< Vissza a katalógushoz
A fehérjéket kódoló szekvenciák olyan DNS-szekvenciák, amelyeket mRNS-re írnak át, és amelyekben a megfelelő mRNS-molekulák polipeptidlánccá transzlálódnak. A fehérjét kódoló szekvenciában minden három nukleotid, amelyet kodonnak nevezünk, 1 aminosavat kódol a polipeptidláncban. Bizonyos esetekben a különböző alvázak egy adott kodont más szekvenciához rendelhetnek, vagy különböző kodonokat használhatnak gyakrabban vagy ritkábban. Ezért egyes fehérjekódoló szekvenciák optimalizálhatók egy adott alvázban való használatra.
A nyilvántartásban a fehérjekódoló szekvenciák egy startkódonnal kezdődnek (általában ATG) és egy stopkódonnal végződnek (általában kettős stopkódonnal TAA TAA). A fehérjéket kódoló szekvenciákat gyakran a CDS rövidítéssel rövidítik.
Bár a fehérjéket kódoló szekvenciákat gyakran alapvető részeknek tekintik, valójában a fehérjéket kódoló szekvenciák maguk is egy vagy több régióból, úgynevezett fehérjetartományokból állhatnak. Így egy fehérje kódoló szekvenciát vagy alaprészként, vagy két vagy több fehérjedoménből álló összetett részként lehet beírni.
- A fehérje kódoló szekvencia N-terminális doménje több szempontból is különleges. Először is, mindig tartalmaz egy startkódont, amely megfelelő távolságra van a riboszómális kötőhelytől. Másodszor, sok kódoló régiónak vannak speciális jellemzői az N-terminálison, mint például a fehérje-exportáló címkék és a lipoprotein hasító és rögzítő címkék. Ezek a kódoló régió elején fordulnak elő, ezért Head-doméneknek nevezzük őket.
- A fehérjedomén olyan aminosavak szekvenciája, amelyek viszonylag függetlenül hajtogatódnak, és amelyek evolúciósan egységként keverednek a különböző fehérjekódoló régiók között. Az ilyen domének DNS-szekvenciájának fenn kell tartania az in-frame transzlációt, ezért három bázis többszöröse. Mivel ezek a fehérjedomének egy fehérjekódoló szekvencián belül helyezkednek el, belső doméneknek nevezzük őket. Bizonyos Belső doméneknek különleges funkciójuk van a fehérje hasításában vagy a splicingben, és ezeket Speciális Belső doméneknek nevezzük.
- Hasonlóképpen különleges a fehérje C-terminális doménje is, amely legalább egy stopkódont tartalmaz. Más speciális jellemzőknek, mint például a lebontási címkéknek, szintén a szélső C-terminálison kell lenniük. Ezek a domének ismét nem tudnak működni, ha egy kódoló régió belsejében vannak, és farokdoméneknek nevezzük őket.
A fehérjedoménekkel kapcsolatos további részletekért, beleértve a fehérjedomének fehérjekódoló szekvenciákba való beépítését, lásd: Fehérjedomének.
A fehérjekódoló szekvenciáknak a következőképpen kell kinézniük
GAATTC GCGGCCCCGC T TCTAG T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG
| Design: Új fehérje kódoló szekvencia tervezése érdekli? Íme néhány útmutató, amely segít az új fehérjekódoló szekvenciák tervezésében. | |
| Segítség: Fogalomtár, GYIK és további olvasnivalók a transzlációs egységekről, fehérje kódoló szekvenciákról és fehérjetartományokról. |
Gyakran használt fehérje kódoló szekvenciák
| Riportok: A riporterek olyan fehérjék, amelyek a génexpresszió vagy más intracelluláris esemény mérésére használhatók. A riporterek általában mérhető jelet, például fluoreszcenciát, színt vagy lumineszcenciát produkálnak. | |
| Transzkripciós regulátorok: A transzkripció aktiválásában vagy repressziójában részt vevő fehérjéket soroljuk ide. | |
| Szelekciós markerek: A sejteknek szelektív előnyt vagy hátrányt biztosító fehérjék, beleértve az antibiotikum-rezisztencia markereket is. Ezek a fehérjéket kódoló szekvenciák hasznosak egy adott tulajdonsággal rendelkező, például plazmidot tartalmazó sejtek szelektálásához. |
Enzimek
| Bioszintézis: A vegyi anyagok és metabolitok előállításában vagy lebontásában részt vevő enzimek szerepelnek itt. | |
| DNS-módosítás: A DNS hasítása, kivágása, integrálása, ligálása, ligálása, kromatin átalakítása és replikációja során használt enzimek. | |
| Proteázok: A proteázok más fehérjéket hasítanak vagy bontanak le. Egyes proteázok még saját magukat is képesek hasítani. | |
| Post-transzlációs módosító enzimek: Egyes enzimek poszt-transzlációsan módosítanak más fehérjéket, például foszfát- vagy metilcsoport hozzáadásával vagy eltávolításával. |
Más fehérje kódoló szekvenciák
| Membránfehérjék: Felületmegjelenítő peptidek, transzporterek, csatornák és pumpák szerepelnek itt. | |
| Receptorok és ligandumok: A sejtmembránhoz nem kapcsolódó receptorok és ligandumok. | |
| Lízisfehérjék: A sejtek elpusztításában a membrán megbontása révén részt vevő fehérjék. |
Vélemény, hozzászólás?