wenn Sie die Umschalttaste gedrückt halten, werden die neuen Zeichen der bestehenden Auswahl hinzugefügt. Wenn Sie die Befehlstaste (oder Apfeltaste) gedrückt halten, werden die neuen Zeichen der bestehenden Auswahl hinzugefügt, wenn Sie ein nicht ausgewähltes Zeichen berühren, und die Zeichen werden aus der bestehenden Auswahl entfernt, wenn das Zeichen bereits ausgewählt ist.

Taxa, Zeichen und Zellen können auch über das Auswahlmenü des Zeichenmatrix-Editors ausgewählt werden. Diese ermöglichen die Auswahl variabler Zeichen, die Auswahl von Sequenzabschnitten, die mit einem aktuell ausgewählten Abschnitt übereinstimmen, die Umkehrung der aktuellen Auswahl und andere Änderungen an der Auswahl.

Durchsuchen der Matrix

Der Inhalt der Matrix kann auf zwei Arten durchsucht werden. Zunächst kann der Suchbereich am oberen Rand des Fensters auf Daten suchen eingestellt werden (durch Klicken auf das kleine Symbol, bis es als angezeigt wird). Dann können Sie einen Suchbegriff eingeben und die Eingabetaste drücken.

Zweitens können Sie die Matrix mit den Befehlen Suchen im Menü Bearbeiten und Auswählen durch Suchen im Menü Auswählen durchsuchen. Im Menü Bearbeiten wählt der Befehl Zeichenfolge suchen… die erste Instanzzelle in der Matrix aus, die die angegebene Textzeichenfolge enthält. Es werden die ersten Taxonnamen, die Zeichennamen und die Zeichenzustände innerhalb der Matrix gesucht. Sie können weitere Instanzen mit dem Befehl Find Again finden. Find All wählt alle Zellen aus, die eine bestimmte Zeichenfolge enthalten. Fußnote suchen“ funktioniert wie „Zeichenfolge suchen“, mit dem Unterschied, dass Zellen markiert werden, die Fußnoten mit dem angegebenen Text enthalten. (Um Text in den umfangreicheren Anmerkungen zu finden, müssen Sie ein Anmerkungsfenster mit dem Anmerkungswerkzeug (Bleistift) im Zeichenmatrix-Editor aufrufen und dann den Befehl Anmerkung suchen im Menü Anmerkungen wählen.)

Kopieren/Einfügen

Sie können Taxon- und Zeichennamen von einem Bereich der Matrix in einen anderen und von einer Matrix in eine andere kopieren. Sie können auch eine oder mehrere Zellen in der Matrix in die Zwischenablage kopieren und sie in einen anderen Bereich der Matrix oder in eine andere Matrix einfügen. In Mesquite können Sie mit diskontinuierlichen Auswahlen arbeiten, solange die Anzahl der ausgewählten Zellen im ersten Taxon, das beim Kopieren ausgewählt wird, die gleiche ist wie die Anzahl der ausgewählten Zellen im ersten Taxon, das beim Einfügen ausgewählt wird, und die gleiche für die nachfolgenden Taxa. Das heißt, wenn Sie zwei Zellen in Taxon 3, eine Zelle in Taxon 5 und vier Zellen in Taxon 7 auswählen und dies in die Zwischenablage kopieren, dann müssen Sie beim Einfügen zwei Zellen im ersten Taxon auswählen, in das eingefügt werden soll, eine im nächsten und vier im letzten.

Mesquite lässt es nicht zu, dass Sie einen Block von Zellen in die Matrix einfügen, während Sie einen anders geformten Block in der Matrix ausgewählt haben. Wenn Sie dies dennoch versuchen, bietet Mesquite an, die Auswahl so zu ändern, dass sie die gleiche Anzahl von Zellen wie in der Auswahl umfasst. Sie können dann erneut versuchen, einzufügen.

Bearbeiten der Namen von Zeichen und Zuständen

Zeichennamen können entweder durch Bearbeiten der Spaltenüberschriften im Zeichenmatrix-Editor oder durch direktes Bearbeiten der Zeichennamen im Fenster „Zeichenliste“ zugewiesen werden.

Mit dem Editor für Zustandsnamen, der über die Option (Zeichenmatrix) Matrix>Zustandsnamen bearbeiten verfügbar ist, können Sie die Zustände kategorischer Zeichen benennen. Er ist nicht verfügbar, wenn Ihre Matrix als Nukleotid- oder Proteindaten angegeben ist. Sie können die Ausrichtung (Zustände nach Zeichen oder Zeichen nach Zuständen) des Zustandsnamen-Editors ändern, indem Sie den Doppelpfeil oben links im Fenster anklicken. Fußnoten können an bestimmte Zustände angehängt werden, indem Sie den Zustand auswählen und die Fußnote in den Anmerkungsbereich am unteren Rand des Fensters eingeben.

Anmerkungen

Sie können die Zeichenmatrix mit Anmerkungen versehen, indem Sie einfache Fußnoten, ausführlichere Anmerkungen oder Farben an die Taxa, Zeichen oder Zellen der Matrix anhängen. Einfache Fußnoten können Sie anbringen, indem Sie die Zelle mit dem Pfeil- oder I-Träger-Werkzeug auswählen, dann zum weißen Anmerkungsfeld am unteren Rand des Fensters gehen und die Fußnote eingeben. Ausführlichere Anmerkungen und Farben können mit Hilfe des Anmerkungsfeldes eingefügt werden, das über die Option Anmerkungsfeld anzeigen im Menü Matrix aufgerufen werden kann. Derzeit sind die Fußnoten- und Anmerkungssysteme in Mesquite getrennt – die Fußnoten erscheinen im Anmerkungsbereich am unteren Rand vieler Fenster; die ausführlichen Anmerkungen erscheinen in einem in den Zeichenmatrix-Editor eingebetteten Panel. Eine Beispieldatei mit Annotationen befindet sich unter Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Das Annotations-Panel erscheint auf der rechten Seite des Fensters, wie folgt:

Das obige Anmerkungsfeld zeigt die Anmerkungen (falls vorhanden), die mit einem bestimmten Taxon, Zeichen oder einer Zelle in der Matrix verbunden sind (je nachdem, was mit dem Anmerkungswerkzeug (Bleistift) ausgewählt wurde). Mit den Schaltflächen (+) und (-) oben links können Sie Anmerkungen hinzufügen oder löschen. Zu jeder Notiz kann ein Bild hinzugefügt werden, und mit dem I-Balken-Cursor können den Bildern Beschriftungen hinzugefügt werden. Um das Aussehen dieser Beschriftungen zu steuern, klicken Sie mit der rechten Maustaste oder bei gedrückter Ctrl-Taste auf die Beschriftung, um ein Dropdown-Menü aufzurufen, mit dem Sie die Schriftart, die Farbe und andere Eigenschaften der Beschriftung einstellen können. Der Zeiger der Beschriftung kann mit dem Werkzeug Zeiger anpassen neu positioniert werden. Weitere Funktionen der Anmerkungen können über das Untermenü Anmerkungen des Menüs Matrix aufgerufen werden. Sie können nach Anmerkungen, die Text enthalten, suchen, indem Sie den Menüpunkt Anmerkung suchen des Untermenüs Anmerkungen verwenden.

Zellen der Matrix einfärben

Zellen oder deren Text können eingefärbt werden. Die Standard-Hintergrundfarbe der Zellen wird im Untermenü (Zeichenmatrix) Matrix>Hintergrundfarbe gewählt. Farben zur Unterscheidung verschiedener Zellen können mit den Elementen in den Untermenüs (Zeichenmatrix) Matrix>Farbe Zellen und (Zeichenmatrix) Matrix>Farbe Text festgelegt werden. Diese Untermenüs geben die Farbe an, die für den Hintergrund der Zelle oder für den Text innerhalb der Zelle gemäß den folgenden Kriterien verwendet werden soll:

• Zeichenwert – Eine Zelle wird entsprechend einem Wert für das gesamte Zeichen eingefärbt, wie z. B. Parsimony-Zeichenschritte.
• Zellenwert – Eine Zelle wird entsprechend einem Wert für diese bestimmte Zelle eingefärbt. Bei DNA-Sequenzdaten können die Zellen beispielsweise blau gefärbt werden, wenn die Stelle ein G oder C ist, und weiß, wenn es sich um ein A oder T handelt. Durch Auswahl von (Zeichenmatrix) Matrix>Bewegungsfenster (für Farben)… können Sie die Größe des Bewegungsfensters festlegen, über das der GC-Gehalt gemittelt wird. Andere Zellwerte sind für Aminosäureeigenschaften verfügbar (z.B., Hydrophobizität)
• Ausgeschlossen – Eine Zelle wird grau gefärbt, wenn ihr Zeichen ausgeschlossen ist.
• Fußnote vorhanden – Eine Zelle wird grün gefärbt, wenn sie eine Fußnote hat.
• Zeichenstatus – Eine Zelle wird entsprechend dem Zeichenstatus gefärbt (z. B. unterschiedliche Farben für A, C, G, T)
• Anmerkung angehängt – Eine Zelle wird grün eingefärbt, wenn ihr Anmerkungen (keine Fußnoten, sondern die vollständigen komplexen Anmerkungen) angehängt sind.
• Zugewiesene Farben – Eine Zelle wird mit der Farbe angezeigt, die mit dem Pinselwerkzeug () zugewiesen wurde. Um einer Zelle eine Farbe zuzuweisen, klicken Sie mit dem Pinsel auf die Zelle. Halten Sie die Schaltfläche in der Werkzeugpalette gedrückt, um ein Menü aufzurufen, in dem Sie die verwendete Farbe auswählen, Farben entfernen oder alle ausgewählten Zellen einfärben können.

Wenn Zellen eingefärbt sind, können Sie eine Legende für die Farben anfordern, indem Sie im Menü „Matrix“ die Option „Farblegende anzeigen“ auswählen oder die kleine Schaltfläche () unten links im Matrix-Editor (unter den Taxonnamen) berühren. Wenn Sie auf eine Farbe in der Matrix doppelklicken, wechselt der Editor zu einer Zelle mit dieser Farbe.

Änderungen und Transformationen

Im Menü „Ändern/Transformieren“ des Menüs „Matrix“ stehen folgende Möglichkeiten zur Verfügung, um die Zellen oder Zeichen einer Matrix zu ändern:

• Ausgewählte Zellen mit einem bestimmten Zustand füllen: Wählen Sie (Zeichenmatrix) Matrix>Ändern/Transformieren>Füllen
• Ausgewählte Zellen mit zufälligen Zuständen mit gleicher Häufigkeit für alle Zustände füllen: Wählen Sie (Zeichenmatrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
• Zufällige Umverteilung der Zustände innerhalb eines Zeichens unter den ausgewählten Taxa: Wählen Sie (Zeichenmatrix) Matrix>Ändern/Transformieren>Zustände unter den Taxa mischen
• Für Nukleotidsequenzdaten wandeln Sie die Einträge in jeder Zelle in ihr Komplement um: Wählen Sie (Zeichenmatrix) Matrix>Ändern/Transformieren>Nukleotidkomplement
• Umkehren einer ausgewählten molekularen Sequenz: Wählen Sie (Zeichenmatrix) Matrix>Ändern/Transformieren>Umgekehrte Sequenz
• Entfernen von Zeichen, die nur aus Lücken bestehen: Wählen Sie (Zeichenmatrix) Matrix>Ändern/Transformieren>Nur-Lücken-Zeichen entfernen
• Entfernen von unveränderlichen Zeichen: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Invariant Characters

Changing the attributes of characters

Ein Zeichen kann nicht nur in jedem der Terminaltaxa einen Status haben, sondern auch andere Attribute. So wird ein Zeichen als eingeschlossen oder ausgeschlossen markiert, und ihm werden Annahmen zugeordnet, wie z. B. ein Gewicht und ein Parsimony-Modell der Evolution. Diese Attribute werden in verschiedenen Berechnungen verwendet. Sie können in den Fenstern Liste der Zeichen zugewiesen werden, die im Menü Zeichen verfügbar sind.

Im Fenster „Liste der Zeichen“ beziehen sich die Spalten auf die Einbeziehung, das Parsimony-Modell und das Wahrscheinlichkeitsmodell (für Likelihood-Berechnungen). Weitere Spalten können für Gruppenzugehörigkeit, Gewicht und (bei DNA-Daten) Codon-Position angefordert werden. Sie können die Anzeige einer Spalte über das Menü Spalten anfordern. Für jede dieser Spalten kann das zugewiesene Attribut geändert werden, indem zunächst entweder die zu ändernden Zeichen ausgewählt werden (wenn nur einige Zeichen geändert werden sollen) oder die Spalte des Attributs ausgewählt wird (wenn alle Zeichen geändert werden sollen). Wenn Sie dann den Namen der Spalte berühren (wo ein umgekehrtes schwarzes Dreieck erscheinen sollte), erscheint ein Dropdown-Menü, in dem Sie die entsprechende Angabe machen können.

Für jedes der Attribute außer der Gruppenzugehörigkeit bestehen die drei unteren Menüpunkte darin, die aktuelle Spezifikation als benannten Spezifikationssatz in der Datei zu speichern (wie das Speichern eines Satzes oder Gewichtssatzes in MacClade), einen vorhandenen Spezifikationssatz durch den aktuellen zu ersetzen oder einen gespeicherten Spezifikationssatz zu laden, der zum aktuellen wird.

Nachfolgend sind die spezifischen Optionen für jede Spalte aufgeführt:

• Einschluss – Mit den Optionen Einschließen, Ausschließen und Umkehren können Sie den Einschluss von Zeichen ändern. Umgekehrt werden ausgeschlossene Zeichen in eingeschlossene Zeichen umgewandelt und umgekehrt. Ausgeschlossene Zeichen nehmen nicht an der Baumlänge und vielen anderen Berechnungen teil. Der Ausschluss wird von den Berechnungen nicht durchgängig beachtet, denn einige Berechnungen verwenden auch Zeichen, die ausgeschlossen sind.
• Parsimoniemodell – Das Untermenü Modell ermöglicht die Auswahl eines Parsimoniemodells, das den Zeichen für die Verwendung in Parsimonieberechnungen zugewiesen wird.
• Wahrscheinlichkeitsmodell – Das Untermenü „Modell“ ermöglicht die Auswahl eines Wahrscheinlichkeitsmodells, das den Zeichen für die Verwendung in Wahrscheinlichkeitsberechnungen und Simulationen zugewiesen wird.
• Gruppenzugehörigkeit – Die Abbildung oben zeigt die Gruppenzugehörigkeit in der letzten Spalte. Um Zeichen zu Gruppen zuzuordnen, müssen Sie zunächst mit Neue Gruppe Gruppen erstellen. Sie könnten zum Beispiel eine Gruppe Erwachsene Zeichen und eine andere Gruppe Larvenzeichen erstellen. Anschließend können Sie der Gruppe über das Untermenü Gruppe festlegen ein Zeichen zuweisen. Sie können auch die Farbe der Gruppe bearbeiten und die Gruppe umbenennen. Die Gruppenfarbe ist nützlich, um Zeichen verschiedener Gruppen zu unterscheiden, zum Beispiel in Diagrammen oder im Zeichenmatrix-Editor.
• Gewicht – Mit dem Menüpunkt „Gewicht setzen“ können Sie das dem Zeichen zugewiesene Gewicht einstellen. Dies wird derzeit bei Baumlängenberechnungen verwendet.
• Codon-Positionen – Diese Spalte ist für DNA-Daten verfügbar. Über das Dropdown-Menü können Sie Positionen zuweisen.

Darstellung von Informationen über Zeichen

Informative Statistiken und Werte für Zeichen können in verschiedenen Fenstern angezeigt oder dargestellt werden. Im Menü Analyse kann ein Balken-&Liniendiagramm angefordert werden, um die Verteilung eines Wertes für eine Reihe von Zeichen anzuzeigen. So kann z. B. die Anzahl der Parsimony-Schritte in den Zeichen eines aktuellen Baums grafisch dargestellt werden. Das im Menü „Analyse“ verfügbare Punktdiagramm stellt Zeichen in einem zweidimensionalen Raum dar, wobei die X-Achse einen bestimmten Wert darstellt (z. B. die Wahrscheinlichkeit des Zeichens unter einem Baum) und die Y-Achse einen anderen Wert (z. B. die Wahrscheinlichkeit des Zeichens unter einem anderen Baum). Die Werte für die Zeichen können auch im Fenster Liste der Zeichen angezeigt werden, wo Spalten hinzugefügt werden können (im Menü Liste), um ausgewählte Statistiken für jedes der Zeichen anzuzeigen.

Auflistung aller Zeichenmatrizen

Der Menüpunkt „Liste der Zeichenmatrizen“ unter „Zeichen“ zeigt eine Liste der Zeichenmatrizen an. Hier können Sie Statistiken einsehen und Namen von Zeichenmatrizen ändern.

Zeichenmatrizen können als „ausgeblendet“ markiert werden, was bedeutet, dass sie in den meisten Menüs und Dialogfeldern, in denen Sie Matrizen auswählen können, nicht angezeigt werden, und dass sie nicht in der Projekttafel links im Fenster erscheinen. Um die Sichtbarkeit einzustellen, gehen Sie zur Liste der Zeichenmatrizen, Spalte>Sichtbarkeit der Matrix. Sobald die Spalte erscheint, markieren Sie die Zeilen für die Matrizen, deren Sichtbarkeit Sie ändern möchten, und wählen Sie Sichtbarkeit umschalten aus dem Dropdown-Menü oben in der Spalte.