1865. május elején az Amerikai Konföderációs Államok nagymértékben szervezetlen volt, főként az előző hónap frenetikus eseményei miatt. Robert E. Lee tábornok megadta magát a konföderációs seregeknek a virginiai Appomattox udvarházánál, és a legtöbb amerikai úgy gondolta, hogy a polgárháború (1861-65) véget ért. Abraham Lincoln amerikai elnök Washingtonban John Wilkes Booth és más déli szimpatizánsok által elkövetett meggyilkolása sokakat gyanússá tett a konföderációs kormányban. Bár a kormány még mindig ép volt, nagyrészt hatástalan volt.

A konföderációs elnök, Jefferson Davis még mindig reménykedett a Konföderáció jövőjében. Négyszemközt azt a vágyat táplálta, hogy megerősítse a hadseregeket, és a harcokat a Konföderáció nyugati részére helyezze át. Nyilvánosan azonban kénytelen volt elmenekülni a konföderáció fővárosából, a virginiai Richmondból, megbízható tanácsadói káderével együtt, amely gyakorlatilag száműzetésben lévő kormány lett. Richmondból távozva Davis és kísérete a virginiai Danville-ben ideiglenes kormányzati központot hozott létre. Hamarosan azonban délebbre költöztek, mert Virginia erősen telítve volt uniós csapatokkal.

Davis tanácsadói között volt John H. Reagan, Judah P. Benjamin, John Breckinridge és Burton Harrison. Egy kis létszámú, de elit katonai kíséret is kísérte őket, és mindannyian május 3-án érkeztek meg Washingtonba, Wilkes megyébe. Másnap Davis utolsó megbeszélést tartott kabinetjével, és a tagok szétszéledtek, miután az elnök engedélyezte a megkésett kárpótlásukat a Konföderáció megmaradt kincstárából, beleértve az aranyat is. Davis délre, Sandersville-be ment, ahol május 6-án Micajah Clark kapitányra, a Konföderáció megbízott kincstárnokára bízta a megmaradt konföderációs kincstárat, és május 7-én újra találkozott feleségével, Varinával és gyermekeikkel. Május 8-án együtt vonultak tovább a Wilcox megyei Abbeville-en keresztül, tudatában annak, hogy az uniós erők közel vannak. Davis üldözése nagyrészt az amerikai hadügyminisztérium azon téves feltételezéséből fakadt, hogy bűnrészes volt a Lincoln elleni merényletben. Százezer dolláros jutalmat ígértek annak, aki elkapja az elnököt és segítőit.

Május 9-én este az Irwin megyei Irwinville földműves közösségébe érve a megmaradt reménykedők, akik még mindig azt feltételezték, hogy egy lépéssel üldözőik előtt járnak, tábort ütöttek egy patakmeder közelében. Másnap korán reggel a tábort puskaropogás ébresztette fel, és perceken belül az Első Wisconsini és a Negyedik Michigani lovasság tagjai vették körül őket. A konföderációsok egyetlen lövést sem adtak le. Davis némi zűrzavarban gyorsan a patak felé igyekezett. Felesége raglanját, vagyis kabátját a vállára vetette. Ez vezetett ahhoz az állandósult pletykához, hogy női ruhában próbált elmenekülni. A korszak egyik népszerű dala a “Jeff in Petticoats” volt, a nagy bulvárlapok pedig művészek ábrázolásait közölték a bukott vezérről, aki a parókától a karikaszoknyáig mindenféle ruhát viselt. A michigani különítmény egyik buzgó tagja gyorsan elfogta Davist, és a virginiai Monroe erődbe szállították, ahol több mint két évig raboskodott. Rossz bánásmódja és az azt követő sajtóban való nyilvánosságra kerülése hozzájárult a déli nacionalizmus ügyének megerősítéséhez.

Történelmi emléktábla jelzi azt a helyet, ahol letartóztatták, a környező terület pedig ma a Jefferson Davis Memorial Historic Site, egy tizenhárom hektáros park, ahol múzeum, túraútvonal és piknikezési lehetőség található. A közép-georgiai Jeff Davis megyét a konföderációs elnök tiszteletére nevezték el.