In this study we characterize the genetic diversity and relationships between the Shia and Sunni Muslim populations of North India and geographic targeted neighboring and global populations. A 15 autoszomális STR-loci (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 és FGA) allélfrekvenciái alapján számos populációgenetikai és kriminalisztikai érdekű paramétert vizsgáltunk. A D18S51 és az FGA lokuszok kivételével mindkét muszlim populáció esetében a Bonferroni-korrekció alkalmazása után is minden vizsgált lókusz megfelelt a Hardy-Weinberg-egyensúlynak. A kombinált kizáró erő és a kombinált megkülönböztető erő értéke mind a 15 STR-lokusz esetében 0,9999, illetve >0,99999 volt mindkét muszlim populációban. A géndiverzitás értékei a síita muszlimok esetében 0,6784 (TPOX) és 0,9027 (FGA), a szunnita muszlimok esetében pedig 0,7152 (CSF1PO) és 0,9120 (D18S51) között mozogtak. A megfigyelt heterozigozitás (H(o)) 0,5833 (D18S51) és 0,8595 (VWA) között mozgott a síita muszlimoknál és 0,6818 (CSF1PO) és 0,8333 (D21S11) között a szunnita muszlimoknál, és a 15 tipizált STR közül 11 esetében alacsonyabb volt, mint a várt heterozigozitás (H(e)). Elemeztük a síita és szunnita muszlim populációk genetikai rokonságát a földrajzilag legközelebbi szomszédos észak-indiai, közel-keleti, kelet-ázsiai és európai populációkkal távolságalapú módszerek, köztük szomszéd-összekötő fák és többdimenziós skálázás segítségével. Ezenkívül az elemzésbe bevont feltételezett szülőpopulációknak a síita és szunnita muszlim génállományhoz való genetikai hozzájárulását admixtúra-elemzéssel becsültük meg. Bár megfigyeltünk bizonyos fokú genetikai hozzájárulást Iránból mindkét muszlim populációhoz, az autoszomális STR-eken alapuló filogenetikai elemzések eredményei genetikai rokonságra utalnak néhány földrajzilag legközelebbi szomszédos hindu vallási populációval.