Watergedragen protozoaire parasieten zoals Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba en Toxoplasma zijn wereldwijd verantwoordelijk voor 1,7 miljard gevallen van diarree, en vormen de op een na meest voorkomende reden voor sterfte onder kinderen jonger dan vijf. Zij vertonen een ecologisch resistent cyste/oocyst-stadium. Ondanks hun belang berusten de standaardanalysemethoden voor het opsporen ervan nog steeds op immunoassaying gevolgd door microscopische analyse. De laatste jaren is melding gemaakt van nieuwe methoden die een betere milieudiagnose mogelijk maken. Dit overzicht richt zich op de cysten en oöcysten van veel voorkomende protozoaire parasieten in het water en verkent de biosensoren en op nanotechnologie gebaseerde opties voor hun detectie in het milieu. Nieuwe ontwikkelingen zoals het gebruik van aptameren ter vervanging van antilichamen, het gebruik van nanomaterialen ter vervanging van organische kleurstoffen, en de ontwikkeling van nieuwe signaleringsmethoden zoals oppervlakte versterkte Raman spectroscopie, en cantilever gebaseerde massameting worden in detail besproken. Enkele toekomstige onderzoeksmogelijkheden worden besproken om de huidige beperkingen van de analytische methoden aan te pakken.