Ezértörzsek nómenklatúrája

A GEMM-törzsek (Genetically Engineered & Mutant Mice) nagy része kongenikus törzs. A kongenikus törzseket úgy állítják elő, hogy egy mutációt egy genetikai háttérből ismételt visszakeresztezéssel átvisznek egy adott beltenyésztett törzsbe. A kongenikus törzs és a beltenyésztett partner várhatóan minden lókuszban azonos, kivéve az átvitt lókuszt és a kromoszóma egy kapcsolódó szegmensét. A szegmens mérete és a más kromoszómákon átvitt allélek lehetősége a visszakeresztezés generációinak számától függ.

A törzs tíz generációs visszakeresztezés (N10) után tekinthető teljesen kongenikusnak. A mutációkat hordozó törzseket azonban, amelyeket legalább öt, de kevesebb, mint tíz generáción keresztül visszakereszteztek a háttértörzsre, kezdődő kongenikus törzseknek tekintik, és számos kutatási területen hasznosak lehetnek.

A spontán és célzott mutációkat hordozó kongenikus egerek, valamint néhány, a hisztokompatibilitási lókuszok tekintetében kongenikus törzs legtöbb törzsének neve történelmi okokból nem követte a standard kongenikus nómenklatúrát. A tudományos közösségnek a genetikai mutációk eredetével és a genetikai háttérhatásokból eredő fenotípusbeli különbségekkel kapcsolatos aggodalmaira válaszul az egerek szabványosított genetikai nómenklatúrájával foglalkozó nemzetközi bizottság és a Jackson Laboratory kötelezettséget vállalt ezen következetlenségek kijavítására.

2000. június 1-jei hatállyal számos JAX® egértörzs neve megváltozott, hogy jelezze a mutáció származási törzsét. A törzsek új nevükön szerepelnek, a JAX® egér adatbázisban a korábbi nevek feltüntetésével. A névváltoztatásokra az alábbiakban találhatók példák. A kongenikus elnevezést akkor fogadják el, ha egy törzs elérte a visszakeresztezés ötödik generációját (N5), bár egy törzs csak N10-ig tekinthető teljesen kongenikusnak. Úgy döntöttek, hogy nem változtatják meg néhány olyan törzs nevezéktanát, amelyek több, különböző eredetű allélt hordoznak, vagy a törzs előállításának módja miatt, vagy azért, mert a nevezéktan további zavart okozna. A transzgének és genetikai mutációk eredetére vonatkozó további információk a JAX® egér adatbázisban találhatók, ha a keresést a kívánt génszimbólum vagy törzsszám használatával végzi el.

A kongenikus törzsek nomenklatúrája

A kongenikus törzseket egy összetett szimbólummal jelöljük, amely a gazdatörzsből (általában rövidítve), egy pontból, a donortörzsből (szintén általában rövidítve), egy kötőjelből, valamint a differenciális lókusz vagy lókuszok és allél(ok) dőlt betűvel írt szimbólumából áll (pl., B10.129P-H12b). Ha a donortörzs vagy nem beltenyésztett, vagy összetett, a “Cg” szimbólumot kell használni, amely a kongenikusat jelöli. A kongenikus nómenklatúrát mind a kezdődő, mind a teljes kongenikusokra alkalmazzák. A generációs számot a törzsre vonatkozó adatok tartalmazzák.

Sok kongenikus genetikai háttere a C57BL/6J és egy 129-es altörzs keveréke (B6;129, B6;129P vagy B6;129S jelöléssel; lásd a következő magyarázatot: “A 129-es törzsű egerek felülvizsgált nevezéktana”). Egyes rokon törzsek háttere azonban ismeretlen, több mint két elődtörzsből származik, vagy ismeretlen vagy idegen tenyésztési forrásból származó genetikai hozzájárulást tartalmaz. Az ilyen rokon törzsek hátterét gyakran “STOCK”-ként jelölik. Korábban a legtöbb spontán és indukált mutációt, amelyet vegyes háttérről (pl. B6;129 vagy STOCK) visszakeresztezéssel vittek át beltenyésztett háttérre, nem írták le a hagyományos rokontenyésztési nómenklatúrával. Azonban számos genetikailag módosított és mutáns egértörzs nevét felülvizsgálták, hogy egyértelműbben jelezzék a mutáció eredetét (pl. B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

A Jackson Laboratórium nagyszámú hisztokompatibilitási kongenikus törzset szállít. Néhány esetben több vonal ugyanabból a donortörzsből származik, és ezeket egy zárójelben lévő számmal és/vagy betűvel különböztetik meg (pl. B10.129P-H11b(10M)/SnJ és B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

2000-ben számos JAX® egértörzs neve megváltozott a mutáció származási törzsének feltüntetése érdekében. Példák a nómenklatúra-változásokra

Példa 1.

Megj: Ez a törzsnév nem tévesztendő össze a B6;129P kevert genetikai háttéren fenntartott mutáció nevével, ahol a törzsnévben a törzs rövidítései pont helyett pontosvesszővel vannak elválasztva (lásd az 5. példát). A genetikai háttér egyértelműbb meghatározása érdekében mind a nyomtatott irodalmunkban, mind a honlapunkon további információkat (törzstípus, kontrollinformációk, háttér- és donortörzsek, valamint a generációs szám) tüntettünk fel a rokon törzsek adatai között.

Példa 2.

Megj: A Cg (a kongenikus) akkor használatos, ha több donortörzs van, vagy a donortörzs vegyes genetikai hátterű.

Példa 3.

Megjegyzés: Ebben a példában a Cg-t azért használjuk, hogy ne azt sugalljuk, hogy mindkét mutáció a DBA/J-n keletkezett, miközben megmutatjuk, hogy a misty (m) szőrszínjelölő és a diabetes (Leprdb) mutáció taszításban marad fenn.

4. példa

.

Megj: A donortörzs után zárójelben további hozzájáruló genetikai anyag szerepelhet. Ebben a példában egy célzott mutációt vittek át egy B6;129P kevert háttérből egy harmadik beltenyésztett törzsbe. A célzott gént flankáló genomikus régió az ES-sejtvonal eredete miatt 129P2-szerű, de a törzs genomjának ismeretlen része C57BL/6 eredetű lehet. A donor törzs DNS-ének mennyisége, mind a differenciális lókuszhoz kapcsolódó, mind a nem kapcsolódó DNS mennyisége csökken a visszakeresztezés növekvő generációival.

Keverék genetikai háttéren hordozott mutációval rendelkező törzs

5. példa.

Megj: Ez nem veleszületett, hanem a C57BL/6 és a 129P2 (ES sejtvonalból származó) keveréke, így e két törzs alléljait szegregálja. A törzsek rövidítései közötti vesszőt pontosvesszővel helyettesítettük, hogy egyértelműbb legyen a különbség a kongenikus nomenklatúrában szereplő ponttól.

Törzs, amelynek nomenklatúrája nem változott, de különböző eredetű allélokat hordoz

Példa 6.

Jegyzet: Ezt a törzset három, már C57BL/6J genetikai háttéren lévő, differenciális allélokat hordozó egyedi kongenikus törzs párosításával, nem pedig visszakeresztezésével állították elő (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a és B6.CAST-Gpi1)

.