Rozmnožování může být velmi rozmanité, protože v tomto fylu existuje mnoho různých organismů.K rozmnožování dochází nejprve mezi dvěma opačnými pohlavími. Samice naklade vajíčko a samec je oplodní spermiemi. Někteří měkkýši jsou však hermafroditi, takže mají samčí i samičí rozmnožovací soustavu. Mořští plži a ústřice mohou opakovaně měnit pohlaví, aby ochránili své mládě.
K oplodnění může dojít zevně nebo uvnitř. K vnějšímu rozmnožování dochází nejčastěji mezi vodními měkkýši. Samec a samice měkkýše vyvrhnou vajíčko nebo spermie do vody a začne oplodnění a vývoj. Během 2-3 týdnů se z vajíčka vylíhne larva známá jako trokofor. Trokofory mají kulovitý hruškovitý tvar a jsou obklopeny řasinkami. Pomocí řasinek zametají plovoucí částečky potravy. Po stádiu trokoforů se vyvinou v larvy veligerů a vytvoří se jim velum. Velum slouží k plavání, krmení a výměně plynů. V tomto stadiu se také začíná vyvíjet noha. V tomto stadiu se také vyvíjejí jejich dospělé znaky a jsou známé jako miniaturní dospělci.
Někteří další měkkýši se rozmnožují vnitřně, například suchozemští plži. K oplození dochází v samici, když spermie samce úspěšně oplodní vajíčko. U některých druhů samice po oplození vajíčka naklade vajíčko do vody. Po vylíhnutí se vytvoří larva nebo miniaturní dospělý jedinec. Tyto larvy projdou stejnými stádii jako larvy vyvinuté vnějším rozmnožováním, trokoforem a veligerem. U ostatních měkkýšů zůstávají oplozená vajíčka uvnitř samice, kde se plně vyvinou a poté se narodí.

.