A szaporodás nagyon változatos lehet, mivel ebben a törzsben számos különböző szervezet található.A szaporodás először két ellentétes nemű egyed között történik. A nőstény lerakja a petét, a hím pedig megtermékenyíti a spermával. Egyes puhatestűek azonban hermafroditák, tehát mind a hím, mind a nőstény szaporodási rendszerrel rendelkeznek. A tengeri csigák és az osztrigák többször is képesek nemet váltani, hogy megvédjék a gyermeküket.
A megtermékenyítés történhet külsőleg vagy belsőleg. A külső szaporodás leginkább a vízi puhatestűek között fordul elő. A hím és a nőstény puhatestűek a petesejtet vagy a spermiumot a vízbe lökik, és megkezdődik a megtermékenyülés és a fejlődés. A tojásból 2-3 héten belül kikel egy lárva, az úgynevezett trokofór. A trokopórák gömbölyű körte alakúak és csillókkal vannak körülvéve. A csillók segítségével söprik be a lebegő táplálékrészecskéket. A trocophore stádium után a veliger lárvává fejlődnek, és kialakul a velum. A velumot úszásra, táplálkozásra és gázcserére használják. Ebben a stádiumban kezdenek lábat is kifejleszteni. Ebben a stádiumban alakulnak ki felnőttkori vonásaik is, és miniatűr felnőttként ismertek.
Néhány más puhatestű belsőleg szaporodik, például a szárazföldi csigák. A megtermékenyítés a nőstényben akkor megy végbe, amikor a hím spermiuma sikeresen megtermékenyítette a petesejtet. Egyes fajoknál a megtermékenyített petesejtet a nőstény a vízbe rakja. Kikeléskor lárva vagy miniatűr felnőtt egyed alakul ki. Ezek a lárvák ugyanazokat a szakaszokat élik át, mint a külső szaporodás útján kifejlődött lárvák, a trocophore és a veliger. Más puhatestűeknél a megtermékenyített peték a nőstényben maradnak, ahol teljesen kifejlődnek, majd megszületnek.