Nomenclature for Mouse Strains

Duża liczba szczepów GEMM (Genetically Engineered & Mutant Mice) to szczepy kongeniczne. Szczepy kongeniczne są produkowane przez przeniesienie mutacji z jednego tła genetycznego do określonego szczepu wsobnego poprzez wielokrotne krzyżowanie wsteczne. Oczekuje się, że szczep kongeniczny oraz partner inbredowy będą identyczne we wszystkich loci z wyjątkiem przeniesionego locus oraz połączonego segmentu chromosomu. Wielkość tego segmentu oraz możliwość przeniesienia alleli na inne chromosomy zależy od liczby pokoleń krzyżowania wstecznego.

Szczep jest uważany za w pełni kongeniczny po dziesięciu pokoleniach krzyżowania wstecznego (N10). Jednakże szczepy niosące mutacje, które były krzyżowane wstecznie ze szczepem tła przez co najmniej pięć, ale mniej niż dziesięć pokoleń, są uważane za początkowe szczepy kongeniczne i mogą być użyteczne w różnych obszarach badawczych.

Większość nazw szczepów dla myszy kongenicznych niosących spontaniczne i ukierunkowane mutacje, jak również dla kilku szczepów kongenicznych dla loci zgodności histokompatybilności, nie podążała za standardową nomenklaturą kongeniczną z powodów historycznych. W odpowiedzi na obawy społeczności naukowej dotyczące pochodzenia mutacji genetycznych oraz różnic w fenotypie spowodowanych efektami tła genetycznego, International Committee on Standardized Genetic Nomenclature for Mice oraz The Jackson Laboratory zobowiązały się do poprawienia tych niespójności.

Effective June 1, 2000, a large number of JAX® Mice strain names were changed to indicate the mutation’s strain of origin. Szczepy są wymienione według ich nowych nazw, z poprzednimi nazwami wskazanymi w bazie danych JAX® Mice Database. Przykłady tych zmian nazw podano poniżej. Nomenklaturę kongeniczną przyjmuje się po osiągnięciu przez szczep piątego pokolenia krzyżowania wstecznego (N5), chociaż szczep nie jest uznawany za w pełni kongeniczny do N10. Podjęto decyzję, aby nie zmieniać nomenklatury niektórych szczepów, które posiadają wiele alleli pochodzących z różnych źródeł, albo ze względu na sposób, w jaki szczep został wygenerowany, albo ze względu na to, że nomenklatura spowodowałaby dodatkowe zamieszanie. Dodatkowe informacje na temat pochodzenia transgenów i mutacji genetycznych można znaleźć w bazie danych JAX® Mice Database, przeszukując ją przy użyciu symbolu genu lub numeru inwentarza, który nas interesuje.

Nomenklatura szczepów kongenicznych

Szczepy kongeniczne są oznaczane symbolem złożonym składającym się ze szczepu gospodarza (zwykle skrót), kropki, szczepu dawcy (również zwykle skrót), myślnika oraz kursywą symbolu zróżnicowanego locus lub loci i allelu(ów) (np, B10.129P-H12b). W przypadku, gdy szczep dawcy nie jest inbredem lub jest złożony, stosuje się symbol „Cg”, oznaczający kongeniczny. Nomenklaturę kongeniczną stosuje się zarówno do szczepów w początkowym stadium rozwoju, jak i do szczepów w pełni kongenicznych. Numer pokolenia jest zawarty w szczegółach szczepu.

Tło genetyczne wielu kongeników jest mieszaniną C57BL/6J i szczepu 129 (oznaczonego albo B6;129, B6;129P, lub B6;129S; patrz wyjaśnienie, które następuje w „Zmienionym nazewnictwie dla szczepu 129 myszy”). Jednakże pochodzenie niektórych szczepów potomnych jest nieznane, wywodzi się z więcej niż dwóch szczepów potomnych lub posiada wkład genetyczny z nieznanego lub pochodzącego z hodowli outbredowej źródła. Tło takich kongenerów jest często określane jako „STOCK”. Dawniej większość spontanicznych i wywołanych mutacji przeniesionych przez krzyżowanie wsteczne z tła mieszanego (np. albo B6;129 albo STOCK) na tło wsobne nie było opisywanych przez konwencjonalną nomenklaturę kongeniczną. Jednakże wiele nazw szczepów myszy genetycznie zmodyfikowanych i zmutowanych zostało zmienionych w celu wyraźniejszego wskazania pochodzenia mutacji (np. B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

The Jackson Laboratory dostarcza dużą liczbę histokompatybilnych szczepów kongenicznych. W niektórych przypadkach wiele linii pochodzi z tego samego szczepu dawcy i są one wyróżnione numerem i/lub literą w nawiasie (np. B10.129P-H11b(10M)/SnJ i B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

W 2000 r. duża liczba nazw szczepów JAX® Mice zmieniła się w celu wskazania szczepu pochodzenia mutacji. Przykłady zmian w nomenklaturze

Przykład 1.

Uwaga: Ta nazwa szczepu nie powinna być mylona z nazwą mutacji utrzymywanej na mieszanym tle genetycznym B6;129P, gdzie skróty szczepów w nazwie oddzielone są średnikiem, a nie kropką (patrz Przykład 5). Zamieściliśmy dodatkowe informacje (typ szczepu, informacje o kontroli, szczepy pochodzenia i dawcy oraz numer pokolenia) w szczegółach dotyczących szczepów kongenicznych zarówno w naszej literaturze drukowanej, jak i na naszej stronie internetowej, aby wyraźniej określić tło genetyczne.

Przykład 2.

Uwaga: Cg (dla congenic) jest używany, gdy istnieje wiele szczepów dawców lub szczep dawcy jest o mieszanym tle genetycznym.

Przykład 3.

Uwaga: W tym przykładzie, Cg jest używane, aby uniknąć sugerowania, że obie mutacje powstały na DBA/J, jednocześnie pokazując, że marker mglistego (m) koloru sierści i mutacja cukrzycy (Leprdb) są utrzymywane w odpychaniu.

Przykład 4.

.

Uwaga: Dodatkowy przyczyniający się materiał genetyczny może zostać ujęty w nawiasach po szczepie dawcy. W tym przykładzie, ukierunkowana mutacja została przeniesiona z mieszanego tła B6;129P do trzeciego szczepu wsobnego. Region genomowy flankujący ukierunkowany gen jest podobny do 129P2 z powodu pochodzenia linii komórek ES, lecz nieznana ilość genomu szczepu może być pochodzenia C57BL/6. Ilość DNA szczepu dawcy, zarówno związanego, jak i niezwiązanego z locus różnicującym, zmniejsza się wraz ze wzrostem pokoleń krzyżowania wstecznego.

Strema z mutacją przenoszona na mieszanym tle genetycznym

Przykład 5.

Uwaga: To nie jest szczep kongeniczny, ale raczej mieszanka C57BL/6 i 129P2 (z linii komórek ES), a więc segreguje allele z tych dwóch szczepów. Przecinek między skrótami szczepów został zastąpiony średnikiem, aby wyraźniej odróżnić go od kropki w nomenklaturze kongenicznej.

Strema z nomenklaturą, która nie uległa zmianie, ale która niesie allele różnego pochodzenia

Przykład 6.

Note: Ten szczep powstał poprzez kojarzenie, a nie krzyżowanie wsteczne, trzech pojedynczych szczepów kongenicznych niosących zróżnicowane allele już na tle genetycznym C57BL/6J (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a, i B6.CAST-Gpi1).

.