Macierze znaków

Charaktery i macierze znaków

Charaktery i ich stany są środkami, za pomocą których można opisać cechy organizmów. Mesquite obsługuje znaki, których stany są kategoryczne (dyskretne i niekoniecznie uporządkowane), ciągłe (pomiary wartości dziesiętnych) lub merystyczne (zliczenia). Specjalne wersje znaków kategorycznych istnieją dla danych sekwencji DNA, RNA i białek. Więcej szczegółów specyficznych dla tych typów znaków można znaleźć na stronach poświęconych znakom molekularnym i ciągłym. Znaki kategoryczne inne niż molekularne mogą mieć 55 stanów. Znaki merystyczne są liczbami całkowitymi (i mogą być ujemne).

Znaki mogą istnieć w macierzach, które są przechowywane w pliku danych. Tak więc, jedna matryca może przechowywać serię znaków kategorycznych do opisania cech fenotypowych. Oddzielna macierz może przechowywać ciągłe znaki opisujące pomiary pobrane z organizmów, podczas gdy trzecia macierz może przechowywać dane sekwencji DNA, w której każde wyrównane miejsce jest traktowane jako znak (Mesquite obecnie traktuje niewyrównane dane tak, jakby były wyrównane, choć wyrównanie może być ignorowane). Każda macierz może mieć tylko jeden typ znaku, ale plik danych może zawierać więcej niż jedną macierz.

Znaki mogą również istnieć poza macierzami. Na przykład, znaki mogą być tworzone przez symulacje i randomizacje lub przez ordynacje i używane bezpośrednio w obliczeniach, nie będąc w żadnym momencie uchwycone w macierzy i przechowywane w pliku. Tak więc, „Źródło Znaków” używane do obliczeń może być albo macierzami przechowywanymi w pliku, albo znakami generowanymi w locie przez symulacje, randomizacje lub ordynacje. Z tego powodu Mesquite domyślnie pyta, jakiego źródła znaków użyć, gdy potrzebne są znaki lub macierze. Ponieważ niektórzy początkujący użytkownicy mogą uznać to pytanie za mylące, możesz ustawić Mesquite, by domyślnie wybierał Stored Characters lub Stored Matrices, bez pytania, wybierając pozycję „Use Stored Characters/Matrices by Default” w podmenu Defaults menu File.

Większa część tej strony podręcznika dotyczy znaków/macierzy zapisanych w pliku danych.

• Typy matryc znaków
• Tworzenie matrycy znaków
• Usuwanie i zmiana nazw matryc znaków
• Edytor matryc znaków
  • Undo
  • Dodawanie, usuwanie, zmiana nazwy i sortowanie taksonów i znaków
  • Wprowadzanie danych o znakach
  • Wybieranie taksonów, znaków i komórek macierzy
  • Wyszukiwanie macierzy
  • Kopiuj/wklej
  • Edycja nazw znaków i stanów
  • Anotacje
  • Kolorowanie komórek macierzy
  • Alteracje i przekształcenia
• Korzystanie z funkcji taksonomii i znaków
• Zmienianie atrybutów znaków
• Wyświetlanie informacji o znakach
• Wykaz wszystkich matryc znaków

Typy matryc znaków

Standardowe typy matryc znaków dostępne w Mesquite to:

• Standardowe matryce kategoryczne – Stany są dyskretne, niekoniecznie uporządkowane. Znaki mogą mieć aż 55 stanów, których symbolami domyślnie są 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Polimorfizmy (np. stan 0 i 2) są oznaczane przez 0&2; niepewność (np. stan 0 lub 2) jest oznaczana przez 0/2. Całkowicie nieznany stan jest domyślnie oznaczany przez ? Jeśli znak nie ma zastosowania dla danego taksonu, domyślnie jest to symbol -. Nazwy stanów można przypisać za pomocą Edit State Names.
  
• Macierze DNA/RNA – Cztery stany, A, C, G, T lub A, C, G, U. Można użyć standardowych kodów niejednoznaczności (np. R = A lub G). Domyślnie, stan nieznany to ?, luka to -. Więcej informacji na temat edycji danych DNA znajduje się tutaj.
  
• Macierze białkowe – Standardowe symbole dla aminokwasów. Domyślnie, stan nieznany to ?, luka to -. Więcej informacji na temat edycji danych białkowych znajduje się tutaj.
• Macierze ciągłe – Stany są wartościami ciągłymi (np. 1.02, 3e-4). Macierz może mieć wiele elementów, takich jak x, y lub min, max. Pozycje można dodawać za pomocą pozycji menu pod Matrix>Utilities, lub za pomocą panelu informacyjnego macierzy (pokazanego za pomocą niebieskiego „i” na dole po lewej stronie macierzy). Specjalny typ macierzy ciągłej, Geographic, ma dwa znaki (szerokość i długość geograficzna). Więcej informacji o danych ciągłych znajduje się tutaj.
  
• Macierze merystyczne – Stany są liczbami całkowitymi (i mogą być ujemne). Jeśli znak nie ma zastosowania do tego taksonu, jest wskazywany przez x, a nie „-„, jak w innych typach danych, aby uniknąć pomyłki ze znakiem minus. Brakujące dane są wskazywane przez znak zapytania (?). Macierze merystyczne mogą mieć wiele elementów, które można dodać za pomocą panelu informacyjnego macierzy (pokazanego za pomocą niebieskiego „i” w lewym dolnym rogu macierzy).
  

Tworzenie macierzy znaków

Istnieje kilka sposobów na utworzenie macierzy znaków, która ma być przechowywana w pliku. Najprościej, można utworzyć pustą (pustą) matrycę wybierając Characters>New Empty Matrix. W oknie dialogowym, które się pojawi, należy nadać nazwę macierzy znaków i określić liczbę znaków. Trzeba będzie także wybrać rodzaj danych, jakie będzie zawierać macierz (standardowe kategoryczne, dane sekwencji DNA (lub RNA), ciągłe lub dane sekwencji białek). Zazwyczaj tworzysz pustą macierz, jeśli masz zamiar rozpocząć wprowadzanie obserwacji na temat organizmów.

Możliwe jest również utworzenie macierzy znaków, które są już wypełnione stanami znaków. Na przykład, jeśli chcesz utworzyć duplikat istniejącej matrycy znaków, wybierz opcję Characters>Make New Matrix From>Stored Matrices. Jeśli chcesz utworzyć matrycę z zawartości schowka, wybierz Characters>Make New Matrix From>Clipboard. Inne wybory dostępne w opcji Characters>Make New Matrix From> pozwalają tworzyć i przechowywać macierze wynikające z symulacji ewolucji postaci, randomizacji istniejących macierzy lub innych źródeł.

Macierze znaków mogą być również odczytywane z plików, w tym z plików w formacie NEXUS i innych, które można importować.

Usuwanie i zmiana nazw matryc

Są trzy miejsca, w których można zmieniać nazwy i usuwać matryce znaków: w Edytorze matryc znaków, w oknie Lista matryc znaków i w panelu projektu.

W Character Matrix Editor w podmenu Current Matrix w górnej części menu matrycy znajdują się pozycje menu umożliwiające zmianę nazwy lub usunięcie matrycy widocznej w oknie.

W oknie List of Character Matrices (dostępnym w menu Characters) można zmienić nazwę matrycy, edytując bezpośrednio jej nazwę. Aby usunąć matryce, należy zaznaczyć wiersze odpowiadające matrycom, które mają zostać usunięte, i wybrać polecenie List>Delete Selected Character Matrices.

Aby zmienić nazwę matrycy z panelu projektu po lewej stronie okien, dotknij nazwy matrycy, aż pojawi się menu rozwijane:

Wybierz z tego menu opcję Zmień nazwę macierzy, aby zmienić nazwę macierzy. Można również użyć tego menu rozwijanego do usunięcia macierzy.

Edytor macierzy znaków

Gdy masz już macierz znaków, możesz ją edytować za pomocą Edytora macierzy znaków Mesquite, dostępnego w górnej części menu Postacie. Jest to edytor arkuszy kalkulacyjnych, podobny w stylu do edytora MacClade. Podczas gdy edytor Mesquite może obsługiwać dane ciągłe i posiada specjalne narzędzia, na przykład do porównywania macierzy, brakuje mu wyrafinowanych funkcji MacClade do przeglądania i wyrównywania danych sekwencji molekularnych. Ponieważ MacClade i Mesquite mają wspólny format plików NEXUS, dla większości plików danych będzie można edytować macierze w każdym z tych programów, aby użyć ich w drugim. Poniżej znajdują się instrukcje, jak edytować macierze znaków. Większość edycji można wykonać w Character Matrix Editor, ale niektóre zmiany można wykonać w innych oknach.

Edytor matrycy znaków jest kontrolowany przez menu Matrix i Select oraz przez narzędzia znajdujące się na palecie po lewej stronie. Menu Matrix zawiera pozycje do zmiany szerokości kolumn (podmenu Display), zmiany kolorystyki komórek i zmiany danych znaków.

Możesz zażądać wyświetlenia panelu z informacjami o matrycy i jej znakach, dotykając niebieskiego znaku „i” () w prawym górnym lub lewym dolnym rogu matrycy.

Możesz mieć więcej niż jeden edytor matryc widoczny do pracy na tej samej matrycy. Aby uzyskać drugi edytor, wybierz polecenie Dodatkowy edytor macierzy z menu Postacie. Może to być użyteczne, jeśli chcesz mieć edytory ustawione na różne widoki (np. jeden na widok ptasiego oka, lub kolorowany jako przetłumaczony na białko).

Zauważ, że obecnie wiele zmian dokonanych w matrycy znaków nie może być cofniętych!

Edytor macierzy znaków przedstawiający dane morfologiczne
Edytor macierzy znaków przedstawiający sekwencje DNA	.

W lewej dolnej części edytora Character Matrix Editor znajdują się przyciski umożliwiające otwarcie okna List of Characters () i okna List of Taxa (). I odwrotnie, w oknie List of Characters znajduje się przycisk () do wyświetlania okna Character Matrix Editor.

Cofnij

Mesquite’owski edytor matrycy znaków ma pewne możliwości cofnięcia ostatniej dokonanej zmiany, w zależności od tego, co to była za zmiana. Możesz poprosić o Undo w menu Edit. Obecnie usunięcie postaci nie może być cofnięte, podobnie jak usunięcie taksonów. Pracujemy nad rozszerzeniem zakresu tego, co można cofnąć. (Jeśli niemożność cofnięcia niepokoi Cię, możesz włączyć automatyczny backup NEXUSa w podmenu Defaults w menu File, i często zapisywać).

Dodawanie, usuwanie, zmiana nazwy, łączenie i sortowanie taksonów i znaków

Istnieje kilka metod dodawania taksonów lub znaków do istniejącej macierzy. Aby dodać taksony, wybierz (Character Matrix) Matrix>Add Taxa… lub (Taxa) List>Add Taxa…, aby dodać taksony na koniec macierzy, lub użyj narzędzia Add Taxa () w macierzy znaków, aby dodać taksony w punkcie macierzy, który jest dotykany. Aby dodać znaki, wybierz (Character Matrix) Matrix>Add Characters…, aby dodać znaki do końca matrycy, lub użyj narzędzia Add Characters () w matrycy znaków, aby dodać znaki w punkcie matrycy, który jest dotykany.

Aby usunąć istniejące taksony, albo zaznacz taksony w oknie Lista taksonów (dotykając numeru taksonu po lewej stronie) i wybierz (Taksony) Lista>Usuń wybrane taksony, albo zaznacz cały wiersz taksonu do usunięcia (dotykając numeru taksonu po lewej stronie) w matrycy znaków i wybierz (Matryca znaków) Matryca>Usuń wybrane.

Aby usunąć istniejące znaki, albo zaznacz znaki w oknie Lista znaków (dotykając numeru znaku po lewej stronie) i wybierz (Znaki) Lista>Usuń wybrane znaki, albo zaznacz cały wiersz znaków do usunięcia (dotykając numeru znaków po lewej stronie) w Macierzy znaków i wybierz (Macierz znaków) Macierz>Usuń wybrane.

Aby zmienić nazwy taksonów lub znaków, wybierz narzędzie I-beam () w oknie Taxa List Window, List of Characters Window lub Character Matrix Window, wybierz nazwę, która ma być edytowana, i wpisz nową nazwę.

Taksony można łączyć za pomocą narzędzia Merge Taxa w podmenu Taxon Utilities w menu Matrix. Spowoduje to również połączenie ich stanów znakowych w dowolnych macierzach. Jeśli dwa taksony mają takie same stany, stan ten jest używany dla połączonego taksonu. Jeśli jeden z dwóch taksonów ma brakujące dane lub lukę (nie ma zastosowania), ale drugi ma stan, używany jest stan tego drugiego (np. ? + A = A). Jeśli jeden z nich ma lukę, a drugi brak danych, wynikiem jest brak danych. Jeśli dwa taksony mają różne stany, które są pojedyncze lub polimorficzne, powstaje polimorfizm (np., A + G = A&G). Jeżeli dwa taksony mają różne stany i przynajmniej jeden z nich jest niejednoznaczny, powstaje niepewność, chyba że niejednoznaczność jest całkowicie zawarta w polimorfizmie drugiego (np., A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

Aby zmienić kolejność znaków, można zaznaczyć i przeciągnąć całe znaki w oknie Lista znaków lub w Edytorze matrycy znaków. Można również użyć narzędzia sortowania (), aby automatycznie posortować znaki w kolejności alfabetycznej lub numerycznej w kolumnie lub wierszu, którego dotknięto w tych oknach.

Wprowadzanie danych znaków

Dane znaków można wprowadzać albo po jednej komórce naraz, albo za pomocą narzędzi umożliwiających wprowadzanie wielu komórek jednocześnie. Dostępne narzędzia zostały przedstawione w poniższej tabeli.

	Narzędzie	Akcja
	I-wiązka	Wybiera pojedynczą komórkę i umożliwia edycję jej zawartości w taki sam sposób, jak w przypadku każdego standardowego tekstu.
	Zaznacz i wpisz	Jeśli to narzędzie jest aktywne, wpisanie klawisza spowoduje wprowadzenie tej pojedynczej wartości do wszystkich zaznaczonych komórek. Za pomocą tego narzędzia można zaznaczać komórki; przytrzymując klawisze Shift lub Command, można zaznaczyć wiele komórek.
	Wiadro z farbą	Narzędzie to pozwala szybko wypełnić blok komórek określonym stanem. Stan („farbę”) można wybrać, dotykając kroplomierzem komórki o odpowiednim stanie lub wybierając polecenie Ustaw stany wypełnienia z menu rozwijanego Wiaderka z farbą.
	Kropidło do oczu	To narzędzie, po dotknięciu komórki macierzy, ustawia „farbę” wiadra z farbą na stany w tej komórce.

Wybieranie taksonów, znaków i komórek macierzy

Mesquite ma kilka narzędzi do wybierania taksonów, znaków lub komórek danych, jak opisano w poniższej tabeli.

	Narzędzie	Akcja
	Strzałka	Wybiera pojedyncze lub wiele komórek. Aby dodać lub odjąć komórki do istniejącego zaznaczenia, dotykając komórki, przytrzymaj klawisz Command (lub Apple). Aby rozszerzyć zaznaczenie, tak aby obejmowało cały blok komórek, przytrzymaj klawisz Shift podczas dotykania komórki.
	Różdżka	Domyślnie zaznacza wszystkie komórki posiadające taki sam stan wartości jak komórka, której dotknięto. Oznacza to, że jeśli dotkniesz nią komórki o stanie „1”, wybrane zostaną wszystkie komórki w całej macierzy o stanie „1”. Jednakże, używając menu rozwijanego, możesz poprosić o wybranie wszystkich komórek o wartości większej lub mniejszej niż dotknięta. Domyślnie narzędzie to wybiera komórki w całej macierzy. Korzystając z menu rozwijanego, możesz poprosić o ograniczenie wyboru do pojedynczego taksonu lub pojedynczego znaku. Przytrzymanie klawisza Shift spowoduje dodanie nowej komórki do istniejącego zaznaczenia. Przytrzymanie klawisza Command (lub Apple) spowoduje dodanie nowych komórek do istniejącego zaznaczenia, jeśli zostanie dotknięta komórka, która nie jest zaznaczona, i usunie komórki z istniejącego zaznaczenia, jeśli komórka jest już zaznaczona.
	Różdżka taksonów	Domyślnie wybiera wszystkie taksony posiadające ten sam stan w dotkniętym znaku, co w dotkniętej komórce. Jednakże, używając menu rozwijanego, można poprosić o wybranie wszystkich taksonów o wartości większej lub mniejszej niż dotknięta. Przytrzymanie klawisza Shift spowoduje dodanie nowych taksonów do istniejącego zaznaczenia. Przytrzymanie klawisza Command (lub Apple) spowoduje dodanie nowego taksonu do istniejącego zaznaczenia, jeśli zostanie dotknięty takson, który nie jest zaznaczony, i usunie takson z istniejącego zaznaczenia, jeśli takson jest już zaznaczony.
	Różdżka znaków	Domyślnie wybiera wszystkie znaki posiadające ten sam stan w dotkniętym znaku, co w dotkniętej komórce. Jednak korzystając z menu rozwijanego, można poprosić o wybranie wszystkich znaków o wartości większej lub mniejszej niż dotknięta. Przytrzymanie wciśniętego klawisza Shift spowoduje dodanie nowych znaków do istniejącego zaznaczenia. Przytrzymanie klawisza Command (lub Apple) spowoduje dodanie nowych znaków do istniejącego zaznaczenia, jeśli zostanie dotknięty znak, który nie jest zaznaczony, i usunie znaki z istniejącego zaznaczenia, jeśli znak jest już zaznaczony.

Taksy, znaki i komórki można również wybierać za pomocą pozycji w menu Wybierz w edytorze matrycy znaków. Pozwalają one na zaznaczanie zmiennych znaków, zaznaczanie odcinków sekwencji pasujących do aktualnie zaznaczonego odcinka, odwracanie bieżącego zaznaczenia oraz wykonywanie innych zmian w zaznaczeniu.

Przeszukiwanie macierzy

Zawartość macierzy można przeszukiwać na dwa sposoby. Po pierwsze, obszar Szukaj w górnej części okna można ustawić na Szukaj danych (ustawiamy go klikając na małą ikonkę, aż pojawi się jako ). Następnie można wpisać szukany ciąg znaków i nacisnąć klawisz return.

Po drugie, można przeszukiwać macierz za pomocą poleceń Znajdź w menu Edycja i Zaznacz przez wyszukiwanie w menu Wybierz. W menu Edit, polecenie Find String… wybiera pierwszą komórkę macierzy zawierającą podany ciąg tekstu. Przeszukuje ona pierwsze nazwy taksonów, nazwy znaków i stany znaków w obrębie macierzy. Kolejne instancje można znaleźć za pomocą polecenia Find Again. Polecenie Find All zaznacza wszystkie komórki zawierające podany ciąg znaków. Polecenie Find Footnote działa podobnie jak Find String, z tą różnicą, że podświetla komórki, które zawierają przypisy z podanym tekstem. (Aby znaleźć tekst w bardziej rozbudowanych Adnotacjach, należy wywołać okno adnotacji za pomocą narzędzia Adnotacja (ołówek) w edytorze macierzy znaków, a następnie wybrać polecenie Znajdź adnotację w menu Uwagi.)

Kopiuj/wklej

Można kopiować nazwy taksonów i znaków z jednego regionu macierzy do drugiego oraz z jednej macierzy do drugiej. Możesz także skopiować jedną lub więcej komórek macierzy do Schowka i wkleić je do innego regionu macierzy lub do innej macierzy. Mesquite pozwala na nieciągłe zaznaczenia, o ile liczba komórek zaznaczonych w pierwszym taksonie, który jest zaznaczony podczas kopiowania, jest taka sama jak liczba komórek zaznaczonych w pierwszym taksonie, który jest zaznaczony podczas wklejania, i taka sama dla kolejnych taksonów. Czyli jeśli wybierzesz dwie komórki w taksonie 3, jedną w taksonie 5 i cztery w taksonie 7 i skopiujesz to do Schowka, to przy wklejaniu musisz wybrać dwie komórki w pierwszym taksonie, w którym chcesz wkleić, jedną w następnym i cztery w ostatnim.

Mesquite nie pozwoli Ci wkleić bloku komórek do macierzy, gdy masz wybrany blok o innym kształcie w macierzy. Jeśli jednak spróbujesz to zrobić, Mesquite zaproponuje zmianę zaznaczenia tak, aby obejmowało taką samą liczbę komórek jak w zaznaczeniu. Możesz wtedy ponownie spróbować wkleić.

Edycja nazw znaków i stanów

Nazwy znaków można nadawać albo przez edycję nagłówków kolumn w Edytorze macierzy znaków, albo przez edycję nazw znaków bezpośrednio w oknie Lista znaków.

Edytor nazw stanów, dostępny po wybraniu opcji (Matryca znaków) Matryca>Edytuj nazwy stanów, umożliwia nadawanie nazw stanom znaków kategorycznych. Nie będzie on dostępny, jeśli macierz jest określona jako dane nukleotydów lub białek. Możesz zmienić orientację (stany według znaków lub znaki według stanów) edytora nazw stanów, dotykając podwójnej strzałki w lewym górnym rogu okna. Przypisy mogą być dołączane do poszczególnych stanów poprzez zaznaczenie stanu i wpisanie przypisu w obszarze adnotacji na dole okna.

Anotacje

Można dodawać adnotacje do macierzy znaków poprzez dołączanie prostych przypisów, bardziej rozbudowanych adnotacji lub kolorów do taksonów, znaków lub komórek macierzy. Proste przypisy można dołączyć, zaznaczając komórkę narzędziem strzałki lub belki dwuteowej, a następnie przechodząc do białego obszaru adnotacji na dole okna i wpisując przypis. Bardziej rozbudowane adnotacje i kolory można dołączać za pomocą panelu Adnotacje, dostępnego po wybraniu opcji Pokaż panel adnotacji z menu Macierz. Obecnie systemy przypisów i adnotacji są w Mesquite rozdzielone – przypisy pojawiają się w obszarze adnotacji na dole wielu okien; rozbudowane Adnotacje pojawiają się w panelu osadzonym w Edytorze Macierzy Znaków. Przykładowy plik danych z adnotacjami znajduje się w Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Panel adnotacji pojawia się po prawej stronie okna, jak poniżej:

Powyższy panel adnotacji pokazuje adnotacje (jeśli istnieją) związane z danym taksonem, znakiem lub komórką macierzy (w zależności od tego, co zostało wybrane narzędziem adnotacji (ołówkiem)). Adnotacje mogą być dodawane lub usuwane za pomocą przycisków (+) lub kosza w lewym górnym rogu. Do każdej notatki można dodać jeden obraz, a do obrazów można dodawać etykiety za pomocą kursora dwuteowego. Aby kontrolować wygląd tych etykiet, kliknij prawym przyciskiem myszy lub kliknij prawym przyciskiem myszy na etykiecie, aby uzyskać rozwijane menu dostosowujące czcionkę, kolor i inne właściwości etykiety. Wskaźnik etykiety może zostać przeniesiony przy użyciu narzędzia Dopasuj wskaźnik. Inne funkcje adnotacji są dostępne za pomocą podmenu Adnotacje w menu Matryca. Adnotacje zawierające tekst można wyszukać za pomocą opcji Znajdź adnotację w podmenu Adnotacje.

Kolorowanie komórek macierzy

Komórki lub ich tekst można pokolorować. Domyślny kolor tła komórki wybiera się w podmenu (Character Matrix) Matrix>Background Color. Kolory rozróżniające poszczególne komórki można określić za pomocą elementów w podmenu (Character Matrix) Matrix>Color Cells i (Character Matrix) Matrix>Color Text. Te podmenu określają kolor, który ma być używany do tła komórki lub do tekstu w komórce, zgodnie z następującymi kryteriami:

• Wartość znaku – komórka jest kolorowana zgodnie z wartością dla całego znaku, taką jak stopnie znaków parsymetrycznych.
• Wartość komórki – komórka jest kolorowana zgodnie z wartością dla tej konkretnej komórki. Na przykład w przypadku danych sekwencji DNA komórki mogą być pokolorowane na niebiesko, jeśli miejscem jest G lub C, na biało, jeśli A lub T. Wybierając (Character Matrix) Matrix>Moving Window (for colors)…, można ustawić rozmiar ruchomego okna, w którym uśredniana jest zawartość GC. Inne wartości komórek są dostępne dla właściwości aminokwasów (np, hydrofobowość)
• Wykluczone – komórka jest pokolorowana na szaro, jeśli jej znak jest wykluczony.
• Przypis obecny – komórka jest pokolorowana na zielono, jeśli ma przypis.
• Stan znaku – komórka jest pokolorowana zgodnie ze stanem znaku (np. różne kolory dla A, C, G, T)
• Załączone przypisy – komórka jest kolorowana na zielono, jeśli są do niej dołączone przypisy (nie przypisy, ale pełne złożone przypisy).
• Przypisane kolory – komórka jest wyświetlana w kolorze przypisanym przez narzędzie pędzla (). Aby przypisać kolor do komórki, kliknij ją pędzlem. Dotknij i przytrzymaj przycisk w palecie narzędzi, aby uzyskać menu umożliwiające wybór używanego koloru, usunięcie kolorów lub pokolorowanie wszystkich wybranych komórek.

Kiedy komórki są pokolorowane, możesz zażądać legendy kolorów, wybierając Pokaż legendę kolorów w menu Macierz lub dotykając małego przycisku () w lewym dolnym rogu Edytora macierzy (pod nazwami taksonów). Jeśli klikniesz dwukrotnie na kolor w macierzy, edytor przeniesie się do komórki z tym kolorem.

Alteracje i transformacje

W menu Alter/Transformacje w menu Matryca dostępne są następujące opcje umożliwiające modyfikację komórek lub znaków matrycy:

• Wypełnianie wybranych komórek określonym stanem: Wybierz (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Fill
• Wypełnianie wybranych komórek losowymi stanami z jednakową częstotliwością dla wszystkich stanów: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
• Losowe przetasowanie stanów w obrębie znaku wśród wybranych taksonów: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Shuffle states among taxa
• W przypadku danych o sekwencji nukleotydów przekształć wpisy w każdej komórce na ich dopełnienie: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Nucleotide complement
• Odwrócenie wybranej sekwencji molekularnej: Wybierz (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence
• Usuwanie znaków składających się z samych luk: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Gaps-Only Characters
• Usuwanie znaków niezmienniczych: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Invariant Characters

Zmiana atrybutów znaków

Znak, oprócz tego, że ma przypisane stany w każdym z taksonów terminalnych, może mieć również inne atrybuty. Na przykład, znak jest oznaczony jako włączony lub wyłączony, i ma przypisane założenia, takie jak waga i parsymoniczny model ewolucji. Atrybuty te są wykorzystywane w różnych obliczeniach. Można je przypisać w oknach List of Characters, dostępnych w menu Characters.

W oknie Lista znaków kolumny odnoszą się do włączenia, modelu parsymonicznego i modelu prawdopodobieństwa (do obliczeń prawdopodobieństwa). Inne kolumny mogą być wymagane dla Group Membership, Weight, i (dla danych DNA) Codon Position. Możesz poprosić o pokazanie kolumny używając menu Kolumny. W przypadku każdej z tych kolumn przypisany atrybut można zmienić, wybierając najpierw znaki, które mają zostać zmienione (jeśli mają zostać zmienione tylko niektóre znaki) lub wybierając kolumnę atrybutu (jeśli mają zostać zmienione wszystkie znaki). Następnie, po dotknięciu nazwy kolumny (gdzie powinien pojawić się odwrócony czarny trójkąt), pojawia się rozwijane menu, które pozwala na dokonanie odpowiedniej specyfikacji.

Dla każdego z atrybutów innych niż przynależność do grupy, trzy dolne pozycje menu to: zapisanie do pliku bieżącej specyfikacji jako nazwanego zestawu specyfikacji (jak zapisywanie składu lub zestawu wag w MacClade), zastąpienie istniejącego zestawu specyfikacji bieżącym, lub załadowanie zapisanego zestawu specyfikacji, aby stał się bieżącym.

Poniżej znajdują się opcje specyficzne dla każdej kolumny:

• Inclusion – Include, Exclude i Reverse pozwalają na zmianę włączenia znaków. Odwrócenie powoduje zmianę postaci wykluczonych na włączone i odwrotnie. Znaki, które są wykluczone nie biorą udziału w długości drzewa i wielu innych obliczeniach. Wykluczenie nie jest powszechnie respektowane przez obliczenia, gdyż niektóre obliczenia używają nawet znaków wykluczonych.
• Model parsymonii – podmenu Model pozwala wybrać model parsymonii, który ma być przypisany do znaków, do wykorzystania w obliczeniach parsymonii.
• Model prawdopodobieństwa – podmenu Model umożliwia wybranie modelu prawdopodobieństwa do przypisania postaciom, do użycia w obliczeniach prawdopodobieństwa i symulacjach.
• Przynależność do grupy – na powyższym rysunku przynależność do grupy znajduje się w ostatniej kolumnie. Aby przypisać postacie do grup, należy najpierw utworzyć grupy za pomocą opcji Nowa grupa. Na przykład, można utworzyć grupę Adult Characters i inną grupę Larval Characters. Następnie można przypisać postać do grupy za pomocą podmenu Set Group. Można również edytować kolor grupy oraz zmienić jej nazwę. Kolor grupy jest przydatny do rozróżniania znaków należących do różnych grup, np. na wykresach lub w edytorze Character Matrix.
• Waga – Za pomocą pozycji menu Ustaw wagę można ustawić wagę przypisaną do danego znaku. Jest to obecnie wykorzystywane w obliczeniach długości drzew.
• Codon Positions – kolumna ta jest dostępna dla danych DNA. Menu rozwijane pozwala na przypisanie pozycji.

Sporządzanie wykresów informacji o znakach

Informacyjne statystyki i wartości dla znaków można przeglądać lub sporządzać wykresy w różnych oknach. W menu Analiza można zażądać wykresu słupkowego & liniowego, aby pokazać rozkład wartości dla serii znaków. Na przykład, liczba kroków parsymonii w znakach na bieżącym drzewie może być przedstawiona na wykresie. Wykres rozrzutu dostępny w menu Analysis przedstawia znaki w przestrzeni dwuwymiarowej, gdzie oś X jest jedną konkretną wartością (np. prawdopodobieństwo znaku pod jednym drzewem), oś Y inną wartością (np. prawdopodobieństwo znaku pod innym drzewem). Wartości dla postaci można również przeglądać w oknie List of Characters, gdzie można dodawać kolumny (w menu List), aby pokazać wybrane statystyki dla każdej z postaci.

Listing all character matrices

Pozycja menu List of Character Matrices w sekcji Characters przywołuje listę matryc znaków. Można tu przeglądać statystyki i zmieniać nazwy matryc znaków.

Macierze znaków można oznaczyć jako „ukryte”, co oznacza, że nie będą one uwzględniane w większości menu i okien dialogowych, w których można wybierać macierze, oraz nie będą wyświetlane w panelu projektu po lewej stronie okna. Aby ustawić widoczność, należy przejść do zakładki Lista matryc znaków, Kolumna>Widoczność matrycy. Po wyświetleniu kolumny zaznacz wiersze matryc, których widoczność chcesz zmienić, i wybierz opcję Toggle Visibility z menu rozwijanego u góry kolumny.