Die Fortpflanzung kann aufgrund der vielen verschiedenen Organismen in diesem Stamm sehr unterschiedlich sein. Ein Weibchen legt das Ei und das Männchen befruchtet es mit dem Sperma. Einige Mollusken sind jedoch Zwitter, d. h. sie haben sowohl männliche als auch weibliche Fortpflanzungsorgane. Meeresschnecken und Austern können wiederholt ihr Geschlecht wechseln, um ihr Kind zu schützen.
Die Befruchtung kann extern oder intern erfolgen. Externe Fortpflanzung findet am häufigsten bei aquatischen Mollusken statt. Die männlichen und weiblichen Mollusken stoßen ihre Eier oder Spermien ins Wasser ab, und die Befruchtung und Entwicklung beginnt. Innerhalb von 2-3 Wochen schlüpft aus dem Ei eine Larve, die als Trokophore bezeichnet wird. Trokophore sind kugelförmig, birnenförmig und von Flimmerhärchen umgeben. Mit den Flimmerhärchen ziehen sie schwimmende Nahrungspartikel ein. Nach dem Trokophorenstadium entwickeln sie sich zur Veliger-Larve und bilden ein Velum aus. Das Velum wird zum Schwimmen, zur Nahrungsaufnahme und zum Gasaustausch genutzt. In diesem Stadium beginnen sie auch, einen Fuß zu entwickeln. In diesem Stadium entwickeln sie auch ihre adulten Merkmale und werden als Miniaturadulte bezeichnet.
Einige andere Weichtiere pflanzen sich intern fort, wie z. B. die Landschnecken. Die Befruchtung findet im Weibchen statt, wenn die Spermien des Männchens das Ei erfolgreich befruchtet haben. Bei einigen Arten legt das Weibchen nach der Befruchtung das Ei ins Wasser ab. Nach dem Schlüpfen bildet sich eine Larve oder ein erwachsener Miniaturfisch. Diese Larven durchlaufen die gleichen Stadien wie die Larven, die sich durch äußere Fortpflanzung entwickeln, nämlich Trokophore und Veliger. Bei anderen Mollusken verbleiben die befruchteten Eier im Inneren des Weibchens, wo sie sich voll entwickeln und dann geboren werden.