Secvențe codificatoare de proteine

<Înapoi la Catalog

Secvențele codificatoare de proteine sunt secvențe de ADN care sunt transcrise în ARNm și în care moleculele de ARNm corespunzătoare sunt traduse într-un lanț polipeptidic. Fiecare trei nucleotide, denumite codon, dintr-o secvență codificatoare de proteine codifică 1 aminoacid în lanțul polipeptidic. În unele cazuri, diferite șasiuri pot fie să pună în corespondență un anumit codon cu o secvență diferită, fie să utilizeze codoni diferiți mai mult sau mai puțin frecvent. Prin urmare, unele secvențe codificatoare de proteine pot fi optimizate pentru utilizarea într-un anumit șasiu.

În registru, secvențele codificatoare de proteine încep cu un codon de început (de obicei ATG) și se termină cu un codon de oprire (de obicei cu un codon dublu de oprire TAA TAA). Secvențele de codificare a proteinelor sunt adesea prescurtate cu acronimul CDS.

Deși secvențele codificatoare de proteine sunt adesea considerate a fi părți de bază, de fapt secvențele codificatoare de proteine pot fi ele însele compuse din una sau mai multe regiuni, numite domenii proteice. Astfel, o secvență codificatoare de proteine ar putea fi introdusă fie ca o parte de bază, fie ca o parte compusă din două sau mai multe domenii proteice.

1. Domeniul N-terminal al unei secvențe codificatoare de proteine este special din mai multe puncte de vedere. În primul rând, el conține întotdeauna un codon de start, distanțat la o distanță corespunzătoare de un situs de legare ribozomal. În al doilea rând, multe regiuni codificatoare au caracteristici speciale la extremitatea N terminală, cum ar fi etichetele de export al proteinelor și etichetele de clivaj și atașare a lipoproteinelor. Acestea apar la începutul unei regiuni de codificare și, prin urmare, sunt denumite domenii de cap.
2. Un domeniu proteic este o secvență de aminoacizi care se pliază relativ independent și care, din punct de vedere evolutiv, sunt amestecate ca o unitate între diferite regiuni de codificare a proteinelor. Secvența de ADN a unor astfel de domenii trebuie să mențină traducerea in-frame și, prin urmare, este un multiplu de trei baze. Deoarece aceste domenii proteice se află în cadrul unei secvențe codificatoare de proteine, ele se numesc domenii interne. Anumite domenii Interne au funcții particulare în scindarea sau splicarea proteinelor și sunt denumite domenii Interne speciale.
3. În mod similar, domeniul C-terminal al unei proteine este special, conținând cel puțin un codon de oprire. Alte caracteristici speciale, cum ar fi etichetele de degradare, trebuie, de asemenea, să se afle la extremitatea C-terminală. Din nou, aceste domenii nu pot funcționa atunci când sunt interne unei regiuni de codificare și sunt denumite domenii de coadă.

Pentru mai multe detalii despre domeniile proteice, inclusiv despre modul de asamblare a domeniilor proteice în secvențe de codificare a proteinelor, consultați Domenii proteice.

Secvențele codificatoare de proteine trebuie să fie după cum urmează

GAATTC GCGGCCGC T TCTAG T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG

	Design: Sunteți interesat să proiectați o nouă secvență codificatoare de proteine? Iată câteva linii directoare pentru a vă ajuta să proiectați noi secvențe codificatoare de proteine.
	Help: Un glosar, întrebări frecvente și lecturi suplimentare despre unitățile de translație, secvențe codificatoare de proteine și domenii proteice.

Secvențe codificatoare de proteine utilizate în mod obișnuit

	Raportori: Reporterii sunt proteine care pot fi utilizate pentru a măsura expresia genelor sau alte evenimente intracelulare. Reporterii produc, în general, un semnal măsurabil, cum ar fi fluorescența, culoarea sau luminescența.
	Regulatori transcripționali: Aici sunt enumerate proteinele implicate în activarea sau reprimarea transcripției.
	Markeri de selecție: Proteine implicate în conferirea unui avantaj sau dezavantaj selectiv celulelor, inclusiv markerii de rezistență la antibiotice. Aceste secvențe codificatoare de proteine sunt utile pentru selectarea celulelor cu o anumită trăsătură, cum ar fi cea de a conține o plasmidă.

Enzime

	Biosinteză: Enzimele implicate în producerea sau degradarea substanțelor chimice și a metaboliților sunt enumerate aici.
	Modificarea ADN: Enzime utilizate în timpul scindării, exciziei, integrării, ligării, remodelării cromatinei și replicării ADN-ului.
	Proteaze: Proteazele clivează sau degradează alte proteine. Unele proteaze se pot chiar cliva chiar pe ele însele.
	Enzime de modificare post-translațională: Unele enzime modifică posttranslațional alte proteine, de exemplu, prin adăugarea sau îndepărtarea unei grupări fofat sau metil.

Alte secvențe codificatoare de proteine

	Proteine de membrană: Peptidele de afișare de suprafață, transportoarele, canalele și pompele sunt enumerate aici.
	Receptori și liganzi: Receptorii și liganzii care nu sunt asociați cu membrana celulară.
	Proteine de liză: Proteine implicate în uciderea celulelor prin ruperea membranei.

.