Nomenclatura dei ceppi di topo

Un gran numero di ceppi GEMM (Genetically Engineered & Mutant Mice) sono ceppi congeniti. I ceppi congeniti sono prodotti trasferendo una mutazione da un background genetico a un ceppo specifico inbred attraverso ripetuti backcrossing. Ci si aspetta che il ceppo congenito e il partner consanguineo siano identici in tutti i loci tranne che per il locus trasferito e un segmento di cromosoma collegato. La dimensione del segmento e la possibilità di trasferire alleli su altri cromosomi dipende dal numero di generazioni di backcrossing.

Un ceppo è considerato completamente congenito dopo dieci generazioni di backcrossing (N10). Tuttavia, i ceppi portatori di mutazioni che sono stati reincrociati sul ceppo di base per almeno cinque, ma meno di dieci, generazioni sono considerati ceppi congeniti incipienti e possono essere utili in una varietà di aree di ricerca.

La maggior parte dei nomi dei ceppi per topi congeniti portatori di mutazioni spontanee e mirate, così come per alcuni ceppi congeniti per i loci di istocompatibilità, non hanno seguito la nomenclatura congenita standard per ragioni storiche. In risposta alle preoccupazioni della comunità scientifica sulle origini delle mutazioni genetiche e sulle differenze nel fenotipo dovute agli effetti del background genetico, il Comitato internazionale per la nomenclatura genetica standardizzata dei topi e il Jackson Laboratory si sono impegnati a correggere queste incongruenze.

A partire dal 1 giugno 2000, un gran numero di nomi dei ceppi di topi JAX® è stato cambiato per indicare il ceppo di origine della mutazione. I ceppi sono elencati con i loro nuovi nomi, con i nomi precedenti indicati nel database dei topi JAX®. Esempi di questi cambiamenti di nome sono forniti di seguito. La nomenclatura congenita viene adottata una volta che un ceppo ha raggiunto la quinta generazione di backcrossing (N5), anche se un ceppo non è considerato completamente congenito fino a N10. Si è deciso di non cambiare la nomenclatura di alcuni ceppi che portano più alleli derivati da origini diverse, sia per il modo in cui il ceppo è stato generato, sia perché la nomenclatura causerebbe ulteriore confusione. Ulteriori informazioni sulle origini dei transgeni e delle mutazioni genetiche possono essere trovate attraverso il database dei topi JAX® effettuando una ricerca utilizzando il simbolo del gene o il numero di stock di interesse.

Nomenclatura dei ceppi congeniti

I ceppi congeneri sono designati da un simbolo composto che consiste nel ceppo ospite (solitamente abbreviato), un punto, il ceppo donatore (anch’esso solitamente abbreviato), un trattino, e il simbolo in corsivo del o dei locus differenziali e degli alleli (es, B10.129P-H12b). Quando il ceppo donatore non è un inbred o è complesso, si usa il simbolo “Cg”, che denota congenere. La nomenclatura congenita è applicata sia agli incipienti che ai congeneri completi. Il numero di generazione è incluso nel dettaglio del ceppo.

Il background genetico di molti congeneri è una miscela di C57BL/6J e una sottospecie 129 (designata B6;129, B6;129P, o B6;129S; vedi spiegazione che segue su “Nomenclatura riveduta per il ceppo 129 Mice”). Tuttavia, le origini di alcuni ceppi congeniti sono sconosciute, derivate da più di due ceppi progenitori, o hanno contributi genetici da una fonte sconosciuta o di razza. Il background di tali congeneri è spesso designato come “STOCK”. In passato, la maggior parte delle mutazioni spontanee e indotte trasferite tramite backcrossing da un background misto (ad esempio, B6;129 o STOCK) a un background inbred non erano descritte dalla nomenclatura congenere convenzionale. Tuttavia, molti nomi di ceppi di topi geneticamente modificati e mutanti sono stati rivisti per indicare più chiaramente l’origine di una mutazione (ad esempio, B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

Il Jackson Laboratory fornisce un gran numero di ceppi congeniti di istocompatibilità. In alcuni casi, più linee sono derivate dallo stesso ceppo donatore e sono distinte da un numero e/o una lettera tra parentesi (ad esempio, B10.129P-H11b(10M)/SnJ e B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

Nel 2000, un gran numero di nomi di ceppi JAX® Mice è cambiato per indicare il ceppo di origine della mutazione. Esempi di cambiamenti di nomenclatura

Esempio 1.

Nota: Questo nome del ceppo non deve essere confuso con quello di una mutazione mantenuta su un fondo genetico misto B6;129P, dove le abbreviazioni del ceppo nel nome sono separate da un punto e virgola piuttosto che da un punto (vedi Esempio 5). Abbiamo incluso informazioni aggiuntive (tipo di ceppo, informazioni di controllo, ceppi di origine e donatori, e numero di generazione) nel dettaglio del ceppo congenito sia nella nostra letteratura stampata che sul nostro sito web per delineare più chiaramente il background genetico.

Esempio 2.

Nota: Il Cg (per congenere) è usato quando ci sono più ceppi donatori o il ceppo donatore è di fondo genetico misto.

Esempio 3.

Nota: In questo esempio, il Cg è usato per evitare di suggerire che entrambe le mutazioni sono sorte su DBA/J mentre mostra che il marcatore del colore del mantello misty (m) e la mutazione del diabete (Leprdb) sono mantenuti in repulsione.

Esempio 4.

Nota: Ulteriore materiale genetico che contribuisce può essere incluso tra parentesi dopo il ceppo donatore. In questo esempio, una mutazione mirata è stata trasferita da un fondo misto B6;129P a un terzo ceppo inbred. La regione genomica che fiancheggia il gene mirato è 129P2-like a causa dell’origine della linea cellulare ES, ma una quantità sconosciuta del genoma del ceppo può essere di origine C57BL/6. La quantità di DNA del ceppo donatore, sia legata che non legata al locus differenziale, diminuisce con l’aumentare delle generazioni di backcrossing.

Campione con una mutazione portata su un fondo genetico misto

Esempio 5.

Nota: Questo non è un congenere, ma piuttosto una miscela di C57BL/6 e 129P2 (da linea cellulare ES) e quindi sta segregando alleli da questi due ceppi. La virgola tra le abbreviazioni dei ceppi è stata sostituita con un punto e virgola per fare una distinzione più chiara dal punto nella nomenclatura congenita.

Campione 6.

Nota: Questo ceppo è stato creato dall’accoppiamento, non dall’incrocio, di tre ceppi congeneri individuali che portano alleli differenziali già su un fondo genetico C57BL/6J (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a, e B6.CAST-Gpi1).

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