Nomenklatura myších kmenů

Velký počet kmenů GEMM (Genetically Engineered & Mutant Mice) jsou kongenní kmeny. Kongenní kmeny vznikají přenosem mutace z jednoho genetického pozadí do určitého inbredního kmene opakovaným zpětným křížením. Očekává se, že kongenní kmen a inbrední partner budou identické ve všech lokusech s výjimkou přeneseného lokusu a spojeného úseku chromozomu. Velikost tohoto segmentu a možnost přenosu alel na jiných chromozomech závisí na počtu generací zpětného křížení.

Kmen je považován za plně kongenní po deseti generacích zpětného křížení (N10). Nicméně kmeny nesoucí mutace, které byly zpětně kříženy s původním kmenem po dobu nejméně pěti, ale méně než deseti generací, se považují za počínající kongenní kmeny a mohou být užitečné v různých oblastech výzkumu.

Většina názvů kmenů pro kongenní myši nesoucí spontánní a cílené mutace, stejně jako pro několik kmenů kongenních pro histokompatibilní lokusy, se z historických důvodů neřídila standardní kongenní nomenklaturou. V reakci na obavy vědecké komunity ohledně původu genetických mutací a rozdílů ve fenotypu v důsledku vlivu genetického pozadí se Mezinárodní výbor pro standardizovanou genetickou nomenklaturu pro myši a laboratoř The Jackson Laboratory zavázaly tyto nesrovnalosti napravit.

S účinností od 1. června 2000 bylo velké množství názvů kmenů JAX® Mice změněno tak, aby označovaly kmen původu mutace. Kmeny jsou uvedeny pod novými názvy, přičemž dřívější názvy jsou uvedeny v databázi JAX® Mice. Příklady těchto změn názvů jsou uvedeny níže. Kongenická nomenklatura je přijata, jakmile kmen dosáhne páté generace zpětného křížení (N5), ačkoli kmen není považován za plně kongenický až do N10. Bylo rozhodnuto neměnit nomenklaturu některých kmenů, které nesou více alel odvozených od různých původů, a to buď z důvodu způsobu vzniku kmene, nebo proto, že by nomenklatura způsobila další zmatek. Další informace o původu transgenů a genetických mutací lze nalézt v databázi JAX® Mice Database při vyhledávání pomocí symbolu genu nebo inventárního čísla, které vás zajímá.

Nomenklatura kongenních kmenů

Kongenní kmeny se označují složeným symbolem sestávajícím z hostitelského kmene (obvykle zkráceně), tečky, dárcovského kmene (rovněž obvykle zkráceně), pomlčky a kurzívou psaného symbolu diferenčního lokusu nebo lokusů a alely (alel) (např, B10.129P-H12b). Pokud dárcovský kmen není inbrední nebo je komplexní, používá se symbol „Cg“, který označuje kongenní. Kongenní nomenklatura se používá pro incipientní i plně kongenní kmeny. Číslo generace je zahrnuto v údaji o kmeni.

Genetické pozadí mnoha kongeniků je směsí C57BL/6J a subkmene 129 (označovaného buď B6;129, B6;129P, nebo B6;129S; viz vysvětlení, které následuje v části „Revidovaná nomenklatura pro myši kmene 129“). Původ některých kongenitálních kmenů je však neznámý, pochází z více než dvou progenitorových kmenů nebo má genetický příspěvek z neznámého nebo outbredního zdroje. Původ takových kongenních kmenů se často označuje jako „STOCK“. Dříve nebyla většina spontánních a indukovaných mutací přenesených zpětným křížením ze smíšeného pozadí (např. B6;129 nebo STOCK) na inbrední pozadí popsána konvenční kongenní nomenklaturou. Mnoho názvů geneticky modifikovaných a mutantních myších kmenů však bylo upraveno tak, aby jasněji označovaly původ mutace (např. B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

Laboratoř Jackson dodává velké množství histokompatibilních kongenních kmenů. V některých případech je více linií odvozeno od stejného dárcovského kmene a jsou odlišeny číslem a/nebo písmenem v závorce (např. B10.129P-H11b(10M)/SnJ a B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

V roce 2000 se změnilo velké množství názvů kmenů JAX® Mice tak, aby označovaly kmen původu mutace. Příklady změn nomenklatury

Příklad 1.

Pozn: Tento název kmene by neměl být zaměňován s názvem mutace udržované na smíšeném genetickém pozadí B6;129P, kde jsou zkratky kmenů v názvu odděleny středníkem, nikoli tečkou (viz příklad 5). Do podrobností o kongenitálním kmeni v naší tištěné literatuře i na našich webových stránkách jsme zahrnuli další informace (typ kmene, kontrolní informace, pozadí a dárcovské kmeny a číslo generace), abychom jasněji vymezili genetické pozadí.

Příklad 2.

Not: Cg (pro congenic) se používá v případě, že existuje více dárcovských kmenů nebo je dárcovský kmen smíšeného genetického původu.

Příklad 3.

Poznámka: V tomto příkladu je použito Cg, aby se nenaznačovalo, že obě mutace vznikly na DBA/J a zároveň se ukázalo, že znak mlhavé (m) barvy srsti a mutace cukrovky (Leprdb) se udržují v repulzi.

Příklad 4.

Not: Další přispívající genetický materiál může být uveden v závorce za dárcovským kmenem. V tomto příkladu byla cílená mutace přenesena ze smíšeného pozadí B6;129P do třetího inbredního kmene. Genomická oblast lemující cílový gen je podobná 129P2 kvůli původu buněčné linie ES, ale neznámá část genomu kmene může být původu C57BL/6. S přibývajícími generacemi zpětného křížení se snižuje množství DNA dárcovského kmene, a to jak navázané, tak nenavázané na diferenciální lokus.

Kmen s mutací nesenou na smíšeném genetickém pozadí

Příklad 5.

Pozn: Nejedná se o kongenní kmen, ale o směs C57BL/6 a 129P2 (z buněčné linie ES), a proto se zde segregují alely z těchto dvou kmenů. Čárka mezi zkratkami kmenů byla nahrazena středníkem, aby se jasněji odlišila od tečky v kongenní nomenklatuře.

Kmen s nomenklaturou, která se nezměnila, ale nese alely různého původu

Příklad 6.

Pozn: Tento kmen vznikl spojením, nikoliv zpětným křížením, tří jednotlivých kongenních kmenů nesoucích rozdílné alely již na genetickém pozadí C57BL/6J (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a a B6.CAST-Gpi1).

.