Op 12 april 1955, na de aankondiging van het succes van de proef met het poliovaccin, werd Cutter Laboratories een van de bedrijven die door de regering van de Verenigde Staten werd aanbevolen om een licentie te krijgen voor de productie van het poliovaccin van Salk. Vooruitlopend op de vraag naar vaccin hadden de bedrijven al voorraden van het vaccin geproduceerd en deze werden uitgegeven zodra de licenties waren ondertekend.

In wat bekend werd als het Cutter-incident, bevatten sommige partijen van het Cutter-vaccin – ondanks het feit dat zij de vereiste veiligheidstests hadden doorstaan – levend poliovirus in wat een geïnactiveerd-virusvaccin had moeten zijn. Cutter haalde het vaccin op 27 april van de markt nadat er gevallen van vaccinatie waren gemeld.

De vergissing leverde 120.000 doses poliovaccin op die levend poliovirus bevatten. Van de kinderen die het vaccin kregen, ontwikkelden 40.000 abortieve poliomyelitis (een vorm van de ziekte die het centrale zenuwstelsel niet aantast), 56 ontwikkelden paralytische poliomyelitis – en van hen stierven vijf kinderen aan polio. De blootstellingen leidden tot een epidemie van polio in de gezinnen en gemeenschappen van de getroffen kinderen, waardoor nog eens 113 mensen verlamd raakten en 5 stierven. De directeur van het microbiologisch instituut verloor zijn baan, evenals het equivalent van de assistent-secretaris voor gezondheid. Secretaris van Gezondheid, Onderwijs en Welzijn Oveta Culp Hobby trad af. Dr. William H. Sebrell, Jr, de directeur van het NIH, nam ontslag.

Surgeon General Scheele stuurde Drs. William Tripp en Karl Habel van het NIH om Cutter’s Berkeley faciliteiten te inspecteren, werknemers te ondervragen, en dossiers te onderzoeken. Na een grondig onderzoek vonden zij niets verkeerds aan Cutter’s productiemethoden. Een hoorzitting van het Congres in juni 1955 concludeerde dat het probleem vooral lag in het gebrek aan controle door het NIH Laboratory of Biologics Control (en het overdreven vertrouwen in de rapporten van de National Foundation for Infantile Paralysis).

In de daaropvolgende jaren werd een aantal civiele rechtszaken tegen Cutter Laboratories aangespannen, waarvan de eerste Gottsdanker v. Cutter Laboratories was. De jury oordeelde dat Cutter niet nalatig was geweest, maar aansprakelijk voor schending van de stilzwijgende garantie, en kende de eisers een geldelijke schadevergoeding toe. Dit schepte een precedent voor latere rechtszaken. Alle vijf bedrijven die in 1955 het Salk-vaccin produceerden -li Lilly, Parke-Davis, Wyeth, Pitman-Moore en Cutter – hadden moeite om het poliovirus volledig te inactiveren. Drie andere bedrijven dan Cutter werden aangeklaagd, maar de zaken werden buiten de rechtbank om geschikt.

Het Cutter-incident was een van de ergste farmaceutische rampen in de geschiedenis van de VS, en stelde enkele duizenden kinderen bij inenting bloot aan levend poliovirus. Het NIH Laboratory of Biologics Control, dat het Cutter poliovaccin had gecertificeerd, had van tevoren waarschuwingen ontvangen over problemen: in 1954 had staflid Dr. Bernice Eddy aan haar superieuren gemeld dat sommige ingeënte apen verlamd waren geraakt en foto’s verstrekt. William Sebrell, de directeur van NIH, verwierp het rapport.