Nomenclatura tulpinilor de șoareci

Un număr mare de tulpini GEMM (Genetically Engineered & Mutant Mice) sunt tulpini congenice. Tulpinile congenice sunt produse prin transferul unei mutații de la un fond genetic la o anumită tulpină consangvinizată prin încrucișări repetate. Se așteaptă ca tulpina congenitală și partenerul consangvin să fie identice la toți loci, cu excepția locusului transferat și a unui segment de cromozom legat. Dimensiunea segmentului și posibilitatea de a transfera alele pe alți cromozomi depind de numărul de generații de retrocruce.

O tulpină este considerată pe deplin congenică după zece generații de retrocruce (N10). Cu toate acestea, tulpinile purtătoare de mutații care au fost reîncrucișate cu tulpina de fond timp de cel puțin cinci, dar mai puțin de zece generații, sunt considerate tulpini congenice incipiente și pot fi utile într-o varietate de domenii de cercetare.

Majoritatea denumirilor de tulpini pentru șoarecii congenici purtători de mutații spontane și direcționate, precum și pentru câteva tulpini congenice pentru loci de histocompatibilitate, nu au urmat nomenclatura congenică standard din motive istorice. Ca răspuns la preocupările comunității științifice cu privire la originea mutațiilor genetice și la diferențele de fenotip datorate efectelor fondului genetic, Comitetul Internațional pentru Nomenclatura Genetică Standardizată pentru Șoareci și The Jackson Laboratory s-au angajat să corecteze aceste neconcordanțe.

Începând cu 1 iunie 2000, un număr mare de nume de tulpini de șoareci JAX® Mice au fost modificate pentru a indica tulpina de origine a mutației. Tulpinile sunt listate cu noile lor nume, iar numele anterioare sunt indicate în baza de date JAX® Mice Database. Mai jos sunt prezentate exemple ale acestor schimbări de nume. Nomenclatura congenică este adoptată odată ce o tulpină a ajuns la a cincea generație de încrucișare (N5), deși o tulpină nu este considerată pe deplin congenică până la N10. S-a luat decizia de a nu schimba nomenclatura unor tulpini care poartă mai multe alele derivate de la origini diferite, fie din cauza modului în care a fost generată tulpina, fie pentru că nomenclatura ar provoca o confuzie suplimentară. Informații suplimentare cu privire la originea transgenei și a mutațiilor genetice pot fi găsite prin intermediul bazei de date JAX® Mice Database, efectuând o căutare folosind simbolul genei sau numărul stocului de interes.

Nomenclatura sușelor congenice

Sușele congenice sunt desemnate printr-un simbol compus din tulpina gazdă (de obicei abreviată), un punct, tulpina donatoare (de asemenea, de obicei abreviată), o cratimă și simbolul cu caractere italice al locusului sau al locilor diferențiali și al alelei (alele) (de ex, B10.129P-H12b). În cazul în care tulpina donatoare fie nu este consangvinizată, fie este complexă, se utilizează simbolul „Cg”, care semnifică „congenital”. Nomenclatura congenitală se aplică atât în cazul congenitalităților incipiente, cât și în cazul congenitalităților complete. Numărul de generație este inclus în detaliul tulpinii.

Bazele genetice ale multor congeniști sunt un amestec de C57BL/6J și o substructură 129 (desemnată fie B6;129, B6;129P, fie B6;129S; a se vedea explicația care urmează la „Nomenclatura revizuită pentru șoarecii din tulpina 129”). Cu toate acestea, fundamentele unor tulpini congenice sunt necunoscute, derivă din mai mult de două tulpini progenitoare sau au contribuții genetice de la o sursă necunoscută sau de la o tulpină de rasă. Fondul unor astfel de sușe congenitale este frecvent denumit „STOCK”. În trecut, majoritatea mutațiilor spontane și induse transferate prin retrocruce de la un fond mixt (de exemplu, fie B6;129, fie STOCK) la un fond consangvin nu erau descrise de nomenclatura congenitală convențională. Cu toate acestea, multe denumiri de tulpini de șoareci modificați genetic și mutanți au fost revizuite pentru a indica mai clar originea unei mutații (de exemplu, B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

The Jackson Laboratory furnizează un număr mare de tulpini congenice de histocompatibilitate. În unele cazuri, mai multe linii sunt derivate din aceeași tulpină donatoare și se disting printr-un număr și/sau o literă în paranteze (de exemplu, B10.129P-H11b(10M)/SnJ și B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

În, 2000, un număr mare de nume de tulpini de șoareci JAX® Mice s-au schimbat pentru a indica tulpina de origine a mutației. Exemple de modificări de nomenclatură

Exemplu 1.

Nota: Acest nume de tulpină nu trebuie confundat cu cel al unei mutații menținute pe un fond genetic mixt B6;129P, unde abrevierile de tulpină din denumire sunt separate de un punct și virgulă în loc de un punct (a se vedea exemplul 5). Am inclus informații suplimentare (tipul de tulpină, informații privind controlul, tulpinile de fond și donatoare și numărul de generație) în detaliile privind tulpinile congenice, atât în literatura noastră tipărită, cât și pe site-ul nostru web, pentru a delimita mai clar fondul genetic.

Exemplul 2.

Nota: Cg (pentru congenital) se utilizează atunci când există mai multe tulpini donatoare sau când tulpina donatoare are un fond genetic mixt.

Exemplu 3.

Nota: În acest exemplu, Cg este folosit pentru a evita să se sugereze că ambele mutații au apărut pe DBA/J, arătând în același timp că markerul de culoare a hainei misty (m) și mutația de diabet (Leprdb) sunt menținute în repulsie.

Exemplu 4.

.

Nota: Materialul genetic suplimentar care contribuie poate fi inclus între paranteze după tulpina donatoare. În acest exemplu, o mutație țintită a fost transferată de la un fond mixt B6;129P la o a treia tulpină consangvinizată. Regiunea genomică care flanchează gena vizată este asemănătoare cu 129P2 din cauza originii liniei de celule ES, dar o cantitate necunoscută din genomul tulpinii poate fi de origine C57BL/6. Cantitatea de ADN din tulpina donatoare, atât legată cât și nelegată de locusul diferențial, scade odată cu creșterea numărului de generații de retrocruce.

Străină cu o mutație transportată pe un fond genetic mixt

Exemplu 5.

Nota: Acesta nu este un congenital, ci mai degrabă un amestec de C57BL/6 și 129P2 (din linia de celule ES) și, prin urmare, segregă alele din aceste două tulpini. Virgula dintre abrevierile tulpinilor a fost înlocuită cu un punct și virgulă pentru a face o distincție mai clară față de punctul din nomenclatura congenitală.

Strain cu nomenclatură care nu s-a schimbat, dar care poartă alele de origini diferite

Exemplu 6.

Nota: Această tulpină a fost obținută prin împerecherea împreună, nu prin retrocruce, a trei tulpini congenice individuale purtătoare de alele diferențiale deja pe un fond genetic C57BL/6J (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a și B6.CAST-Gpi1).

.