Tablica kodonów używanych przez organizmy do przekształcania mRNA w białka jest pokazana na dole strony. Jak wspomniano wcześniej w tej lekcji, kod genetyczny musiał być złamany tylko raz, ponieważ wszystkie organizmy używały tych samych kodonów do kodowania aminokwasów. Kiedy naukowcy zaczęli sekwencjonować regiony kodujące genów z różnych organizmów, odkryli coś, co nazywa się preferencją kodonów. Patrząc na tabelę kodonów, można zauważyć, że kod genetyczny jest redundantny. Oznacza to, że więcej niż jeden kodon może kodować ten sam aminokwas. Dzieje się tak dlatego, że istnieje 61 kodonów, które kodują umieszczenie 20 różnych aminokwasów. Kodon będzie działał w kodowaniu tylko wtedy, gdy tRNA z komplementarnym antykodonem znajduje się również w tej samej komórce i posiada odpowiedni aminokwas do dostarczenia. Dlatego może istnieć 61 różnych tRNA, po jednym do uzupełnienia każdego kodonu. Każdy inny tRNA musi być kodowany przez inny gen. Jeśli ten gen nie jest wyrażony w komórce, tRNA nie zostanie odnaleziony, a kodon, który musi być uzupełniony przez ten tRNA, nie zostanie uzupełniony. W tym przypadku kodon ten będzie działał jak kodon stop. Rybosom wstrzyma translację, a powstałe białko będzie krótszą wersją zamierzonego białka. Oczywiście organizmy nie skorzystałyby z takiej sytuacji, więc istnieje ścisła komplementarność między tym, jakie geny tRNA są obecne i wyrażone w komórkach organizmu, a tym, jakie kodony są używane do kodowania konkretnego mRNA. W ten sposób kod genetyczny będzie miał swój dialekt. Język jest uniwersalny, ale pewne słowa są używane preferencyjnie.

Naukowcy nie są pewni, dlaczego preferencje kodonów są częścią procesu ekspresji genów w organizmach. To może zapewnić kolejny poziom dla organizmu do kontroli ilości i rodzajów białek wykonanych w jego komórkach. Ostatnie doświadczenia w inżynierii genetycznej roślin i zwierząt sprawiły jednak, że preferencje kodonowe stały się ważnym zagadnieniem. Na przykład naukowcy umieścili geny bakterii glebowych w komórkach roślin kukurydzy, aby dać jej zdolność do wytwarzania białka toksycznego dla omacnicy prosowianki, szkodnika powszechnie występującego u producentów kukurydzy. Stwierdzono, że gen zostanie przepisany, ale mRNA nie zostanie przetłumaczone, aby wytworzyć pożądane białko. Jednym z powodów było użycie kodonów. Niektóre z kodonów, których bakterie używają do kodowania aminokwasów, są rzadko używane przez kukurydzę. Roślinie kukurydzy albo brakowało tRNA, aby uzupełnić kodon, albo wytwarzała tRNA na tak niskim poziomie, że w komórce nie było wystarczającej liczby kopii, aby umożliwić translację mRNA Bt. Dlatego inżynierowie genetyczni musieli stworzyć syntetyczne regiony kodujące, które zastępowały kodony preferowane przez kukurydzę tymi preferowanymi przez bakterie. W efekcie końcowym udało im się uzyskać wyższy poziom białka Bt po wprowadzeniu tych zmian w genie. Preferencje kodonów sprawiają więc, że proces inżynierii genetycznej jest trudniejszy.