Matrici di caratteri

Caratteri e matrici di caratteri

I caratteri e i loro stati sono mezzi con cui descrivere le caratteristiche degli organismi. Mesquite supporta caratteri i cui stati sono categorici (discreti e non necessariamente ordinati), continui (misure con valore decimale) o meristici (conteggi). Esistono versioni speciali di caratteri categorici per dati di sequenze di DNA, RNA e proteine. Per maggiori dettagli specifici su questi tipi di caratteri, vedere le pagine sui caratteri molecolari e continui. I caratteri categorici diversi dai caratteri molecolari possono avere 55 stati. I caratteri meristici sono numeri interi (e possono essere negativi).

I caratteri possono esistere all’interno di matrici che sono memorizzate in un file di dati. Così, una matrice può memorizzare una serie di caratteri categorici per descrivere le caratteristiche fenotipiche. Una matrice separata può memorizzare caratteri continui che descrivono misure prese dagli organismi, mentre una terza matrice può memorizzare dati di sequenze di DNA, in cui ogni sito allineato è trattato come un carattere (Mesquite attualmente tratta i dati non allineati come se fossero allineati, sebbene l’allineamento possa essere ignorato). Ogni matrice può avere solo un singolo tipo di carattere, ma un file di dati può contenere più di una matrice.

I caratteri possono esistere anche al di fuori delle matrici. Per esempio, i caratteri possono essere creati da simulazioni e randomizzazioni o da ordinamenti e utilizzati direttamente nei calcoli, senza essere in nessun momento catturati in una matrice e memorizzati in un file. Così, la “fonte di caratteri” utilizzata per un calcolo può essere sia matrici memorizzate nel file, sia caratteri generati al volo da simulazioni o randomizzazioni, o ordinazioni. Per questo motivo, Mesquite chiede di default quale Fonte di caratteri usare quando sono necessari caratteri o matrici. Poiché alcuni utenti inesperti possono trovare questa richiesta confusa, potete impostare Mesquite in modo che scelga i caratteri memorizzati o le matrici memorizzate per default, senza chiederlo, selezionando la voce “Use Stored Characters/Matrices by Default” nel sottomenu Defaults del menu File.

La maggior parte di questa pagina di manuale riguarda i caratteri/matrici memorizzati nel file di dati.

• Tipi di matrici di caratteri
• Creazione di una matrice di caratteri
• Cancellazione e ridenominazione di matrici di caratteri
• L’Editor di Matrici di Caratteri
  • Undo
  • Aggiunta, eliminazione, rinominazione e ordinamento di taxa e caratteri
  • Inserimento dei dati dei caratteri
  • Selezione di taxa, caratteri e celle della matrice
  • Cerca nella matrice
  • Copia/incolla
  • Modifica dei nomi dei caratteri e degli stati
  • Annotazioni
  • Colore delle celle della matrice
  • Alterazioni e trasformazioni
• Modifica degli attributi dei caratteri
• Informazioni sui caratteri
• Elenco di tutte le matrici di caratteri

Tipi di matrici di caratteri

I tipi standard di matrici di caratteri disponibili in Mesquite sono:

• Matrici Categoriche Standard – Gli stati sono discreti, non necessariamente ordinati. I caratteri possono avere fino a 55 stati, i cui simboli di default sono 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. I polimorfismi (ad esempio, stato 0 e 2) sono indicati da 0&2; l’incertezza (ad esempio, stato 0 o 2) è indicata da 0/2. Uno stato completamente sconosciuto è indicato da ? per default. Se il carattere non è applicabile a quel taxon, il simbolo è – per default. I nomi degli stati possono essere assegnati usando Edit State Names.
  
• Matrici DNA/RNA – Quattro stati, A, C, G, T o A, C, G, U. Possono essere usati codici di ambiguità standard (ad esempio, R = A o G). Per impostazione predefinita, lo stato sconosciuto è ?, il gap è -. Maggiori informazioni sulla modifica dei dati del DNA sono date qui.
  
• Matrici proteiche – Simboli standard per gli aminoacidi. Per impostazione predefinita, lo stato sconosciuto è ?, lo spazio è -. Maggiori informazioni sulla modifica dei dati delle proteine sono date qui.
• Matrici continue – Gli stati sono valori continui (es. 1.02, 3e-4). Una matrice può avere più elementi, come x, y o min, max. Gli elementi possono essere aggiunti usando le voci del menu sotto Matrix>Utilities, o usando il pannello informativo della matrice (mostrato con la “i” blu in basso a sinistra della matrice). Un tipo speciale di matrice continua, Geographic, ha due caratteri (latitudine, longitudine). Maggiori informazioni sui dati continui sono date qui.
  
• Matrici meristiche – Gli stati sono numeri interi (e possono essere negativi). Se il carattere è inapplicabile a quel taxon è indicato da una x, non da “-” come in altri tipi di dati, per evitare confusione con il segno meno. I dati mancanti sono indicati da un punto interrogativo (?). Le matrici meristiche possono avere più elementi, che possono essere aggiunti usando il pannello delle informazioni della matrice (mostrato con la “i” blu in basso a sinistra della matrice).
  

Creazione di una matrice di caratteri

Ci sono diversi modi per creare una matrice di caratteri da memorizzare nel file. Più semplicemente, puoi creare una matrice vuota scegliendo Characters>New Empty Matrix. Nella finestra di dialogo che appare, dai un nome alla matrice di caratteri e specifica il numero di caratteri. Dovrete anche scegliere il tipo di dati che la matrice conterrà (categorici standard, dati di sequenze di DNA (o RNA), continui o dati di sequenze di proteine). Normalmente, creerete una matrice vuota se state per iniziare a inserire osservazioni sugli organismi.

È anche possibile creare matrici di caratteri che sono già riempite con gli stati dei caratteri. Per esempio, se volete fare un duplicato di una matrice di caratteri esistente, selezionate Characters>Make New Matrix From>Stored Matrices. Se vuoi creare una matrice dal contenuto degli appunti, seleziona Characters>Make New Matrix From>Clipboard. Altre scelte disponibili sotto Characters>Make New Matrix From> ti permettono di creare e memorizzare matrici risultanti da simulazioni di evoluzione dei personaggi, randomizzazioni di matrici esistenti o altre fonti.

Le matrici dei personaggi possono anche essere lette da file, inclusi quelli in NEXUS e altri formati che possono essere importati.

Cancellare e rinominare le matrici

Ci sono tre posti dove potete rinominare e cancellare matrici di caratteri: nell’Editor di matrici di caratteri, nella finestra Lista di matrici di caratteri e nel Pannello progetto.

Nell’Editor di matrici di caratteri il sottomenu Matrice corrente in cima al menu matrice ha voci di menu per rinominare o cancellare la matrice mostrata nella finestra.

Nella finestra List of Character Matrices (disponibile nel menu Characters), potete rinominare una matrice modificandone direttamente il nome. Per cancellare le matrici, selezionate le righe corrispondenti alle matrici da cancellare e selezionate List>Delete Selected Character Matrices.

Per rinominare una matrice dal Project Panel a sinistra delle vostre finestre, toccate il nome della matrice finché non appare un menu a discesa:

Scegliete Rename Matrix da questo menu per rinominare la matrice. Puoi anche usare questo menu a tendina per cancellare una matrice.

The Character Matrix Editor

Una volta che hai una matrice di caratteri, puoi modificarla usando il Character Matrix Editor di Mesquite, disponibile in cima al menu Characters. Questo è un editor di fogli di calcolo, simile nello stile a quello di MacClade. Mentre l’editor di Mesquite può gestire dati continui e ha utilità speciali, per esempio per confrontare le matrici, manca delle sofisticate caratteristiche di MacClade per la visualizzazione e l’allineamento dei dati di sequenza molecolare. Poiché MacClade e Mesquite condividono il formato di file NEXUS, per la maggior parte dei file di dati sarete in grado di modificare le matrici in uno dei due programmi per utilizzarle nell’altro. Di seguito sono riportate le istruzioni su come modificare una matrice di caratteri. La maggior parte delle modifiche può essere fatta nel Character Matrix Editor, ma alcuni cambiamenti possono essere fatti in altre finestre.

L’Editor di matrici di caratteri è controllato dai menu Matrix e Select, e dagli strumenti nella palette a sinistra. Il menu Matrix contiene voci per cambiare la larghezza delle colonne (il sottomenu Display), cambiare la colorazione delle celle e modificare i dati dei caratteri.

Puoi richiedere un pannello per mostrare informazioni sulla matrice e i suoi caratteri toccando la “i” blu () in alto a destra o in basso a sinistra della matrice.

Puoi avere più di un Matrix Editor visibile per lavorare sulla stessa matrice. Per ottenere un secondo editor, scegli Extra Matrix Editor dal menu Characters. Questo può essere utile se vuoi avere gli editor impostati su viste diverse (ad esempio, uno su Birds eye view, o colorato come tradotto in proteine).

Nota che attualmente molte modifiche che fai a una matrice di caratteri non possono essere annullate!

L’editor di matrici di caratteri che mostra dati morfologici
L’editor di matrici di caratteri che mostra sequenze di DNA

Ci sono dei pulsanti in basso a sinistra del Character Matrix Editor per aprire la finestra List of Characters () e la finestra List of Taxa (). Reciprocamente, la finestra List of Characters ha un pulsante () per mostrare il Character Matrix Editor.

Undo

L’editor di matrici di caratteri di Mesquite ha una certa capacità di annullare l’ultima modifica fatta, a seconda di quale fosse quella modifica. Puoi richiedere Undo nel menu Edit. Attualmente, la cancellazione del carattere non può essere annullata, così come la cancellazione dei taxa. Stiamo lavorando per espandere la portata di ciò che può essere annullato. (Se l’impossibilità di annullare ti preoccupa, potresti voler attivare il backup automatico di NEXUS nel sottomenu Defaults del menu File, e salvare spesso).

Aggiungere, cancellare, rinominare, unire e ordinare taxa e caratteri

Ci sono diversi metodi per aggiungere taxa o caratteri a una matrice esistente. Per aggiungere taxa, scegliete (Matrice di caratteri) Matrix>Add Taxa… o (Taxa) List>Add Taxa… per aggiungere taxa alla fine della matrice, oppure usate lo strumento Add Taxa () nella matrice di caratteri per aggiungere taxa nel punto della matrice che viene toccato. Per aggiungere caratteri, scegli (Matrice caratteri) Matrice>Aggiungi caratteri… per aggiungere caratteri alla fine della matrice, o usa lo strumento Aggiungi caratteri () nella matrice caratteri per aggiungere caratteri nel punto della matrice che viene toccato.

Per cancellare i taxa esistenti, o selezionate i taxa nella finestra Taxa List (toccando il numero del taxon all’estrema sinistra), e scegliete (Taxa) List>Delete Selected Taxa, o selezionate l’intera riga del taxa da cancellare (toccando il numero del taxon all’estrema sinistra) nella Character Matrix e scegliete (Character Matrix) Matrix>Delete Selected.

Per cancellare i caratteri esistenti, seleziona i caratteri nella finestra Elenco caratteri (toccando il numero del carattere all’estrema sinistra) e scegli (Caratteri) Elenco>Cancella caratteri selezionati, oppure seleziona l’intera riga dei caratteri da cancellare (toccando il numero del carattere all’estrema sinistra) nella Matrice caratteri e scegli (Matrice caratteri) Matrice>Cancella selezionati.

Per rinominare taxa o caratteri, scegliete lo strumento I-beam () nella finestra Taxa List, List of Characters o Character Matrix, selezionate il nome da modificare e digitate il nuovo nome.

I taxa possono essere uniti usando Merge Taxa nel sottomenu Taxon Utilities del menu Matrix. Questo unirà anche i loro stati di carattere in qualsiasi matrice. Se i due taxa hanno gli stessi stati, questo stato viene utilizzato per il taxon fuso. Se uno dei due taxa ha dati mancanti o una lacuna (inapplicabile), ma l’altro ha uno stato, viene usato lo stato dell’altro (ad esempio, ? + A = A). Se uno ha una lacuna e l’altro dati mancanti, il risultato è dati mancanti. Se i due taxa hanno stati diversi che sono stati singoli o polimorfici, il risultato è un polimorfismo (ad esempio, A + G = A&G). Se i due taxa hanno stati differenti e almeno uno è ambiguo, ne risulta un’incertezza, a meno che l’ambiguità sia interamente contenuta nel polimorfismo dell’altro (per esempio, A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

Per cambiare l’ordine dei caratteri, puoi selezionare e trascinare interi caratteri nella Finestra Elenco caratteri o nell’Editor matrice caratteri. Puoi anche usare lo strumento di ordinamento () per ordinare automaticamente i caratteri in ordine alfabetico o numerico della colonna o riga su cui tocchi in queste finestre.

Inserimento dei dati dei caratteri

Puoi inserire i dati dei caratteri o una cella alla volta, o usando strumenti che permettono l’inserimento di più celle in una volta. Gli strumenti disponibili sono mostrati nella seguente tabella.

	Tool	Action
	I-beam	Seleziona la singola cella e ti permette di modificarne il contenuto come un qualsiasi testo standard.
	Seleziona e digita	Se questo strumento è attivo, digitando un tasto quel singolo valore verrà inserito in tutte le celle selezionate. Le celle possono essere selezionate con questo strumento; tenendo premuti i tasti Maiusc o Comando, possono essere selezionate più celle.
	Paint Bucket	Questo strumento riempirà velocemente un blocco di celle con un particolare stato. Lo stato (“vernice”) può essere scelto toccando il contagocce su una cella dello stato appropriato, o scegliendo Set Fill States dal menu a discesa del Paint Bucket.
	Eye Dropper	Questo strumento, quando viene toccato su una cella della matrice, imposta la “vernice” del Paint Bucket agli stati di quella cella.

Selezione di taxa, caratteri e celle della matrice

Mesquite ha diversi strumenti per selezionare taxa, caratteri o celle di dati, come descritto nella seguente tabella.

	Tool	Action
	Arrow	Seleziona cellule singole o multiple. Per aggiungere o sottrarre celle a una selezione esistente, tieni premuto il tasto Command (o Apple) mentre tocchi una cella. Per estendere una selezione fino a comprendere un blocco solido di celle, tieni premuto il tasto Shift mentre tocchi una cella.
	Bacchetta	Di default, seleziona tutte le celle che hanno lo stesso stato valutato della cella toccata. Cioè, se la tocchi su una cella con stato “1”, saranno selezionate tutte le celle dell’intera matrice con stato “1”. Tuttavia, usando il menu a tendina, potete chiedergli di scegliere tutte le celle con un valore maggiore o minore di quello toccato. Per impostazione predefinita, questo strumento seleziona le celle di tutta la matrice. Usando il menu a tendina, puoi chiedere di limitare la selezione a un singolo taxon o a un singolo carattere. Tenendo premuto il tasto Shift la nuova cella verrà aggiunta alla selezione esistente. Tenendo premuto il tasto Command (o Apple) si aggiungono le nuove celle alla selezione esistente se si tocca una cella che non è selezionata, e si rimuovono le celle dalla selezione esistente se la cella è già selezionata.
	Taxon Wand	Di default, seleziona tutti i taxa che hanno lo stesso stato nel carattere toccato come quello nella cella toccata. Tuttavia, usando il menu a tendina, si può chiedere di scegliere tutti i taxa con un valore maggiore o minore di quello toccato. Tenendo premuto il tasto Shift il nuovo taxa verrà aggiunto alla selezione esistente. Tenendo premuto il tasto Command (o Apple) si aggiunge il nuovo taxa alla selezione esistente se si tocca un taxon che non è selezionato, e si rimuove il taxa dalla selezione esistente se il taxon è già selezionato.
	Character Wand	Di default, seleziona tutti i caratteri che hanno lo stesso stato all’interno del carattere toccato come quello nella cella toccata. Tuttavia, usando il menu a discesa, si può chiedere di scegliere tutti i caratteri con un valore maggiore o minore di quello toccato. Tenendo premuto il tasto Shift si aggiungono i nuovi caratteri alla selezione esistente. Tenendo premuto il tasto Command (o Apple) i nuovi caratteri verranno aggiunti alla selezione esistente se si tocca un carattere che non è selezionato, e rimuoverà i caratteri dalla selezione esistente se il carattere è già selezionato.

Tassi, caratteri e celle possono anche essere selezionati usando le voci del menu Select dell’Editor della matrice dei caratteri. Queste permettono di selezionare caratteri variabili, di selezionare tratti di sequenza che corrispondono a un tratto attualmente selezionato, di invertire la selezione corrente e di eseguire altre modifiche alla selezione.

Cercare la matrice

Il contenuto della matrice può essere cercato in due modi. In primo luogo, l’area di ricerca nella parte superiore della finestra può essere impostata su Search Data (impostata cliccando sulla piccola icona finché non appare come ). Poi, puoi inserire una stringa di ricerca e premere return.

In secondo luogo, puoi cercare nella matrice usando i comandi Trova nel menu Modifica e Seleziona per ricerca nel menu Seleziona. Nel menu Edit, Find String… seleziona la prima cella di istanza nella matrice che contiene la stringa di testo data. Cerca prima i nomi dei taxon, i nomi dei caratteri, gli stati dei caratteri all’interno della matrice. Puoi trovare le istanze successive usando il comando Find Again. Find All seleziona tutte le celle che contengono una data stringa. Find Footnote opera come Find String, eccetto che evidenzia le celle che contengono note a piè di pagina con il testo dato. (Per trovare il testo all’interno delle più elaborate Annotazioni, dovrete richiamare una finestra di annotazioni usando lo strumento Annota (matita) nell’editor della matrice di caratteri, poi scegliete Trova annotazione nel menu Note.)

Copia/incolla

Potete copiare i nomi di taxon e caratteri da una regione della matrice all’altra e da una matrice all’altra. Potete anche copiare una o più celle della matrice negli Appunti e incollarle in un’altra regione della matrice o in un’altra matrice. Mesquite vi permette di fare con selezioni discontinue, a patto che il numero di celle selezionate nel primo taxon che viene selezionato mentre si copia sia lo stesso del numero di celle selezionate nel primo taxon che viene selezionato mentre si incolla, e lo stesso per i taxa successivi. Cioè, se selezionate due celle nel taxon 3, una cella nel taxon 5, e quattro celle nel taxon 7, e copiate questo negli Appunti, allora quando incollate, dovete selezionare due celle nel primo taxon in cui incollare, una nel successivo, e quattro nell’ultimo.

Mesquite non vi permetterà di incollare un blocco di celle nella matrice mentre avete selezionato un blocco di forma diversa nella matrice. Tuttavia, se tentate di farlo, Mesquite vi offrirà di cambiare la selezione in modo che copra lo stesso numero di celle della selezione. Potete quindi tentare di nuovo di incollare.

Modifica dei nomi dei caratteri e degli stati

I nomi dei caratteri possono essere assegnati sia modificando le intestazioni delle colonne nell’Editor della matrice dei caratteri, sia modificando i nomi dei caratteri direttamente nella finestra Lista dei caratteri.

L’Editor dei nomi di stato, disponibile scegliendo (Matrice dei caratteri) Matrice>Modifica nomi di stato, permette di nominare gli stati dei caratteri categorici. Non sarà disponibile se la vostra matrice è specificata come dati nucleotidici o proteici. Puoi cambiare l’orientamento (stati per caratteri o caratteri per stati) dell’Editor dei nomi di stato toccando la doppia freccia in alto a sinistra della finestra. Le note a piè di pagina possono essere allegate a particolari stati selezionando lo stato e digitando la nota nell’area di annotazione nella parte inferiore della finestra.

Annotazioni

Puoi annotare la matrice dei caratteri allegando semplici note a piè di pagina, annotazioni più elaborate o colori ai taxa, ai caratteri o alle celle della matrice. Le note semplici possono essere allegate selezionando la cella con lo strumento freccia o trave a I, poi andando nell’area bianca di annotazione in fondo alla finestra e inserendo la nota. Annotazioni più elaborate e colori possono essere allegate usando il Pannello annotazioni, disponibile selezionando Mostra pannello annotazioni nel menu Matrice. Attualmente i sistemi di note e annotazioni sono separati in Mesquite – le note appaiono nell’area di annotazione in fondo a molte finestre; le annotazioni elaborate appaiono in un pannello incorporato nel Character Matrix Editor. Un file di dati di esempio con annotazioni è in Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Il pannello delle annotazioni appare sul lato destro della finestra, come segue:

Il pannello delle annotazioni qui sopra mostra le annotazioni (se presenti) associate a un dato taxon, carattere o cella nella matrice (a seconda di cosa è stato selezionato con lo strumento annotazione (matita)). Le annotazioni possono essere aggiunte o cancellate usando i pulsanti (+) o cestino in alto a sinistra. Un’immagine può essere aggiunta ad ogni nota, e le etichette possono essere aggiunte alle immagini usando il cursore a I. Per controllare l’aspetto di queste etichette, fai clic destro o control-clic sull’etichetta per ottenere un menu a discesa che regola il carattere, il colore e altre proprietà dell’etichetta. Il puntatore dell’etichetta può essere riposizionato usando lo strumento Adjust Pointer. Altre caratteristiche delle annotazioni sono accessibili utilizzando il sottomenu Annotations del menu Matrix. Potete cercare le annotazioni che contengono testo usando la voce di menu Find Annotation del sottomenu Annotations.

Colorare le celle della matrice

Le celle o il loro testo possono essere colorati. Il colore predefinito delle celle di sfondo viene scelto nel sottomenu (Matrice di caratteri) Matrice>Colore di sfondo. I colori per distinguere le diverse celle possono essere specificati usando le voci dei sottomenu (Matrice di caratteri) Matrice>Colore celle e (Matrice di caratteri) Matrice>Colore testo. Questi sottomenu specificano il colore da usare per lo sfondo della cella o per il testo all’interno della cella, secondo i seguenti criteri:

• Valore del carattere – Una cella è colorata secondo un valore per l’intero carattere, come i passi del carattere parsimonia.
• Valore della cella – Una cella è colorata secondo un valore per quella particolare cella. Per esempio, con i dati di sequenza del DNA, le celle possono essere colorate di blu se il sito è G o C, di bianco se A o T. Selezionando (Character Matrix) Matrix>Moving Window (for colors)…, è possibile impostare la dimensione della finestra mobile sulla quale il contenuto di GC è mediato. Sono disponibili altri valori di cella per le proprietà degli aminoacidi (ad es, idrofobicità)
• Escluso – Una cella è colorata di grigio se il suo carattere è escluso.
• Presente nota- Una cella è colorata di verde se ha una nota.
• Stato del carattere – Una cella è colorata secondo lo stato del carattere (es. colori diversi per A, C, G, T)
• Annotazione allegata – Una cella è colorata di verde se le annotazioni (non le note a piè di pagina, ma le annotazioni complesse complete) sono allegate ad essa.
• Colori assegnati – Una cella è mostrata con il colore assegnato dallo strumento pennello (). Per assegnare un colore a una cella, clicca sulla cella con il pennello. Toccate e tenete premuto il pulsante nella palette degli strumenti per ottenere un menu per selezionare il colore usato, rimuovere i colori o colorare tutte le celle selezionate.

Quando le celle sono colorate, potete richiedere una legenda per i colori selezionando Show Color Legend nel menu Matrix, o toccando il piccolo pulsante () in basso a sinistra del Matrix Editor (sotto i nomi dei taxon). Se fai doppio clic su un colore nella matrice, l’editor si sposterà su una cella con quel colore.

Alterazioni e trasformazioni

Sono disponibili nel menu Alter/Transform del menu Matrix per modificare le celle o i caratteri di una matrice:

• Riempimento delle celle selezionate con uno stato specificato: Scegliere (Matrice caratteri) Matrix>Alter/Transform>Fill
• Riempire le celle selezionate con stati casuali con frequenza uguale per tutti gli stati: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
• Rimescola casualmente gli stati all’interno di un carattere tra i taxa selezionati: Scegli (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Shuffle states among taxa
• Per i dati di sequenza nucleotidica, convertire le voci in ogni cella nel loro complemento: Scegliere (Matrice di caratteri) Matrice>Alterazione/Trasformazione>Complemento nucleotidico
• Invertire una sequenza molecolare selezionata: Scegliere (Matrice di caratteri) Matrice>Alterazione/Trasformazione>Inversione di sequenza
• Rimuovere i caratteri che non sono altro che spazi vuoti: Scegliere (Matrice di caratteri) Matrice>Alterazione/Trasformazione>Rimuovi caratteri con solo spazi vuoti
• Rimuovere caratteri invarianti: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Invariant Characters

Modificare gli attributi dei caratteri

Un carattere, oltre ad avere stati assegnati in ogni taxa terminale, può avere anche altri attributi. Per esempio, un carattere è contrassegnato come incluso o escluso, e gli sono attribuite delle ipotesi, come un peso e un modello di parsimonia dell’evoluzione. Questi attributi sono utilizzati in vari calcoli. Possono essere assegnati nelle finestre List of Characters, disponibili nel menu Characters.

Nella finestra List of Characters, le colonne si riferiscono a inclusione, modello di parsimonia e modello di probabilità (per i calcoli di verosimiglianza). Altre colonne possono essere richieste per l’appartenenza al gruppo, il peso e (per i dati del DNA) la posizione del codone. Puoi chiedere di mostrare una colonna usando il menu Columns. Per ognuna di queste colonne, l’attributo assegnato può essere modificato selezionando prima i caratteri da modificare (se solo alcuni caratteri devono essere modificati) o selezionando la colonna dell’attributo (se tutti i caratteri devono essere modificati). Poi, toccando il nome della colonna (dove dovrebbe apparire un triangolo nero rovesciato), appare un menu a tendina che permette di fare la specificazione appropriata.

Per ciascuno degli attributi diversi dall’appartenenza a un gruppo, le tre voci di menu in basso sono: memorizzare nel file la specifica corrente come una serie di specifiche con nome (come salvare un typeset o un weightset in MacClade), sostituire una specifica esistente con quella corrente, o caricare una specifica memorizzata per diventare quella corrente.

Le seguenti sono le opzioni specifiche per ogni colonna:

• Inclusione – Include, Exclude, e Reverse ti permettono di cambiare l’inclusione dei caratteri. Reverse cambia gli esclusi in inclusi e viceversa. I caratteri che sono esclusi non partecipano alla lunghezza degli alberi e a molti altri calcoli. L’esclusione non è universalmente rispettata dai calcoli, perché alcuni calcoli usano anche i caratteri che sono esclusi.
• Modello di parsimonia – Il sottomenu Modello permette di selezionare un modello di parsimonia da assegnare ai caratteri, da utilizzare nei calcoli di parsimonia.
• Modello di probabilità – Il sottomenu Modello permette di selezionare un modello di probabilità da assegnare ai caratteri, da usare nei calcoli di probabilità e nelle simulazioni.
• Appartenenza al gruppo – L’immagine sopra mostra l’appartenenza al gruppo nell’ultima colonna. Per assegnare i personaggi ai gruppi, devi prima creare dei gruppi usando New Group. Per esempio, potresti creare un gruppo Caratteri adulti e un altro gruppo Caratteri larvali. Poi, puoi assegnare il personaggio al gruppo usando il sottomenu Imposta gruppo. Puoi anche modificare il colore del gruppo e rinominare il gruppo. Il colore del gruppo è utile per distinguere i caratteri di gruppi diversi, per esempio nei grafici o nell’editor della Matrice dei caratteri.
• Peso – Con la voce di menu Imposta peso puoi impostare il peso assegnato al carattere. Questo è usato attualmente nei calcoli della lunghezza degli alberi.
• Posizioni dei codoni – Questa colonna è disponibile per i dati del DNA. Il menu a discesa permette di assegnare le posizioni.

Grafico delle informazioni sui caratteri

Le statistiche e i valori informativi per i caratteri possono essere visualizzati o tracciati in varie finestre. Nel menu Analisi si può richiedere un grafico a barre &linea per mostrare la distribuzione di un valore per una serie di caratteri. Per esempio, il numero di passi di parsimonia nei caratteri di un albero corrente può essere graficato. Lo Scattergram disponibile nel menu Analysis traccia i caratteri in uno spazio bidimensionale con l’asse X che rappresenta un particolare valore (ad esempio, la probabilità del carattere sotto un albero), l’asse Y un altro valore (ad esempio, la probabilità del carattere sotto un albero diverso). I valori per i caratteri possono anche essere visualizzati nella finestra List of Characters, dove le colonne possono essere aggiunte (nel menu List) per mostrare statistiche selezionate per ciascuno dei caratteri.

Elenco di tutte le matrici di caratteri

La voce di menu List of Character Matrices sotto Characters fa apparire un elenco di matrici di caratteri. Qui puoi visualizzare le statistiche e cambiare i nomi delle matrici di caratteri.

Le matrici di caratteri possono essere marcate come “nascoste”, il che significa che non saranno incluse nella maggior parte dei menu e delle finestre di dialogo in cui potete scegliere le matrici, e non appariranno nel pannello del progetto a sinistra della finestra. Per impostare la visibilità, andate in Elenco delle matrici di caratteri, Colonna>Visibilità della matrice. Una volta apparsa la colonna, selezionate le righe delle matrici di cui volete cambiare la visibilità e scegliete Toggle Visibility dal menu a discesa in cima alla colonna.