Parassiti protozoi dell’acqua come Cryptosporidium, Giardia, Entamoeba e Toxoplasma sono responsabili di 1,7 miliardi di casi di diarrea nel mondo, rappresentando la seconda ragione più frequente di mortalità tra i bambini sotto i cinque anni. Presentano uno stadio di cisti/oocisti resistente all’ambiente. Nonostante la loro importanza, i metodi analitici standard per la loro individuazione si basano ancora sull’immunodosaggio seguito dall’analisi microscopica. Negli ultimi anni, sono stati segnalati nuovi metodi con il potenziale per migliorare la diagnosi ambientale. Questa revisione si concentra sulle cisti e sulle oocisti dei comuni protozoi parassiti trasportati dall’acqua ed esplora i biosensori e le opzioni basate sulle nanotecnologie per la loro rilevazione nell’ambiente. I nuovi sviluppi, tra cui l’uso di aptamers per sostituire gli anticorpi, l’uso di nanomateriali per sostituire i coloranti organici, e lo sviluppo di nuovi metodi di segnalazione come la spettroscopia Raman potenziata dalla superficie, e la misurazione della massa basata su cantilever sono dettagliati. Alcune opportunità di ricerca futura sono discusse per affrontare le attuali limitazioni dei metodi analitici.