Water-borne protozoan parasites like Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba and Toxoplasma are responsible for 1.7 billion cases of diarrhea globally, representing the second-home reason for mortality among children under five. Sie weisen ein umweltresistentes Zysten-/Ozystenstadium auf. Trotz ihrer Bedeutung beruhen die Standardanalysemethoden für ihren Nachweis immer noch auf Immunoassays, gefolgt von mikroskopischen Analysen. In den letzten Jahren wurde über neue Methoden berichtet, die das Potenzial für eine verbesserte Umweltdiagnose haben. Diese Übersicht konzentriert sich auf die Zysten und Oozysten der häufigsten im Wasser vorkommenden Protozoenparasiten und untersucht die Biosensoren und nanotechnologischen Optionen für ihren Nachweis in der Umwelt. Neue Entwicklungen wie die Verwendung von Aptameren als Ersatz für Antikörper, die Verwendung von Nanomaterialien als Ersatz für organische Farbstoffe und die Entwicklung neuer Signalisierungsmethoden wie die oberflächenverstärkte Raman-Spektroskopie und die auf Cantilevern basierende Massenmessung werden ausführlich beschrieben. Es werden einige künftige Forschungsmöglichkeiten erörtert, um die derzeitigen Grenzen der Analysemethoden zu überwinden.