In questo studio abbiamo caratterizzato la diversità genetica e le relazioni tra le popolazioni musulmane sciite e sunnite dell’India settentrionale e le popolazioni vicine e globali geograficamente mirate. Abbiamo esaminato una serie di parametri di interesse genetico e forense della popolazione sulla base delle frequenze alleliche di 15 loci STR autosomici (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 e FGA). Tutti i loci studiati erano coerenti con l’equilibrio di Hardy-Weinberg, tranne i loci D18S51 e FGA per entrambe le popolazioni musulmane, anche dopo aver applicato la correzione di Bonferroni. I valori combinati di potere di esclusione e potere di discriminazione per tutti i 15 loci STR erano rispettivamente 0,9999 e >0,99999 in entrambe le popolazioni musulmane. I valori di diversità genica variavano da 0,6784 (TPOX) a 0,9027 (FGA) per i musulmani sciiti e da 0,7152 (CSF1PO) a 0,9120 (D18S51) per i musulmani sunniti. L’eterozigosi osservata (H(o)) variava da 0,5833 (D18S51) a 0,8595 (VWA) nei musulmani sciiti e da 0,6818 (CSF1PO) a 0,8333 (D21S11) nei musulmani sunniti ed era inferiore all’eterozigosi attesa (H(e)) per 11 delle 15 STR tipizzate. Abbiamo analizzato le affinità genetiche delle popolazioni musulmane sciite e sunnite con le loro popolazioni vicine geograficamente più vicine dell’India settentrionale, del Medio Oriente, dell’Asia orientale e dell’Europa usando metodi basati sulla distanza, compresi alberi di vicinato e scala multidimensionale. Inoltre, abbiamo stimato il contributo genetico delle popolazioni parentali putative incluse nell’analisi al pool genetico musulmano sciita e sunnita utilizzando l’analisi di commistione. Anche se abbiamo osservato un certo grado di contributo genetico dall’Iran a entrambe le popolazioni musulmane, i risultati delle analisi filogenetiche basate sugli STR autosomici suggeriscono una parentela genetica con alcune delle popolazioni religiose indù geograficamente più vicine.