Je reis begint met Marcus, een Pandoraanse wapenhandelaar, die je het verhaal van het spel tot nu toe vertelt. De Vault (uit Borderlands 1) werd geopend door de vorige helden en leek slechts gevuld met tentakels en teleurstelling. Maar nadat de Vault geopend was, begon Eridium zich te manifesteren op Pandora. Een nieuw en krachtig mineraal, dat de aandacht begon te trekken van krijgers, dwazen, bedrijven, en nog meer Vault Hunters. De Hyperion Company, geleid door Knappe Jack, begon naar Eridium te delven en ze vonden onderweg bewijs van nog een andere kluis. Jack besloot toen de controle over Pandora over te nemen en deze grensgebieden met geweld te beschaven.

Een filmische intro introduceert de vier belangrijkste speelbare personages (DLC-personages niet meegerekend) die per trein op weg zijn om de Vault te zoeken. Axton: De Commando, Maya: De Sirene, Salvatore: The Gunzerker, en Zer0: A Number.

Ze worden aangevallen door robots en bandieten, gestuurd door Jack, en werken samen om ze te veranderen in schroot en stapels smurrie. Hierna proberen ze Jack te vinden, maar vinden uiteindelijk alleen een Jack-pop met een lading bommen achter zich aan. De bommen ontploffen en de trein ontspoort, waarbij alle andere Vault Hunters omkomen, behalve de speler-karakter die jij hebt gekozen. Hier begint je avontuur…