W tym badaniu charakteryzujemy różnorodność genetyczną i relacje między Shia i Sunni muzułmańskich populacji północnych Indiach i geograficznie ukierunkowanych sąsiednich i globalnych populacji. Zbadaliśmy szereg parametrów populacji genetycznych i kryminalistycznych w oparciu o częstości alleli z 15 autosomalnych loci STR (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 i FGA). Wszystkie badane loci były zgodne z równowagą Hardy’ego-Weinberga, z wyjątkiem loci D18S51 i FGA dla obu populacji muzułmańskich, nawet po zastosowaniu korekty Bonferroniego. Łączna moc wykluczania i łączna moc dyskryminacji dla wszystkich 15 loci STR wynosiła odpowiednio 0,9999 i >0,99999 w obu populacjach muzułmańskich. Wartości różnorodności genów wahały się od 0,6784 (TPOX) do 0,9027 (FGA) dla muzułmanów szyickich i od 0,7152 (CSF1PO) do 0,9120 (D18S51) dla muzułmanów sunnickich. Obserwowana heterozygotyczność (H(o)) wahała się od 0,5833 (D18S51) do 0,8595 (VWA) u muzułmanów szyickich i od 0,6818 (CSF1PO) do 0,8333 (D21S11) u muzułmanów sunnickich i była niższa od oczekiwanej heterozygotyczności (H(e)) dla 11 z 15 typowanych STR. Przeanalizowaliśmy genetyczne pokrewieństwo populacji muzułmanów szyickich i sunnickich z ich geograficznie najbliższymi sąsiednimi populacjami północnoindyjskimi, bliskowschodnimi, wschodnioazjatyckimi i europejskimi, stosując metody oparte na odległości, w tym drzewa sąsiedztwa i skalowanie wielowymiarowe. Ponadto, oszacowaliśmy wkład genetyczny przypuszczalnych populacji rodzicielskich uwzględnionych w analizie do puli genowej muzułmanów szyickich i sunnickich przy użyciu analizy domieszek. Chociaż zaobserwowaliśmy pewien stopień wkładu genetycznego z Iranu do obu populacji muzułmańskich, wyniki analiz filogenetycznych opartych na autosomalnych STR sugerują pokrewieństwo genetyczne z niektórymi geograficznie najbliższymi sąsiednimi hinduskimi populacjami religijnymi.