< Powrót do katalogu
Sekwencje kodujące białka są sekwencjami DNA, które są przepisywane na mRNA i w których odpowiednie cząsteczki mRNA są tłumaczone na łańcuch polipeptydowy. Każde trzy nukleotydy, zwane kodonami, w sekwencji kodującej białko kodują 1 aminokwas w łańcuchu polipeptydowym. W niektórych przypadkach, różne podwozia mogą albo mapować dany kodon na inną sekwencję, albo mogą używać różnych kodonów częściej lub rzadziej. Dlatego niektóre sekwencje kodujące białka mogą być zoptymalizowane do stosowania w określonym chassis.
W Rejestrze, sekwencje kodujące białka rozpoczynają się kodonem startu (zwykle ATG) i kończą się kodonem stopu (zwykle podwójnym kodonem stopu TAA TAA). Sekwencje kodujące białka są często skracane akronimem CDS.
Ale chociaż sekwencje kodujące białka są często uważane za podstawowe części, w rzeczywistości sekwencje kodujące białka mogą same składać się z jednego lub więcej regionów, zwanych domenami białkowymi. Tak więc, sekwencja kodująca białka może być wprowadzona jako część podstawowa lub jako część złożona z dwóch lub więcej domen białkowych.
- Domena N-końcowa sekwencji kodującej białko jest szczególna na wiele sposobów. Po pierwsze, zawsze zawiera kodon startowy, umieszczony w odpowiedniej odległości od miejsca wiązania rybosomalnego. Po drugie, wiele regionów kodujących posiada specjalne cechy na N-końcu, takie jak znaczniki eksportu białek oraz znaczniki rozszczepienia i przyłączenia lipoprotein. Występują one na początku regionu kodującego i dlatego są określane jako domeny głowowe.
- Domena białkowa jest sekwencją aminokwasów, które składają się stosunkowo niezależnie i które są ewolucyjnie przemieszane jako jednostka między różnymi regionami kodującymi białka. Sekwencja DNA takich domen musi utrzymywać translację in-frame, a więc jest wielokrotnością trzech zasad. Ponieważ te domeny białkowe znajdują się wewnątrz sekwencji kodującej białko, nazywane są domenami wewnętrznymi. Niektóre wewnętrzne domeny mają szczególne funkcje w rozszczepianiu białka lub splicing i są określane jako specjalne wewnętrzne domeny.
- Podobnie, C-terminalna domena białka jest specjalna, zawierająca co najmniej kodon stop. Inne specjalne cechy, takie jak znaczniki degradacji, są również wymagane, aby być na skrajnym C-terminusie. Ponownie, te domeny nie mogą funkcjonować, gdy są wewnątrz regionu kodującego, i są określane jako domeny ogonowe.
Więcej szczegółów na temat domen białkowych, w tym jak złożyć domeny białkowe do sekwencji kodujących białka, proszę zobaczyć Domeny białkowe.
Sekwencje kodujące białka powinny być następujące
GAATTC GCGGCCGC T TCTAG T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG
| Design: Czy jesteś zainteresowany zaprojektowaniem nowej sekwencji kodującej białko? Oto kilka wskazówek, które pomogą Ci zaprojektować nowe sekwencje kodujące białka. | |
| Pomoc: Słowniczek, FAQ i dalsze lektury na temat jednostek translacyjnych, sekwencji kodujących białek i domen białkowych. |
Wspólnie używane sekwencje kodujące białek
| Reportery: Reporterzy są białkami, które mogą być używane do pomiaru ekspresji genów lub innych zdarzeń wewnątrzkomórkowych. Reporterzy generalnie wytwarzają mierzalny sygnał, taki jak fluorescencja, kolor lub luminescencja. | |
| Regulatory transkrypcji: Wymieniono tu białka zaangażowane w aktywację lub represję transkrypcji. | |
| Markery selekcji: Białka biorące udział w nadawaniu komórkom selektywnej przewagi lub niekorzyści, w tym markery odporności na antybiotyki. Te sekwencje kodujące białka są użyteczne do selekcji komórek o określonej właściwości, takich jak komórki zawierające plazmid. |
Enzymy
| Biosynteza: Enzymy zaangażowane w produkcję lub degradację związków chemicznych i metabolitów są wymienione tutaj. | |
| Modyfikacja DNA: Enzymy stosowane podczas rozszczepiania, wycinania, integracji, ligacji, przebudowy chromatyny i replikacji DNA. | |
| Proteazy: Proteazy rozszczepiają lub degradują inne białka. Niektóre proteazy mogą nawet rozszczepiać same siebie. | |
| Enzymy modyfikujące potranslacyjne: Niektóre enzymy modyfikują potranslacyjnie inne białka poprzez, na przykład, dodanie lub usunięcie grupy fosforanowej lub metylowej. |
Inne sekwencje kodujące białka
| Białka błonowe: Wymienione są tu peptydy powierzchniowe, transportery, kanały i pompy. | |
| Receptory i ligandy: Receptory i ligandy nie związane z błoną komórkową. | |
| Białka lizy: Białka biorące udział w zabijaniu komórek poprzez przerwanie błony komórkowej. |
.
Dodaj komentarz