Az utazásod Marcusszal, egy pandorai fegyverkereskedővel kezdődik, aki elmeséli a játék eddigi történetét. A Vaultot (a Borderlands 1-ből) az előző hősök nyitották ki, és úgy tűnt, hogy csak csápokkal és csalódással van tele. De a Vault megnyitása után az Eridium elkezdett megnyilvánulni Pandorán. Egy új és erős ásvány, amely elkezdte vonzani a harcosok, bolondok, vállalatok és még több Vault Hunters figyelmét. A Hyperion Társaság, Handsome Jack vezetésével bányászni kezdett az Eridium után, és útközben bizonyítékot találtak egy újabb Vaultra. Jack ekkor úgy döntött, hogy átveszi az irányítást Pandora felett, és erőszakkal civilizálja ezeket a határvidékeket.

A filmes bevezető bemutatja a négy fő játszható karaktert (a DLC-karaktereket nem számítva), akik vonattal indulnak a Vault keresésére. Axton: Axton: A kommandós, Maya: A szirén, Salvatore: The Gunzerker, és Zer0: A Number.

Megtámadják őket a Jack által küldött robotok és banditák, és együtt dolgoznak, hogy fémhulladékká és ragacshalmokká változtassák őket. Ezután megpróbálják megtalálni Jacket, de végül csak egy Jack-bábut találnak, aki mögött egy rakás bomba van. A bombák felrobbannak és kisiklatják a vonatot, megölve az összes többi Vault Hunters-t, kivéve az általad választott játékos karaktert. Itt kezdődik a kalandod…