Karaktermátrixok

Karakterek és karaktermátrixok

A karakterek és karakterállapotaik olyan eszközök, amelyekkel az élőlények jellemzői leírhatók. A Mesquite támogatja azokat a karaktereket, amelyek állapota kategorikus (diszkrét és nem feltétlenül rendezett), folytonos (tizedes értékű mérések) vagy merisztikus (számlálások). A kategorikus karakterek speciális változatai léteznek a DNS-, RNS- és fehérjeszekvencia-adatokhoz. Az ilyen típusú karakterekre vonatkozó további részletekért lásd a molekuláris és folytonos karakterekről szóló oldalakat. A molekuláris karakterektől eltérő kategorikus karaktereknek 55 állapota lehet. A merisztikus karakterek egész számok (és lehetnek negatívak).

A karakterek létezhetnek az adatfájlban tárolt mátrixokban. Így egy mátrix tárolhat egy sor kategorikus karaktert a fenotípusos jellemzők leírására. Egy másik mátrix tárolhat folyamatos karaktereket, amelyek az organizmusokból vett méréseket írják le, míg egy harmadik mátrix DNS-szekvencia adatokat tárolhat, amelyben minden egyes illesztett helyet karakterként kezelünk (a Mesquite jelenleg az illesztetlen adatokat úgy kezeli, mintha azok illesztettek volna, bár az illesztés figyelmen kívül hagyható). Minden mátrix csak egyetlen karaktertípust tartalmazhat, de egy adatfájl egynél több mátrixot is tartalmazhat.

A karakterek a mátrixokon kívül is létezhetnek. Például szimulációkkal és randomizációkkal vagy ordinációkkal létrehozhatók karakterek, és közvetlenül a számításokban használhatók, anélkül, hogy bármelyik ponton egy mátrixban rögzítenék és egy fájlban tárolnák őket. Így a számításhoz használt “karakterek forrása” lehet akár a fájlban tárolt mátrix, akár a szimulációk, randomizációk vagy ordinációk által menet közben létrehozott karakterek. Emiatt a Mesquite alapértelmezés szerint megkérdezi, hogy milyen karakterforrást használjon, amikor karakterekre vagy mátrixokra van szükség. Mivel néhány kezdő felhasználó ezt a kérést zavarónak találhatja, a Fájl menü Alapértelmezettek almenüjének “Alapértelmezett tárolt karakterek/mátrixok használata” menüpontjának kiválasztásával beállíthatja, hogy a Mesquite alapértelmezetten, kérdezés nélkül válassza a Tárolt karaktereket vagy a Tárolt mátrixokat.

Ez a kézikönyvoldal nagy része az adatfájlban tárolt karakterekre/mátrixokra vonatkozik.

• Karaktermátrixok típusai
• Karaktermátrix létrehozása
• Karaktermátrixok törlése és átnevezése
• A karaktermátrix-szerkesztő
  • Undo
  • Hozzáadás, taxonok és karakterek törlése, átnevezése és rendezése
  • Karakteradatok bevitele
  • Taxonok kiválasztása, karakterek és a mátrix celláinak kiválasztása
  • Keresés a mátrixban
  • Másolás/beillesztés
  • Karakterek és állapotok nevének szerkesztése
  • Jegyzetek
  • A mátrix celláinak színezése
  • Alterációk és transzformációk
• A karakterek attribútumainak módosítása
• A karakterekkel kapcsolatos információk megjelenítése
• A karaktermátrixok felsorolása

A karaktermátrixok típusai

A Mesquite-ban elérhető karaktermátrixok standard típusai a következők:

• Standard kategorikus mátrixok – Az állapotok diszkrétek, nem feltétlenül rendezettek. A karaktereknek akár 55 állapota is lehet, amelyek szimbólumai alapértelmezés szerint a következők: 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. A polimorfizmusokat (pl. 0 és 2 állapot) a 0&2; a bizonytalanságot (pl. 0 vagy 2 állapot) a 0/2 jelöli. A teljesen ismeretlen állapotot alapértelmezés szerint ? jelzi. Ha a karakter nem alkalmazható az adott taxonra, a szimbólum alapértelmezés szerint -. Állapotneveket az Állapotnevek szerkesztésével lehet hozzárendelni.
  
• DNS/RNS-mátrixok – Négy állapot, A, C, G, T vagy A, C, G, U. Használhatók a standard kétértelműségi kódok (pl. R = A vagy G). Alapértelmezés szerint az ismeretlen állapot ?, a rés -. A DNS-adatok szerkesztésével kapcsolatos további információk itt találhatók.
  
• Fehérjemátrixok – Az aminosavak standard szimbólumai. Alapértelmezés szerint az ismeretlen állapot ?, a rés -. A fehérjeadatok szerkesztéséről bővebb információ itt található.
• Folyamatos mátrixok – Az állapotok folytonos értékek (pl. 1.02, 3e-4). Egy mátrixnak több eleme is lehet, például x, y vagy min, max. Az elemeket a Mátrix>Szolgáltatások menüpontok vagy a mátrix információs panelje (a mátrix bal alsó részén lévő kék “i”-vel látható) segítségével lehet hozzáadni. A folytonos mátrix egy speciális típusa, a földrajzi mátrix, két karakterrel rendelkezik (földrajzi szélesség, földrajzi hosszúság). A folyamatos adatokkal kapcsolatos további információk itt találhatók.
  
• Merisztikus mátrixok – Az állapotok egész számok (és lehetnek negatívak is). Ha a karakter nem alkalmazható az adott taxonra, azt egy x jelzi, nem pedig “-“, mint más adattípusoknál, hogy elkerüljük az összetévesztést a mínusz jellel. A hiányzó adatokat kérdőjel (?) jelzi. A merisztikus mátrixok több elemet is tartalmazhatnak, amelyeket a mátrix információs panel segítségével lehet hozzáadni (a mátrix bal alsó részén lévő kék “i”-vel látható).
  

Karaktermátrix létrehozása

A fájlban tárolandó karaktermátrix létrehozásának több módja van. A legegyszerűbben egy üres (üres) mátrixot hozhatunk létre a Karakterek>Új üres mátrix menüpont kiválasztásával. A megjelenő párbeszédpanelen nevezze el a karaktermátrixot, és adja meg a karakterek számát. Azt is ki kell választania, hogy a mátrix milyen típusú adatokat tartalmazzon (standard kategorikus, DNS (vagy RNS) szekvenciaadatok, folytonos vagy fehérje szekvenciaadatok). Általában egy üres mátrixot hoz létre, ha az élőlényekre vonatkozó megfigyelések beviteléhez készül.

Létrehozhatunk olyan karaktermátrixokat is, amelyek már fel vannak töltve karakterállapotokkal. Ha például egy meglévő karaktermátrix duplikátumát szeretné létrehozni, válassza a Characters>Make New Matrix From>Stored Matrices parancsot. Ha a vágólap tartalmából szeretne mátrixot létrehozni, válassza a Characters>Make New Matrix From>Clipboard lehetőséget. A Characters>Make New Matrix From> alatt elérhető egyéb választási lehetőségek lehetővé teszik a karakterfejlődés szimulációjából, meglévő mátrixok véletlenszerűségéből vagy más forrásokból származó mátrixok elkészítését és tárolását.

A karaktermátrixok fájlokból is beolvashatók, beleértve a NEXUS és más importálható formátumúakat is.

Karaktermátrixok törlése és átnevezése

Három helyen lehet átnevezni és törölni karaktermátrixokat: a Karaktermátrix-szerkesztőben, a Karaktermátrixok listája ablakban és a Projektpanelen.

A Karaktermátrix-szerkesztőben a mátrix menü tetején található Aktuális mátrix almenüben vannak menüpontok az ablakban látható mátrix átnevezésére vagy törlésére.

A Karaktermátrixok listája ablakban (elérhető a Karakterek menüben) egy mátrix átnevezése a mátrix nevének közvetlen szerkesztésével lehetséges. A mátrixok törléséhez jelölje ki a törlendő mátrixoknak megfelelő sorokat, és válassza a List>Delete Selected Character Matrices (Kiválasztott karaktermátrixok törlése) parancsot.

Egy mátrix átnevezéséhez az ablakok bal oldalán található Projekt panelről érintse meg a mátrix nevét, amíg meg nem jelenik egy legördülő menü:

A mátrix átnevezéséhez válassza ebből a menüből a Mátrix átnevezése lehetőséget. Ezt a legördülő menüt használhatja a mátrix törléséhez is.

A karaktermátrix-szerkesztő

Ha már van karaktermátrixa, akkor azt a Mesquite karaktermátrix-szerkesztőjével szerkesztheti, amely a Karakterek menü tetején érhető el. Ez egy táblázatkezelő szerkesztő, hasonló stílusban, mint a MacClade szerkesztője. Míg a Mesquite szerkesztő képes kezelni a folyamatos adatokat, és speciális segédprogramokkal rendelkezik, például a mátrixok összehasonlítására, hiányoznak belőle a MacClade kifinomult funkciói a molekuláris szekvenciaadatok megtekintésére és összehangolására. Mivel a MacClade és a Mesquite közös NEXUS fájlformátumot használ, a legtöbb adatfájl esetében bármelyik programban szerkeszthet mátrixokat a másikban való felhasználásra. Az alábbiakban a karaktermátrixok szerkesztésére vonatkozó utasításokat találja. A szerkesztés nagy része a Karaktermátrix-szerkesztőben végezhető el, de néhány módosítás más ablakokban is elvégezhető.

A Karaktermátrix-szerkesztőt a Mátrix és a Kijelölés menük, valamint a bal oldali palettán található eszközök vezérlik. A Mátrix menü tartalmazza az oszlopszélesség módosítására (a Megjelenítés almenü), a cellák színezésének megváltoztatására és a karakteradatok módosítására szolgáló elemeket.

A mátrix jobb felső vagy bal alsó részén található kék “i” () megérintésével kérhet egy panelt a mátrixra és a karakterekre vonatkozó információk megjelenítésére.

Egynél több mátrixszerkesztő is látható ugyanazon a mátrixon való munkavégzéshez. A második szerkesztő megjelenítéséhez válassza a Karakterek menü Extra mátrixszerkesztő menüpontját. Ez akkor lehet hasznos, ha a szerkesztőket különböző nézetekre szeretné beállítani (pl. az egyiket a Madárszem nézetre, vagy fehérjére lefordítva színesre).

Megjegyezzük, hogy jelenleg sok, a karaktermátrixon végzett módosítás nem vonható vissza!

A morfológiai adatokat megjelenítő karaktermátrix-szerkesztő
A DNS-szekvenciákat megjelenítő karaktermátrix-szerkesztő	.

A Karaktermátrix-szerkesztő bal alsó sarkában gombok találhatók a Karakterek listája ablak () és a Taxák listája ablak () megnyitásához. Fordítva, a Karakterek listája ablakban van egy gomb () a Karaktermátrix-szerkesztő megjelenítésére.

Visszavonás

A Mesquite karaktermátrix-szerkesztője rendelkezik valamilyen képességgel az utoljára elvégzett módosítás visszavonására, attól függően, hogy mi volt az a módosítás. A Szerkesztés menüben kérheted a visszavonást. Jelenleg a karakter törlése nem vonható vissza, ahogy a taxonok törlése sem. Dolgozunk azon, hogy bővítsük a visszavonható módosítások körét. (Ha a visszavonás képtelensége aggasztja, érdemes bekapcsolni az automatikus NEXUS biztonsági mentést a Fájl menü Alapértelmezések almenüjében, és gyakran menteni).

Taxonok és karakterek hozzáadása, törlése, átnevezése, összevonása és rendezése

Egy meglévő mátrixhoz taxonok vagy karakterek hozzáadására több módszer is létezik. Taxonok hozzáadásához vagy válassza a (Karaktermátrix) Mátrix> Taxonok hozzáadása… vagy a (Taxa) Lista> Taxonok hozzáadása… lehetőséget a mátrix végére, vagy használja a karaktermátrixban a Taxonok hozzáadása eszközt () a mátrix érintett pontján lévő taxonok hozzáadásához. Karakterek hozzáadásához vagy válassza a (Karaktermátrix) Mátrix>Add Characters… lehetőséget a karakterek hozzáadásához a mátrix végéhez, vagy használja a karaktermátrixban a Add Characters () eszközt a karakterek hozzáadásához a mátrix megérintett pontján.

A meglévő taxonok törléséhez vagy jelölje ki a taxont a Taxa List ablakban (a taxon bal szélső számának megérintésével), és válassza a (Taxa) List>Delete Selected Taxa (Kiválasztott taxonok törlése) lehetőséget, vagy jelölje ki a törlendő taxon teljes sorát (a taxon bal szélső számának megérintésével) a karaktermátrixban, és válassza a (Character Matrix) Matrix>Delete Selected (Kiválasztottak törlése) lehetőséget.

A meglévő karakterek törléséhez vagy jelölje ki a karaktereket a Karakterek listája ablakban (a karakter bal szélső számának megérintésével), és válassza a (Karakterek) List>Delete Selected Characters parancsot, vagy jelölje ki a törlendő karakterek teljes sorát (a karakterek bal szélső számának megérintésével) a Karakter mátrixban, és válassza a (Karakter mátrix) Matrix>Delete Selected parancsot.

A taxonok vagy karakterek átnevezéséhez válassza az I gerenda eszközt () a Taxa List ablakban, a List of Characters ablakban vagy a Character Matrix ablakban, válassza ki a szerkesztendő nevet, és írja be az új nevet.

A taxonok összevonása a Mátrix menü Taxon Utilities almenüjének Taxonok összevonása parancsával végezhető el. Ez a karakterállapotaikat is egyesíti bármely mátrixban. Ha a két taxon állapota megegyezik, akkor ezt az állapotot használja az egyesített taxon. Ha a két taxon közül az egyiknek hiányoznak az adatai vagy hiányos (nem alkalmazható), de a másiknak van állapota, akkor a másik állapotát használja (pl. ? + A = A). Ha az egyiknek van hézaga, a másiknak pedig hiányzó adatai, akkor az eredmény a hiányzó adat. Ha a két taxonnak különböző állapotai vannak, amelyek egyállapotúak vagy polimorfikusak, akkor polimorfizmus az eredmény (pl. A + G = A&G). Ha a két taxon eltérő állapotú, és legalább az egyik kétértelmű, akkor bizonytalanságot eredményez, kivéve, ha a kétértelműség teljes egészében a másik polimorfizmusában rejlik (pl. A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

A karakterek sorrendjének megváltoztatásához egész karaktereket jelölhet ki és húzhat el a Karakterlista ablakban vagy a Karaktermátrix-szerkesztőben. A rendezés eszközzel () a karaktereket automatikusan ábécé- vagy számsorrendbe rendezheti annak az oszlopnak vagy sornak a sorrendjében, amelyet ezekben az ablakokban megérint.

Karakteradatok bevitele

A karakteradatokat vagy cellánként, vagy olyan eszközökkel viheti be, amelyek egyszerre több cella bevitelét teszik lehetővé. A rendelkezésre álló eszközöket a következő táblázat mutatja.

	Szerszám	Művelet
	I-sugár	Kiválasztja az egyes cellát, és lehetővé teszi a cella tartalmának szerkesztését, mint bármely normál szöveg esetében.
	Kiválasztás és beírás	Ha ez az eszköz aktív, akkor egy billentyű beírásával az adott értéket az összes kijelölt cellába beírja. Ezzel az eszközzel cellákat lehet kijelölni; a Shift vagy a Command billentyű lenyomva tartásával több cella is kijelölhető.
	Festővödör	Ezzel az eszközzel gyorsan ki lehet tölteni egy cellablokkot egy adott állapottal. Az állapotot (“festék”) úgy választhatjuk ki, hogy a szemcseppentővel megérintjük a megfelelő állapotú cellát, vagy a Paint Bucket legördülő menüből a Set Fill States (Kitöltési állapotok beállítása) lehetőséget választjuk.
	Eye Dropper	Ez az eszköz a mátrix egy celláját megérintve beállítja a Paint Bucket “festékét” az adott cellában lévő állapotokra.

Taxonok, karakterek és a mátrix celláinak kiválasztása

A Mesquite több eszközzel is rendelkezik a taxonok, karakterek vagy adatcellák kiválasztásához, amelyeket a következő táblázatban ismertetünk.

	Tool	Action
	Arrow	Egyedi vagy több cella kiválasztása. Cellák hozzáadásához vagy kivonásához egy meglévő kijelöléshez tartsa lenyomva a Command (vagy Apple) billentyűt, miközben megérint egy cellát. A kijelölés kiterjesztéséhez egy teljes cellatömbre, tartsa lenyomva a Shift billentyűt, miközben megérint egy cellát.
	Wand	Alapértelmezés szerint az összes olyan cellát kijelöli, amelyek ugyanolyan értékűek, mint a megérintett cella. Vagyis ha egy “1” állapotú cellát érintünk meg, akkor a teljes mátrixban az összes “1” állapotú cella kiválasztásra kerül. A legördülő menü segítségével azonban kérheti, hogy az összes olyan cellát válassza ki, amelynek értéke nagyobb, mint az érintés értéke, vagy kisebb, mint. Alapértelmezés szerint ez az eszköz az egész mátrixban lévő cellákat választja ki. A legördülő menü segítségével kérheti, hogy a kiválasztást egyetlen taxonra vagy egyetlen karakterre korlátozza. A Shift billentyű lenyomva tartásával az új cella hozzáadódik a meglévő kijelöléshez. A Command (vagy az alma) billentyű lenyomva tartásával az új cellákat hozzáadja a meglévő kijelöléshez, ha olyan cellát érint, amely nincs kijelölve, és eltávolítja a cellákat a meglévő kijelölésből, ha a cella már ki van jelölve.
	Taxon Wand	Egyértelmezés szerint minden olyan taxont kiválaszt, amely a megérintett karakteren belül ugyanazzal az állapottal rendelkezik, mint a megérintett cellában. A legördülő menü segítségével azonban kérheti, hogy minden olyan taxont válasszon ki, amelynek értéke nagyobb, mint a megérintett érték, vagy kisebb, mint. A Shift billentyű lenyomva tartásával az új taxonokat hozzáadja a meglévő kiválasztáshoz. A Command (vagy az alma) billentyű lenyomva tartásával az új taxon hozzáadódik a meglévő kijelöléshez, ha olyan taxont érint, amely nincs kijelölve, és eltávolítja a taxont a meglévő kijelölésből, ha a taxon már ki van jelölve.
	Karakterpálca	Egyértelmezés szerint minden olyan karaktert kiválaszt, amely a megérintett karakteren belül ugyanazzal az állapottal rendelkezik, mint a megérintett cellában. A legördülő menü segítségével azonban kérheti, hogy az összes olyan karaktert válassza ki, amelynek értéke nagyobb, mint a megérintett, vagy kisebb, mint. A Shift billentyű lenyomva tartásával az új karakterek hozzáadódnak a meglévő kiválasztáshoz. A Command (vagy Apple) billentyű lenyomva tartásával az új karaktereket hozzáadja a meglévő kijelöléshez, ha olyan karaktert érint, amely nincs kijelölve, és eltávolítja a karaktereket a meglévő kijelölésből, ha a karakter már ki van jelölve.

Taxák, karakterek és cellák a Karaktermátrix-szerkesztő Kijelölés menüjének elemeivel is kijelölhetők. Ezek lehetővé teszik változó karakterek kiválasztását, az aktuálisan kiválasztott szakasznak megfelelő szekvencia szakaszok kiválasztását, az aktuális kijelölés visszafordítását és a kijelölés egyéb módosításait.

Keresés a mátrixban

A mátrix tartalma kétféleképpen kereshető. Először is, az ablak tetején lévő Keresés területet beállíthatjuk Adatok keresésére (ezt a kis ikonra kattintva állíthatjuk be, amíg nem jelenik meg). Ezután beírhatunk egy keresési karakterláncot, és megnyomhatjuk a return billentyűt.

Másrészt kereshet a mátrixban a Szerkesztés menü Keresés parancsával, illetve a Kijelölés menü Kijelölés kereséssel parancsával. Az Edit menüben a Find String… parancs a mátrixban az első olyan példánycellát választja ki, amely tartalmazza a megadott szöveges karakterláncot. A mátrixon belül az első taxonneveket, a karakterneveket, a karakterállapotokat keresi. A további példányokat a Find Again (Újra keresés) paranccsal találhatja meg. A Find All parancs kiválasztja az összes olyan cellát, amely tartalmazza az adott karakterláncot. A Find Footnote (lábjegyzet keresése) parancs a Find String (karakterlánc keresése) parancshoz hasonlóan működik, azzal a különbséggel, hogy azokat a cellákat emeli ki, amelyek az adott szöveget tartalmazó lábjegyzeteket tartalmazzák. (Ahhoz, hogy szöveget találjon a bonyolultabb jegyzetekben, a karaktermátrix-szerkesztőben az Annotate (ceruza) eszközzel fel kell hívnia egy jegyzetablakot, majd a jegyzetek menüben a Find Annotation parancsot kell választania.)

Copy/paste

A taxon- és karakterneveket a mátrix egyik régiójából a másikba, illetve egyik mátrixból a másikba másolhatja. A mátrix egy vagy több celláját is átmásolhatja a Vágólapra, és beillesztheti a mátrix egy másik régiójába vagy egy másik mátrixba. A Mesquite lehetővé teszi a diszkontinuus kijelöléseket, amennyiben a másolás során kiválasztott első taxonban kijelölt cellák száma megegyezik a beillesztés során kiválasztott első taxonban kijelölt cellák számával, és ugyanez vonatkozik a további taxonokra is. Vagyis, ha a 3. taxonban két cellát, az 5. taxonban egy cellát, a 7. taxonban pedig négy cellát jelöl ki, és ezt másolja a Vágólapra, akkor beillesztéskor az első taxonban két cellát kell kiválasztania a beillesztéshez, a következőben egyet, az utolsóban pedig négyet.

A Mezquite nem engedi, hogy egy cellablokkot beillesszen a mátrixba, miközben a mátrixban egy más alakú blokkot jelölt ki. Ha azonban megpróbálja ezt megtenni, a Mesquite felajánlja, hogy megváltoztatja a kijelölést úgy, hogy az ugyanannyi cellát fedjen le, mint a kijelölésben. Ezután újra megkísérelheti a beillesztést.

Karakterek és állapotok nevének szerkesztése

A karakterek neveit vagy a Karaktermátrix-szerkesztőben az oszlopcímek szerkesztésével, vagy közvetlenül a Karakterek listája ablakban a karakterek nevének szerkesztésével lehet hozzárendelni.

A (Karaktermátrix) Mátrix>Állapotnevek szerkesztése menüpont kiválasztásával elérhető Állapotnevek szerkesztője lehetővé teszi a kategorikus karakterek állapotainak elnevezését. Nem lesz elérhető, ha a mátrixa nukleotid- vagy fehérjeadatként van megadva. Az Állapotnevek szerkesztő orientációját (állapotok karakterek szerint, vagy karakterek szerint állapotok szerint) az ablak bal felső részén található dupla nyíl megérintésével változtathatja meg. Az egyes állapotokhoz lábjegyzeteket lehet csatolni az állapot kiválasztásával és a lábjegyzet beírásával az ablak alján található megjegyzési területen.

Jegyzetek

A karaktermátrixot egyszerű lábjegyzetek, bonyolultabb jegyzetek vagy színek csatolásával jegyzetelheti a mátrix taxonjaihoz, karaktereihez vagy celláihoz. Egyszerű lábjegyzeteket úgy csatolhatunk, hogy a nyíl vagy az I-gerenda eszközzel kijelöljük a cellát, majd az ablak alján lévő fehér megjegyzési területre lépünk, és beírjuk a lábjegyzetet. A bonyolultabb megjegyzéseket és színeket az Annotations Panel (Megjegyzések panel) segítségével lehet csatolni, amely a mátrix menü Show Annotations Panel (Megjegyzések panel megjelenítése) parancsával érhető el. Jelenleg a lábjegyzetek és az annotációk rendszere különálló a Mesquite-ban – a lábjegyzetek sok ablak alján lévő annotációs területen jelennek meg; a kidolgozott Annotációk a Karaktermátrix-szerkesztőbe ágyazott panelben jelennek meg. Egy példadatfájl az annotációkkal a Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Az annotációs panel az ablak jobb oldalán jelenik meg, az alábbiak szerint:

A fenti annotációs panel mutatja az adott taxonhoz, karakterhez vagy a mátrix cellájához kapcsolódó annotációkat (ha vannak) (attól függően, hogy mit választottunk ki az annotációs (ceruza) eszközzel). A jegyzeteket a bal felső sarokban található (+) vagy a szemét gombok segítségével lehet hozzáadni vagy törölni. Minden jegyzethez egy kép adható, és a képekhez címkék adhatók az I-gerenda kurzor segítségével. E címkék megjelenésének szabályozásához kattintson a jobb gombbal vagy a vezérlővel a címkére, hogy megjelenjen egy legördülő menü, amely beállítja a címke betűtípusát, színét és egyéb tulajdonságait. A címke mutatója a Mutató beállítása eszközzel áthelyezhető. A megjegyzések egyéb jellemzői a Mátrix menü Megjegyzések almenüjével érhetők el. A szöveget tartalmazó annotációkat az Annotations almenü Find Annotation (Annotáció keresése) menüpontjával kereshetjük meg.

A mátrix celláinak színezése

A mátrix cellái vagy azok szövege színezhető. A cellák alapértelmezett háttérszínét a (Karaktermátrix) Mátrix>Háttérszín almenüben lehet kiválasztani. A különböző cellák megkülönböztetésére szolgáló színeket a (Karaktermátrix) Mátrix>Cellák színezése és a (Karaktermátrix) Mátrix>Szöveg színezése almenükben található elemekkel lehet megadni. Ezek az almenük a következő kritériumok szerint határozzák meg a cella hátterének, illetve a cellán belüli szövegnek a színét:

• Karakterérték – A cella színezése a teljes karakterre vonatkozó érték szerint történik, például a parszimmetrikus karakterlépések szerint.
• Cellaérték – A cella színezése az adott cellára vonatkozó érték szerint történik. Például DNS-szekvenciaadatok esetén a cellák kékre színezhetők, ha a hely G vagy C, fehérre, ha A vagy T. A (Karaktermátrix) Mátrix>Mozgó ablak (színekhez)… kiválasztásával beállíthatja annak a mozgó ablaknak a méretét, amelyre a GC-tartalom átlagolása történik. Az aminosavtulajdonságokhoz más cellaértékek is rendelkezésre állnak (pl, hidrofobicitás)
• Kizárt – Egy cella szürke színű, ha a karaktere kizárt.
• Lábjegyzet jelen- Egy cella zöld színű, ha van lábjegyzete.
• Karakterállapot – Egy cella a karakterállapotnak megfelelően van színezve (pl. különböző színek az A, C, G, T esetében)
• Jegyzet csatolva – Egy cella zöld színű, ha jegyzet (nem lábjegyzet, hanem a teljes komplex jegyzet) van hozzácsatolva.
• Hozzárendelt színek – A cella az ecsetelő eszköz () által kijelölt színnel jelenik meg. Ha színt kíván rendelni egy cellához, kattintson a cellára az ecsettel. Érintse meg és tartsa lenyomva a gombot az eszközpalettán, hogy megjelenjen egy menü a használt szín kiválasztásához, a színek eltávolításához vagy az összes kijelölt cella színezéséhez.

A cellák színezése esetén a színekhez legendát kérhet a Mátrix menü Színlegenda megjelenítése parancsának kiválasztásával, vagy a Mátrixszerkesztő bal alsó részén (a taxonnevek alatt) található kis gomb() megérintésével. Ha duplán kattint egy színre a mátrixban, a szerkesztő az adott színnel rendelkező cellára lép.

Módosítások és transzformációk

A Mátrix menü Módosítás/Transzformáció menüpontjában a következők állnak rendelkezésre a mátrix celláinak vagy karaktereinek módosítására:

• A kijelölt cellák feltöltése egy megadott állapottal: Válassza a (Karaktermátrix) Mátrix>Alter/Transform>Töltés
• A kijelölt cellák feltöltése véletlenszerű állapotokkal, minden állapotra azonos gyakorisággal: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
• Véletlenszerűen átrendezi az állapotokat egy karakteren belül a kiválasztott taxonok között: Válassza ki (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Shuffle states among taxa
• Nukleotid szekvenciaadatok esetén alakítsa át az egyes cellákban lévő bejegyzéseket a komplementjükké: Válassza ki (Karaktermátrix) Mátrix>Alter/Transform>Nukleotidkomplement
• Kiválasztott molekuláris szekvencia felcserélése: Válassza a (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence
• A csak hézagokból álló karakterek eltávolítása: Válassza a (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Gaps-Only Characters
• Invariáns karakterek eltávolítása: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Invariant Characters

A karakterek attribútumainak megváltoztatása

Egy karakter, amellett, hogy az egyes terminális taxonokban hozzárendelt állapotokkal rendelkezik, más attribútumokkal is rendelkezhet. Például egy karaktert úgy jelölnek meg, hogy szerepel vagy nem szerepel, és feltételezések vannak hozzá rendelve, mint például egy súly és egy evolúciós parszimónia-modell. Ezeket az attribútumokat különböző számítások során használják fel. Hozzárendelhetők a Karakterek listája ablakokban, amelyek a Karakterek menüben érhetők el.

A List of Characters ablakban az oszlopok a felvételre, a parszimónia modellre és a valószínűségi modellre (a valószínűségi számításokhoz) utalnak. További oszlopok kérhetők a csoporttagságra, a súlyra és (DNS-adatok esetében) a kodonpozícióra vonatkozóan. Az oszlopok menü segítségével kérheti egy oszlop megjelenítését. Mindegyik oszlop esetében a hozzárendelt attribútum úgy módosítható, hogy először vagy kiválasztja a módosítandó karaktereket (ha csak néhány karaktert kell megváltoztatni), vagy kiválasztja az attribútum oszlopát (ha az összes karaktert kell megváltoztatni). Ezután az oszlop nevének megérintésével (ahol egy fordított fekete háromszögnek kell megjelennie) megjelenik egy legördülő menü, amely lehetővé teszi a megfelelő meghatározást.

A csoporttagság kivételével minden attribútum esetében az alsó három menüpont az aktuális specifikáció névre szóló specifikációs készletként való tárolása a fájlba (mint a MacClade-ben a betűkészlet vagy súlykészlet mentése), egy meglévő specifikációs készlet cseréje az aktuálisra, vagy egy tárolt specifikációs készlet betöltése, hogy az legyen az aktuális.

A következőkben az egyes oszlopokra jellemző beállítások következnek:

• Inclusion – A Include, Exclude és Reverse lehetővé teszi a karakterek felvételének módosítását. A Reverse a kizártat bevontra változtatja és fordítva. A kizárt karakterek nem vesznek részt a fahosszúságban és számos más számításban. A kizárást a számítások nem minden esetben tartják tiszteletben, mivel egyes számítások még a kizárt karaktereket is felhasználják.
• Párszimónia modell – A Modell almenü lehetővé teszi a karakterekhez rendelendő párszimónia modell kiválasztását a párszimónia számításokhoz.
• Valószínűségi modell – A Modell almenü lehetővé teszi a karakterekhez rendelendő valószínűségi modell kiválasztását a valószínűségi számításokhoz és szimulációkhoz.
• Csoporttagság – A fenti képen a csoporttagság az utolsó oszlopban látható. A karakterek csoportokhoz rendeléséhez először csoportokat kell létrehoznia az Új csoport használatával. Például létrehozhat egy csoportot Felnőtt karakterek és egy másik csoportot Lárva karakterek. Ezután a Csoport beállítása almenü segítségével rendelhet karaktert a csoporthoz. A csoport színét is szerkesztheti, és átnevezheti a csoportot. A csoport színe hasznos a különböző csoportok karaktereinek megkülönböztetéséhez, például diagramokon vagy a Karaktermátrix-szerkesztőben.
• Súly – A Súly beállítása menüpont segítségével beállíthatja a karakterhez rendelt súlyt. Ezt jelenleg a fahossz-számításoknál használjuk.
• Kodonpozíciók – Ez az oszlop a DNS-adatok esetében érhető el. A legördülő menü lehetővé teszi a pozíciók hozzárendelését.

Karakterekre vonatkozó információk ábrázolása

A karakterekre vonatkozó informatív statisztikák és értékek különböző ablakokban megtekinthetők vagy ábrázolhatók. Az Elemzés menüpontban egy oszlop & Vonaldiagramot lehet kérni, amely egy karaktersorozat értékének eloszlását mutatja. Például az aktuális fán lévő karakterek parszimónia lépéseinek száma grafikonon ábrázolható. Az Elemzés menüben elérhető szórásdiagram a karaktereket egy kétdimenziós térben ábrázolja, ahol az X tengely egy adott érték (pl. a karakter valószínűsége egy fa alatt), az Y tengely pedig egy másik érték (pl. a karakter valószínűsége egy másik fa alatt). A karakterek értékei a Karakterek listája ablakban is megtekinthetők, ahol oszlopok adhatók hozzá (a Lista menüben), hogy az egyes karakterek kiválasztott statisztikái megjelenjenek.

Az összes karaktermátrix listázása

A Karakterek menü Karaktermátrixok listája menüpontja a Karakterek alatt megjeleníti a karaktermátrixok listáját. Itt megtekintheti a karaktermátrixok statisztikáit és megváltoztathatja a neveket.

A karaktermátrixok “rejtett”-ként jelölhetők meg, ami azt jelenti, hogy a legtöbb menüben és párbeszédpanelen, ahol mátrixokat választhat, nem jelennek meg, és az ablak bal oldalán lévő projektpanelen sem jelennek meg. A láthatóság beállításához lépjen a Karakteres mátrixok listája, oszlop>Mátrix láthatósága menüpontba. Ha az oszlop megjelenik, jelölje ki azoknak a mátrixoknak a sorait, amelyek láthatóságát meg kívánja változtatni, és válassza az oszlop tetején található legördülő menüből a Láthatóság átkapcsolása lehetőséget.