Kościół katolicki zareagował wściekle na upolitycznienie symboli religijnych przez Salviniego. Pietro Parolin, kardynał sekretarz stanu, zganił ministra, mówiąc, że „powoływanie się na Boga dla własnej korzyści jest zawsze niebezpieczne”. Avvenire, gazeta Konferencji Episkopatu Włoch, opisała pana Salviniego jako „nosiciela własnego katolicyzmu, bardzo odległego od nauczania papieża i Kościoła.”

Jednym ze źródeł napięć między panem Salvinim a Kościołem jest agresywna antyimigracyjna retoryka i polityka ministra. W zeszłym roku Salvini nakazał włoskim portom zablokować łodzie ratunkowe przed zadokowaniem; z powodzeniem przeforsował również ustawę, która nałożyła nowe ograniczenia na osoby ubiegające się o azyl we Włoszech i dała jego urzędowi praktycznie niekontrolowane uprawnienia do zakazania wpłynięcia jakiegokolwiek statku na włoskie wody. Te wysiłki postawiły go w bezpośredniej sprzeczności z papieżem Franciszkiem, który uczynił przyjmowanie migrantów głównym tematem swojego pontyfikatu.

Ale jeśli miliony katolików głosują na Salviniego – sondaże pokazują, że 33 procent praktykujących katolików głosowało na Ligę, co czyni ją wiodącą partią wśród wiernych kościoła – może to być również spowodowane tym, że wypełnia on próżnię we włoskiej polityce pozostawioną przez wycofanie się kościoła, pod rządami Franciszka, z debaty politycznej.

Zapał kościoła Franciszka do karcenia polityków, którzy odwołują się do chrześcijaństwa stanowi ostre zerwanie z polityką Jana Pawła II i Benedykta XVI, którzy starali się utrzymać poglądy kościoła istotne w społeczeństwach, w tym we Włoszech, które stały się coraz bardziej świeckie. Pod tymi papieżami rzecznicy kościoła krytykowali związki cywilne i małżeństwa osób tej samej płci zarówno we Włoszech, jak i za granicą, a także prowadzili kampanię przeciwko procedurom takim jak zapłodnienie in vitro.

Ale papież Franciszek przyjął nowy model. W przemówieniu do włoskiego kościoła w 2015 r. wezwał do zakończenia tzw. biskupów-pilotów, duchownych pasterzy, którzy starają się kierować politycznymi wyborami swojej trzody. Franciszek napominał przywódców kościelnych, by ograniczyli swoje działania do wymiaru duszpasterskiego. Przesłanie to było zgodne z jego ideą, że biskupi powinni być „pasterzami żyjącymi z zapachem owiec”, troszczącymi się o biednych i zmarginalizowanych, a nie obsesyjnie zajmującymi się kwestiami społecznymi. (Niektórzy krytycy twierdzą jednak, że Kościół pod rządami Franciszka nie tyle wycofał się z polityki, co przyjął inny jej rodzaj – że pomimo protestów, Kościół Franciszka nie zdymisjonował biskupów-pilotów, ale raczej nakazał im subtelnie pilotować lud katolicki w innym, bardziej postępowym kierunku.)

.