Deine Reise beginnt mit Marcus, einem pandoranischen Waffenhändler, der dir die bisherige Geschichte des Spiels erzählt. Das Gewölbe (aus Borderlands 1) wurde von den vorherigen Helden geöffnet und schien nur mit Tentakeln und Enttäuschung gefüllt zu sein. Doch nachdem das Gewölbe geöffnet war, begann sich Eridium auf Pandora zu manifestieren. Ein neues und mächtiges Mineral, das die Aufmerksamkeit von Kriegern, Narren, Unternehmen und weiteren Tresorjägern auf sich zog. Die Hyperion Company, angeführt von Handsome Jack, begann, nach Eridium zu schürfen und fand dabei Hinweise auf ein weiteres Gewölbe. Jack beschloss daraufhin, die Kontrolle über Pandora zu übernehmen und diese Grenzgebiete mit Gewalt zu zivilisieren.

Ein filmisches Intro stellt die vier spielbaren Hauptcharaktere (DLC-Charaktere nicht mitgezählt) vor, die sich mit dem Zug auf die Suche nach dem Tresorraum machen. Axton: Das Kommando, Maya: Die Sirene, Salvatore: The Gunzerker, und Zer0: A Number.

Sie werden von Robotern und Banditen angegriffen, die von Jack geschickt wurden, und arbeiten zusammen, um sie in Schrott und Haufen von Glibber zu verwandeln. Danach versuchen sie, Jack zu finden, finden aber nur eine Jack-Marionette mit einer Ladung Bomben hinter sich. Die Bomben explodieren und bringen den Zug zum Entgleisen, wobei alle anderen Tresorjäger bis auf die von dir gewählte Spielerfigur getötet werden. Hier beginnt dein Abenteuer…