Matrici de caractere

Caractere și matrici de caractere

Caracterele și stările lor de caracter sunt mijloace prin care se descriu caracteristicile organismelor. Mesquite suportă caractere ale căror stări sunt categorice (discrete și nu neapărat ordonate), continue (măsurători cu valoare zecimală) sau meristice (numărători). Există versiuni speciale de caractere categorice pentru datele privind secvențele de ADN, ARN și proteine. Pentru mai multe detalii specifice acestor tipuri de caractere, consultați paginile privind caracterele moleculare și continue. Caracterele categorice, altele decât cele moleculare, pot avea 55 de stări. Caracterele meristice sunt numere întregi (și pot fi negative).

Caracterele pot exista în cadrul matricelor care sunt stocate într-un fișier de date. Astfel, o matrice poate stoca o serie de caractere categorice pentru a descrie caracteristicile fenotipice. O matrice separată poate stoca caractere continue care descriu măsurătorile efectuate asupra organismelor, în timp ce o a treia matrice poate stoca date de secvență ADN, în care fiecare sit aliniat este tratat ca un caracter (Mesquite tratează în prezent datele nealiniate ca și cum ar fi aliniate, deși alinierea poate fi ignorată). Fiecare matrice poate avea doar un singur tip de caracter, dar un fișier de date poate conține mai mult de o matrice.

Caracterele pot exista și în afara matricelor. De exemplu, caracterele pot fi create prin simulări și randomizări sau prin ordonări și utilizate direct în calcule, fără ca în vreun moment să fie capturate într-o matrice și stocate într-un fișier. Astfel, „sursa de caractere” utilizată pentru un calcul poate fi fie matricele stocate în fișier, fie caracterele generate din mers de simulări, randomizări sau ordonări. Din acest motiv, Mesquite vă întreabă în mod implicit ce „Source of Characters” (sursă de caractere) să utilizați atunci când sunt necesare caractere sau matrici. Deoarece unii utilizatori începători pot considera această solicitare derutantă, puteți seta Mesquite să aleagă Stored Characters (Caractere stocate) sau Stored Matrices (Matrici stocate) în mod implicit, fără a întreba, selectând elementul „Use Stored Characters/Matrices by Default” (Utilizare implicită a caracterelor/matricelor stocate) din submeniul Defaults (Valori implicite) al meniului File (Fișier).

Cea mai mare parte a acestei pagini de manual se referă la caracterele/matricele stocate în fișierul de date.

• Tipuri de matrici de caractere
• Crearea unei matrici de caractere
• Ștergerea și redenumirea matricelor de caractere
• Editorul matricelor de caractere
  • Undo
  • Adatare, ștergerea, redenumirea și sortarea taxonilor și a caracterelor
  • Introducerea datelor de caractere
  • Selectarea taxonilor, caractere și celule ale matricei
  • Cercetarea matricei
  • Copiere/lipire
  • Editarea numelor caracterelor și a stărilor
  • Anotații
  • Colorarea celulelor matricei
  • Alterări și transformări

  .

• Modificarea atributelor caracterelor
• Informații grafice despre caractere
• Lista tuturor matricelor de caractere

Tipuri de matrici de caractere

Tipurile standard de matrici de caractere disponibile în Mesquite sunt:

• Matrici categoriale standard – Statele sunt discrete, nu neapărat ordonate. Caracterele pot avea până la 55 de stări, ale căror simboluri implicit sunt 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Polimorfismele (de exemplu, starea 0 și 2) sunt indicate prin 0&2; incertitudinea (de exemplu, starea 0 sau 2) este indicată prin 0/2. O stare complet necunoscută este indicată prin ? în mod implicit. În cazul în care caracterul este inaplicabil la taxonul respectiv, simbolul este – în mod implicit. Numele stărilor pot fi atribuite folosind Edit State Names.
  
• Matrici ADN/ARN – Patru stări, A, C, G, T sau A, C, G, U. Se pot folosi coduri standard de ambiguitate (de exemplu, R = A sau G). În mod implicit, starea necunoscută este ?, decalajul este -. Mai multe informații despre editarea datelor ADN sunt oferite aici.
  
• Matrici proteice – Simboluri standard pentru aminoacizi. În mod implicit, starea necunoscută este ?, decalajul este -. Mai multe informații despre editarea datelor privind proteinele sunt oferite aici.
• Matrici continue – Stările sunt valori continue (de exemplu, 1,02, 3e-4). O matrice poate avea mai multe elemente, cum ar fi x, y sau min, max. Elementele pot fi adăugate cu ajutorul elementelor de meniu din meniul Matrix>Utilities (Matrice >Utilități) sau cu ajutorul panoului de informații al matricei (afișat cu „i” albastru în stânga jos a matricei). Un tip special de matrice continuă, Geographic, are două caractere (latitudine, longitudine). Mai multe informații despre datele continue sunt oferite aici.
  
• Matrici meristice – Statele sunt numere întregi (și pot fi negative). Dacă caracterul este inaplicabil la acel taxon este indicat printr-un x, nu „-” ca în alte tipuri de date, pentru a evita confuzia cu semnul minus. Datele lipsă sunt indicate printr-un semn de întrebare (?). Matricele meristice pot avea mai multe elemente, care pot fi adăugate cu ajutorul panoului de informații al matricei (indicat cu ajutorul „i” albastru în stânga jos a matricei).
  

Crearea unei matrice de caractere

Există mai multe moduri de a crea o matrice de caractere care să fie stocată în fișier. Cel mai simplu, puteți crea o matrice goală (goală) alegând Characters>New Empty Matrix. În caseta de dialog care apare, denumiți matricea de caractere și specificați numărul de caractere. De asemenea, va trebui să alegeți tipul de date pe care îl va conține matricea (date categorice standard, date de secvență ADN (sau ARN), continue sau date de secvență de proteine). În mod normal, veți crea o matrice goală dacă urmează să începeți să introduceți observații despre organisme.

De asemenea, este posibil să creați matrici de caractere care sunt deja umplute cu stări de caractere. De exemplu, dacă doriți să faceți un duplicat al unei matrici de caractere existente, selectați Characters>Make New Matrix From>Stored Matrices. Dacă doriți să creați o matrice din conținutul clipboard-ului, selectați Characters>Make New Matrix From>Clipboard. Alte opțiuni disponibile la Characters>Make New Matrix From> (Caractere>Facere matrice nouă din>) vă permit să creați și să stocați matrici rezultate din simulări ale evoluției personajelor, din randomizări ale matricelor existente sau din alte surse.

Matricele de caractere pot fi, de asemenea, citite din fișiere, inclusiv cele din NEXUS și din alte formate care pot fi importate.

Ștergerea și redenumirea matricelor

Există trei locuri în care puteți redenumi și șterge matrici de caractere: în Character Matrix Editor, în fereastra List of Character Matrices și în Project Panel.

În Character Matrix Editor, submeniul Current Matrix din partea de sus a meniului matrix are elemente de meniu pentru redenumirea sau ștergerea matricei afișate în fereastră.

În fereastra List of Character Matrices (disponibilă în meniul Characters), puteți redenumi o matrice prin editarea directă a numelui acesteia. Pentru a șterge matrici, selectați rândurile corespunzătoare matricelor care urmează să fie șterse și selectați List>Delete Selected Character Matrices.

Pentru a redenumi o matrice din panoul Project Panel din partea stângă a ferestrelor, atingeți numele matricei până când apare un meniu derulant:

Alegeți Rename Matrix din acest meniu pentru a redenumi matricea. De asemenea, puteți utiliza acest meniu derulant pentru a șterge o matrice.

Editorul matricei de caractere

După ce aveți o matrice de caractere, o puteți edita folosind editorul matricei de caractere din Mesquite, disponibil în partea de sus a meniului Characters. Acesta este un editor de tip foaie de calcul, similar în stil cu cel al MacClade. În timp ce editorul Mesquite poate gestiona date continue și dispune de utilități speciale, de exemplu pentru a compara matrici, îi lipsesc funcțiile sofisticate ale MacClade pentru vizualizarea și alinierea datelor de secvență moleculară. Deoarece MacClade și Mesquite au în comun formatul de fișier NEXUS, pentru majoritatea fișierelor de date veți putea edita matrici în oricare dintre programe pentru a le utiliza în celălalt. Mai jos sunt prezentate instrucțiuni cu privire la modul de editare a unei matrice de caractere. Cea mai mare parte a editării se poate face în Character Matrix Editor, dar unele modificări pot fi făcute în alte ferestre.

Editorul matricei de caractere este controlat de meniurile Matrix și Select și de instrumentele din paleta din stânga. Meniul Matrix conține elemente pentru a modifica lățimea coloanelor (submeniul Display), pentru a schimba colorarea celulelor și pentru a modifica datele caracterelor.

Puteți solicita un panou care să afișeze informații despre matrice și caracterele sale, atingând „i” albastru () din dreapta sus sau din stânga jos a matricei.

Puteți avea mai mult de un Matrix Editor vizibil pentru a lucra la aceeași matrice. Pentru a obține un al doilea editor, alegeți Extra Matrix Editor din meniul Characters (Caractere). Acest lucru poate fi util dacă doriți ca editorii să fie setați pe vizualizări diferite (de exemplu, unul pe Birds eye view, sau colorat după cum este tradus în proteină).

Rețineți că, în prezent, multe dintre modificările pe care le faceți la o matrice de caractere nu pot fi anulate!

Editorul matricei de caractere care prezintă date morfologice
Editorul matricei de caractere care prezintă secvențe ADN	.

Există butoane în partea stângă jos a editorului de matrice de caractere pentru a deschide fereastra Listă de caractere () și fereastra Listă de taxoni (). Reciproc, fereastra „List of Characters” are un buton () pentru a afișa editorul matricei de caractere.

Undo

Editorul de matrice de caractere al lui Mesquite are o anumită capacitate de a anula ultima modificare efectuată, în funcție de care a fost acea modificare. Puteți solicita Undo în meniul Edit. În prezent, ștergerea unui caracter nu poate fi anulată, la fel ca și ștergerea taxonilor. Lucrăm la extinderea domeniului de aplicare a ceea ce poate fi anulat. (Dacă incapacitatea de a anula vă îngrijorează, este posibil să doriți să activați backup-ul automat NEXUS în submeniul Defaults din meniul File și să salvați frecvent).

Aducerea, ștergerea, redenumirea, fuzionarea și sortarea taxonilor și caracterelor

Există mai multe metode de adăugare a taxonilor sau caracterelor la o matrice existentă. Pentru a adăuga taxoni, fie alegeți (Character Matrix) Matrix>Add Taxa… sau (Taxa) List>Add Taxa… pentru a adăuga taxoni la sfârșitul matricei, fie utilizați instrumentul Add Taxa () în matricea de caractere pentru a adăuga taxoni în punctul din matrice care este atins. Pentru a adăuga caractere, alegeți (Character Matrix) Matrix>Add Characters… pentru a adăuga caractere la sfârșitul matricei sau utilizați instrumentul Add Characters () din matricea de caractere pentru a adăuga caractere în punctul din matrice care este atins.

Pentru a șterge taxonii existenți, fie selectați taxonii în fereastra Taxa List Window (atingând numărul taxonului din extrema stângă) și alegeți (Taxa) List>Delete Selected Taxa, fie selectați întregul rând al taxonului care urmează să fie șters (atingând numărul taxonului din extrema stângă) în Character Matrix și alegeți (Character Matrix) Matrix>Delete Selected.

Pentru a șterge caracterele existente, fie selectați caracterele în fereastra List of Characters (atingând numărul caracterului din extrema stângă) și alegeți (Characters) List>Delete Selected Characters, fie selectați întregul rând pentru caracterele care trebuie șterse (atingând numărul caracterelor din extrema stângă) în Character Matrix și alegeți (Character Matrix) Matrix>Delete Selected.

Pentru a redenumi taxonii sau caracterele, alegeți instrumentul „I-beam” () în fereastra „Taxa List Window”, „List of Characters Window” sau „Character Matrix Window”, selectați numele care urmează să fie editat și introduceți noul nume.

Taxele pot fi fuzionate folosind Merge Taxa din submeniul Taxon Utilities din meniul Matrix. Acest lucru va unifica, de asemenea, stările lor de caractere în orice matrice. În cazul în care cei doi taxoni au aceleași stări, această stare este utilizată pentru taxonul fuzionat. În cazul în care unul dintre cei doi taxoni are date lipsă sau o lacună (inaplicabil), dar celălalt are o stare, se utilizează starea celuilalt (de exemplu, ? + A = A). În cazul în care unul are o lacună, iar celălalt date lipsă, rezultatul este date lipsă. În cazul în care cei doi taxoni au stări diferite, care sunt unice sau polimorfe, rezultă un polimorfism (de exemplu, A + G = A&G). În cazul în care cei doi taxoni au stări diferite și cel puțin unul este ambiguu, rezultă o incertitudine, cu excepția cazului în care ambiguitatea este cuprinsă în întregime în polimorfismul celuilalt (de exemplu, A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

Pentru a schimba ordinea caracterelor, puteți selecta și glisa caractere întregi în fereastra List of Characters sau în Character Matrix Editor. De asemenea, puteți utiliza instrumentul de sortare () pentru a sorta automat caracterele în ordinea alfabetică sau numerică a coloanei sau rândului pe care atingeți în aceste ferestre.

Introducerea datelor caracterelor

Puteți introduce datele caracterelor fie o celulă la un moment dat, fie folosind instrumente care permit introducerea mai multor celule deodată. Instrumentele disponibile sunt prezentate în tabelul următor.

	Tool	Action
	I-beam	Selectează o celulă individuală și vă permite să editați conținutul celulei așa cum ați face-o cu orice text standard.
	Select and Type	Dacă acest instrument este activ, tastarea unei taste va face ca acea valoare unică să fie introdusă în toate celulele selectate. Celulele pot fi selectate cu acest instrument; ținând apăsate tastele Shift sau Command, pot fi selectate mai multe celule.
	Paint Bucket	Acest instrument va umple rapid un bloc de celule cu o anumită stare. Starea („paint”) poate fi aleasă atingând cu picătura de ochi pe o celulă cu starea corespunzătoare sau alegând Set Fill States din meniul derulant al Paint Bucket.
	Eye Dropper	Acest instrument, atunci când este atins pe o celulă din matrice, stabilește „vopseaua” din Paint Bucket la stările din acea celulă.

Selectarea taxonilor, caracterelor și celulelor din matrice

Mesquite dispune de mai multe instrumente pentru selectarea taxonilor, caracterelor sau celulelor de date, așa cum sunt descrise în tabelul următor.

	Tool	Action
	Arrow	Selectează celule individuale sau multiple. Pentru a adăuga sau a scădea celule la o selecție existentă, țineți apăsată tasta Command (sau Apple) în timp ce atingeți o celulă. Pentru a extinde o selecție pentru a cuprinde un bloc solid de celule, țineți apăsată tasta Shift în timp ce atingeți o celulă.
	Wand	În mod implicit, selectează toate celulele care posedă aceeași stare valorică ca și celula atinsă. Adică, dacă o atingeți pe o celulă cu starea „1”, vor fi selectate toate celulele din întreaga matrice cu starea „1”. Cu toate acestea, folosind meniul derulant, puteți să-i cereți să aleagă toate celulele cu o valoare mai mare decât cea atinsă, sau mai mică decât. În mod implicit, acest instrument selectează celulele din întreaga matrice. Cu ajutorul meniului derulant, puteți cere să restricționați selecția la un singur taxon sau la un singur caracter. Dacă țineți apăsată tasta Shift, noua celulă se adaugă la selecția existentă. Menținerea apăsată a tastei Command (sau Apple) va adăuga noile celule la selecția existentă dacă atingeți o celulă care nu este selectată și va elimina celulele din selecția existentă dacă celula este deja selectată.
	Taxon Wand	În mod implicit, selectează toți taxonii care posedă aceeași stare în cadrul caracterului atins cu cea din celula atinsă. Cu toate acestea, cu ajutorul meniului derulant, îi puteți cere să aleagă toți taxonii cu o valoare mai mare decât cea atinsă sau mai mică decât. Ținând apăsată tasta Shift, noii taxoni se adaugă la selecția existentă. Menținerea apăsată a tastei Command (sau Apple) va adăuga noul taxon la selecția existentă dacă atingeți un taxon care nu este selectat și va elimina taxonul din selecția existentă dacă taxonul este deja selectat.
	Character Wand	În mod implicit, selectează toate caracterele care posedă aceeași stare în cadrul caracterului atins ca și cea din celula atinsă. Cu toate acestea, cu ajutorul meniului derulant, îi puteți cere să aleagă toate caracterele cu o valoare mai mare decât cea atinsă sau mai mică decât. Ținând apăsată tasta Shift, noile caractere se adaugă la selecția existentă. Dacă țineți apăsată tasta Command (sau Apple), noile caractere vor fi adăugate la selecția existentă dacă atingeți un caracter care nu este selectat și vor fi eliminate din selecția existentă dacă acesta este deja selectat.

Taxele, caracterele și celulele pot fi, de asemenea, selectate folosind elementele din meniul Select (Selectare) al Character Matrix Editor (Editorul de matrice de caractere). Acestea vă permit să selectați caractere variabile, să selectați secvențe de secvență care se potrivesc cu o secvență selectată în mod curent, să inversați selecția curentă și să efectuați alte modificări ale selecției.

Căutarea în matrice

Conținutul matricei poate fi căutat în două moduri. În primul rând, zona de căutare din partea de sus a ferestrei poate fi setată pe Search Data (setată făcând clic pe pictograma mică până când apare ca ). Apoi, se poate introduce un șir de căutare și se apasă return.

În al doilea rând, puteți căuta în matrice folosind comenzile Find din meniul Edit și Select by Search din meniul Select. În meniul Edit, comanda Find String… selectează prima celulă de instanță din matrice care conține șirul de text dat. Se caută primele nume de taxoni, numele caracterelor și stările caracterelor din matrice. Puteți găsi instanțe ulterioare utilizând comanda Find Again (Găsește din nou). Find All (Găsește toate) selectează toate acele celule care conțin un anumit șir de caractere. Find Footnote (Găsire notă de subsol) funcționează ca și Find String (Găsire șir de caractere), cu excepția faptului că evidențiază celulele care conțin note de subsol cu textul dat. (Pentru a găsi text în cadrul adnotărilor mai elaborate, va trebui să apelați o fereastră de adnotări folosind instrumentul Annotate (creion) din editorul matricei de caractere, apoi să alegeți Find Annotation din meniul Notes.)

Copy/paste

Puteți copia nume de taxoni și caractere dintr-o regiune a matricei în alta și dintr-o matrice în alta. De asemenea, puteți copia una sau mai multe celule din matrice în Clipboard și le puteți lipi într-o altă regiune a matricei sau într-o altă matrice. Mesquite vă permite să faceți cu selecții discontinue, atâta timp cât numărul de celule selectate în primul taxon care este selectat în timpul copierii este același cu numărul de celule selectate în primul taxon care este selectat în timpul lipirii, și același lucru pentru taxonii următori. Altfel spus, dacă selectați două celule în taxonul 3, o celulă în taxonul 5 și patru celule în taxonul 7 și copiați acest lucru în Clipboard, atunci, atunci când lipiți, trebuie să selectați două celule în primul taxon în care să lipiți, una în taxonul următor și patru în ultimul.

Mesquite nu vă va permite să lipiți un bloc de celule în matrice în timp ce ați selectat un bloc de formă diferită în matrice. Cu toate acestea, dacă încercați să faceți acest lucru, Mesquite vă va oferi să modificați selecția astfel încât să acopere același număr de celule ca în selecție. Apoi puteți încerca din nou să lipiți.

Editarea numelor caracterelor și a stărilor

Numele caracterelor pot fi atribuite fie prin editarea titlurilor de coloană în Character Matrix Editor, fie prin editarea numelor caracterelor direct în fereastra List of Characters.

Editorul de nume de stări, disponibil alegând (Character Matrix) Matrix>Edit State Names, vă permite să denumiți stările caracterelor categorice. Acesta nu va fi disponibil dacă matricea dvs. este specificată ca date de nucleotide sau proteine. Puteți schimba orientarea (state prin caractere sau caractere prin stări) a State Names Editor atingând săgeata dublă din stânga sus a ferestrei. Notele de subsol pot fi atașate la anumite stări prin selectarea stării și tastarea notei de subsol în zona de adnotare din partea de jos a ferestrei.

Annotations

Puteți adnota matricea de caractere atașând note de subsol simple, adnotări mai elaborate sau culori taxonilor, caracterelor sau celulelor din matrice. Notele de subsol simple pot fi atașate prin selectarea celulei cu ajutorul instrumentului săgeată sau a instrumentului grindă I, apoi mergând în zona albă de adnotare din partea de jos a ferestrei și introducând nota de subsol. Adnotări mai elaborate și culori mai elaborate pot fi atașate folosind Annotations Panel (Panoul de adnotări), disponibil prin selectarea Show Annotations Panel (Afișarea panoului de adnotări) din meniul Matrix. În prezent, sistemele de note de subsol și de adnotări sunt separate în Mesquite – notele de subsol apar în zona de adnotare din partea de jos a multor ferestre; adnotările elaborate apar într-un panou încorporat în editorul matricei de caractere. Un exemplu de fișier de date cu adnotări se află la Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Panelul de adnotări apare în partea dreaptă a ferestrei, după cum urmează:

Panelul de adnotări de mai sus arată adnotările (dacă există) asociate cu un anumit taxon, caracter sau celulă din matrice (în funcție de ceea ce a fost selectat cu instrumentul de adnotare (creion)). Notele pot fi adăugate sau șterse cu ajutorul butoanelor (+) sau coș de gunoi din stânga sus. La fiecare notă se poate adăuga o imagine, iar etichetele pot fi adăugate la imagini cu ajutorul cursorului în formă de I. Pentru a controla aspectul acestor etichete, faceți clic dreapta sau control-clic pe etichetă pentru a obține un meniu derulant care ajustează fontul, culoarea și alte proprietăți ale etichetei. Pointerul etichetei poate fi repoziționat cu ajutorul instrumentului Adjust Pointer. Alte caracteristici ale adnotărilor pot fi accesate cu ajutorul submeniului Annotations din meniul Matrix. Puteți căuta adnotări care conțin text utilizând elementul de meniu Find Annotation (Găsire adnotare) din submeniul Annotations (Adnotări).

Colorarea celulelor din matrice

Celele sau textul acestora pot fi colorate. Culoarea implicită a celulei de fundal se alege în submeniul (Character Matrix) Matrix>Background Color (matrice de caractere). Culorile pentru a distinge diferite celule pot fi specificate cu ajutorul elementelor din submeniurile (Character Matrix) Matrix>Color Cells și (Character Matrix) Matrix>Color Text. Aceste submeniuri specifică culoarea care urmează să fie utilizată pentru fundalul celulei sau pentru textul din celulă, în funcție de următoarele criterii:

• Character value – O celulă este colorată în funcție de o valoare pentru întregul caracter, cum ar fi pașii de caractere de paranteză.
• Cell value – O celulă este colorată în funcție de o valoare pentru acea celulă anume. De exemplu, în cazul datelor de secvență ADN, celulele pot fi colorate în albastru dacă situsul este G sau C, în alb dacă este A sau T. Selectând (Character Matrix) Matrix>Moving Window (for colors)…, puteți seta dimensiunea ferestrei mobile pe care se face media conținutului GC. Alte valori de celule sunt disponibile pentru proprietățile aminoacizilor (de ex, hidrofobicitate)
• Excluded – O celulă este colorată în gri dacă caracterul său este exclus.
• Footnote present- O celulă este colorată în verde dacă are o notă de subsol.
• Character State – O celulă este colorată în funcție de starea caracterului (de ex. culori diferite pentru A, C, G, T)
• Annotare atașată – O celulă este colorată în verde dacă la ea sunt atașate adnotări (nu note de subsol, ci adnotări complexe complete).
• Core atribuite – O celulă este afișată cu culoarea atribuită de instrumentul paintbrush (). Pentru a atribui o culoare unei celule, faceți clic pe celulă cu ajutorul paintbrush. Atingeți și mențineți apăsat butonul din paleta de instrumente pentru a obține un meniu care permite selectarea culorii utilizate, eliminarea culorilor sau colorarea tuturor celulelor selectate.

Când celulele sunt colorate, puteți solicita o legendă a culorilor selectând Show Color Legend în meniul Matrix sau atingând butonul mic() din partea stângă jos a Matrix Editor (sub numele taxonilor). Dacă faceți dublu clic pe o culoare din matrice, editorul se va muta la o celulă cu acea culoare.

Alterations and Transformations

În meniul Alter/Transform din meniul Matrix sunt disponibile următoarele opțiuni pentru a modifica celulele sau caracterele unei matrice:

• Completarea celulelor selectate cu o stare specificată: Alegeți (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Fill
• Încărcarea celulelor selectate cu stări aleatorii cu frecvență egală pentru toate stările: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
• Repartizarea aleatorie a stărilor din cadrul unui caracter între taxonii selectați: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Shuffle states among taxa
• Pentru datele de secvență nucleotidă, convertiți intrările din fiecare celulă în complementul lor: Alegeți (Matrice de caractere) Matrix>Alter/Transformare>Complementul nucleotidelor
• Întoarcerea unei secvențe moleculare selectate: Alegeți (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence
• Îndepărtarea caracterelor care nu constau decât în goluri: Alegeți (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remover Gaps-Only Characters
• Îndepărtarea caracterelor invariante: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remover Invariant Characters

Schimbarea atributelor caracterelor

Un caracter, pe lângă faptul că are stări atribuite în fiecare dintre taxonii terminali, poate avea și alte atribute. De exemplu, un caracter este marcat ca fiind inclus sau exclus și i se atribuie ipoteze, cum ar fi o pondere și un model de evoluție parsimonică. Aceste atribute sunt utilizate în diverse calcule. Ele pot fi atribuite în ferestrele List of Characters (Lista caracterelor), disponibile în meniul Characters (Caractere).

În fereastra List of Characters (Lista caracterelor), coloanele se referă la incluziune, model de parsimonie și model de probabilitate (pentru calculele de probabilitate). Alte coloane pot fi solicitate pentru apartenența la grup, greutate și (pentru datele ADN) poziția codonului. Puteți solicita afișarea unei coloane folosind meniul Columns (Coloane). Pentru fiecare dintre aceste coloane, atributul atribuit poate fi modificat, selectând mai întâi fie caracterele care urmează să fie modificate (în cazul în care trebuie modificate doar unele caractere), fie coloana atributului (în cazul în care trebuie modificate toate caracterele). Apoi, atingând numele coloanei (unde ar trebui să apară un triunghi negru inversat), apare un meniu derulant care vă permite să faceți specificațiile corespunzătoare.

Pentru fiecare dintre atribute, cu excepția apartenenței la un grup, cele trei elemente de meniu din partea de jos sunt pentru a stoca în fișier specificația curentă ca un set de specificații numit (ca și salvarea unei compoziții tipografice sau a unui set de greutăți în MacClade), pentru a înlocui un set de specificații existent cu cel curent sau pentru a încărca un set de specificații stocat pentru a deveni cel curent.

Cele ce urmează sunt opțiunile specifice fiecărei coloane:

• Inclusion – Include, Exclude și Reverse vă permit să modificați includerea caracterelor. Inversarea schimbă caracterele excluse în incluse și invers. Caracterele care sunt excluse nu participă la lungimea arborelui și la multe alte calcule. Excluderea nu este respectată în mod universal de către calcule, deoarece unele calcule utilizează chiar și caracterele care sunt excluse.
• Model de parsimonie – Submeniul Model vă permite să selectați un model de parsimonie care să fie atribuit caracterelor, pentru a fi utilizat în calculele de parsimonie.
• Probability model – Submeniul Model vă permite să selectați un model de probabilitate pe care să-l atribuiți caracterelor, pentru a fi utilizat în calculele și simulările de probabilitate.
• Group Membership – Imaginea de mai sus arată Group Membership în ultima coloană. Pentru a atribui personaje la grupuri, trebuie mai întâi să creați grupuri folosind New Group (Grup nou). De exemplu, ați putea crea un grup Adult Characters (Caractere adulte) și un alt grup Larval Characters (Caractere larvare). Apoi, puteți atribui un caracter grupului folosind submeniul Set Group. Puteți, de asemenea, să modificați culoarea grupului și să redenumiți grupul. Culoarea grupului este utilă pentru a distinge caracterele din grupuri diferite, de exemplu în diagrame sau în editorul Character Matrix.
• Weight (Greutate) – Cu elementul de meniu Set weight (Setare greutate) puteți seta greutatea atribuită caracterului. Aceasta este utilizată în prezent pe în calculele treelength.
• Codon Positions – Această coloană este disponibilă pentru datele ADN. Meniul derulant vă permite să atribuiți poziții.

Informații grafice despre caractere

Statisticile și valorile informative pentru caractere pot fi vizualizate sau reprezentate grafic în diverse ferestre. În meniul Analysis (Analiză) poate fi solicitată o diagramă & Bară & Linie pentru a arăta distribuția unei valori pentru o serie de caractere. De exemplu, se poate reprezenta grafic numărul de pași de parsimonie în caracterele unui arbore curent. Scattergram disponibil în meniul Analysis (Analiză) trasează caracterele într-un spațiu bidimensional, cu axa X reprezentând o anumită valoare (de exemplu, probabilitatea caracterului într-un arbore), iar axa Y o altă valoare (de exemplu, probabilitatea caracterului într-un arbore diferit). Valorile pentru caractere pot fi, de asemenea, vizualizate în fereastra List of Characters (Lista de caractere), unde se pot adăuga coloane (în meniul List) pentru a afișa statisticile selectate pentru fiecare dintre caractere.

Listarea tuturor matricelor de caractere

Elementul de meniu List of Character Matrices (Lista matricelor de caractere) de la Characters (Caractere) afișează o listă a matricelor de caractere. Aici puteți vizualiza statisticile și schimba numele matricelor de caractere.

Matricele de caractere pot fi marcate ca fiind „ascunse”, ceea ce înseamnă că nu vor fi incluse în majoritatea meniurilor și casetelor de dialog în care puteți alege matrici și nu vor apărea în panoul de proiect din stânga ferestrei. Pentru a seta vizibilitatea, mergeți la List of Character Matrices, Column>Visibility of Matrix. După ce apare coloana, selectați rândurile pentru matricile a căror vizibilitate doriți să o modificați și alegeți Toggle Visibility din meniul derulant din partea de sus a coloanei.