Matice znaků

Znaky a matice znaků

Znaky a jejich stavy jsou prostředky, kterými se popisují vlastnosti organismů. Mesquite podporuje znaky, jejichž stavy jsou kategoriální (diskrétní a ne nutně uspořádané), spojité (měření s desetinnou hodnotou) nebo meristické (počty). Speciální verze kategoriálních znaků existují pro data sekvencí DNA, RNA a proteinů. Další podrobnosti specifické pro tyto typy znaků naleznete na stránkách o molekulárních a spojitých znacích. Kategoriální znaky jiné než molekulární znaky mohou mít 55 stavů. Meristické znaky jsou celá čísla (a mohou být záporná).

Znaky mohou existovat v rámci matic, které jsou uloženy v datovém souboru. V jedné matici tak může být uložena řada kategoriálních znaků pro popis fenotypových znaků. Samostatná matice může uchovávat spojité znaky popisující měření provedená na organismech, zatímco třetí matice může uchovávat údaje o sekvenci DNA, v níž je každé zarovnané místo považováno za znak (Mesquite v současné době zachází s nezarovnanými daty, jako by byla zarovnaná, ačkoli zarovnání lze ignorovat). Každá matice může obsahovat pouze jeden typ znaku, ale datový soubor může obsahovat více než jednu matici.

Znaky mohou existovat i mimo matice. Znaky mohou být například vytvořeny simulacemi a randomizacemi nebo ordinacemi a použity přímo ve výpočtech, aniž by byly v jakémkoli okamžiku zachyceny v matici a uloženy v souboru. „Zdrojem znaků“ použitých pro výpočet tedy mohou být buď matice uložené v souboru, nebo znaky vytvořené za běhu simulacemi nebo randomizacemi, případně ordinacemi. Z tohoto důvodu se Mesquite ve výchozím nastavení ptá, jaký Zdroj znaků má použít, když jsou potřeba znaky nebo matice. Protože pro některé začínající uživatele může být tento dotaz matoucí, můžete Mesquite nastavit tak, aby ve výchozím nastavení zvolil uložené znaky nebo matice bez dotazu, a to výběrem položky „Use Stored Characters/Matrices by Default“ (Použít ve výchozím nastavení uložené znaky/matrice) v podnabídce File (Soubor).

Většina této stránky příručky se týká znaků/matic uložených v datovém souboru.

• Typy matic znaků
• Vytvoření matice znaků
• Odstranění a přejmenování matic znaků
• Editor matic znaků
  • Undo
  • Přidání, mazání, přejmenování a třídění taxonů a znaků
  • Zadávání údajů o znacích
  • Výběr taxonů, znaků a buněk matice
  • Vyhledávání v matici
  • Kopírování/vkládání
  • Úprava názvů znaků a stavů
  • Anotace
  • Barvení buněk matice
  • Alterace a transformace

  .

• Změna atributů znaků
• Zobrazení informací o znacích
• Seznam všech znakových matic

Typy znakových matic

Standardní typy znakových matic, které jsou v Mesquite k dispozici:

• Standardní kategoriální matice – Stavy jsou diskrétní, ne nutně uspořádané. Znaky mohou mít až 55 stavů, jejichž symboly jsou standardně 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Polymorfismy (např. stav 0 a 2) jsou označeny 0&2; neurčitost (např. stav 0 nebo 2) je označena 0/2. Zcela neznámý stav je standardně označen znakem ?. Pokud je znak pro daný taxon nepoužitelný, je výchozí symbol -. Názvy stavů lze přiřadit pomocí funkce Upravit názvy stavů.
  
• Matrice DNA/RNA – Čtyři stavy, A, C, G, T nebo A, C, G, U. Lze použít standardní kódy nejednoznačnosti (např. R = A nebo G). Ve výchozím nastavení je neznámý stav ?, mezera je -. Další informace o úpravě dat DNA jsou uvedeny zde.
  
• Matice proteinů – Standardní symboly pro aminokyseliny. Ve výchozím nastavení je neznámý stav ?, mezera je -. Více informací o úpravě proteinových dat je uvedeno zde.
• Spojité matice – Stavy jsou spojité hodnoty (např. 1,02, 3e-4). Matice může mít více položek, například x, y nebo min, max. Položky lze přidávat pomocí položek nabídky v části Matice>Utility nebo pomocí informačního panelu matice (zobrazuje se pomocí modrého „i“ v levém dolním rohu matice). Speciální typ spojité matice, Geografická, má dva znaky (zeměpisná šířka, zeměpisná délka). Další informace o spojitých datech jsou uvedeny zde.
  
• Meristické matice – Stavy jsou celá čísla (a mohou být záporná). Pokud je znak pro daný taxon nepoužitelný, je označen znakem x, nikoli „-“ jako u jiných typů dat, aby nedošlo k záměně se znaménkem minus. Chybějící údaje se označují otazníkem (?). Meristické matice mohou mít více položek, které lze přidat pomocí informačního panelu matice (zobrazuje se pomocí modrého „i“ v levém dolním rohu matice).
  

Vytvoření znakové matice

Existuje několik způsobů, jak vytvořit znakovou matici, která bude uložena v souboru. Nejjednodušeji můžete vytvořit prázdnou (prázdnou) matici výběrem možnosti Znaky>Nová prázdná matice. V zobrazeném dialogovém okně pojmenujte matici znaků a zadejte počet znaků. Budete také muset zvolit druh dat, která bude matice obsahovat (standardní kategoriální, data sekvence DNA (nebo RNA), spojitá nebo data sekvence proteinů). Obvykle vytvoříte prázdnou matici, pokud se chystáte začít zadávat pozorování o organismech.

Je také možné vytvořit matice znaků, které jsou již naplněny stavy znaků. Chcete-li například vytvořit duplikát existující znakové matice, zvolte možnost Znaky>Vytvořit novou matici z>Složených matic. Pokud chcete vytvořit matici z obsahu schránky, vyberte možnost Znaky>Vytvořit novou matici z>Schránky. Další volby dostupné pod položkou Znaky>Vytvořit novou matici z> umožňují vytvářet a ukládat matice vzniklé simulací vývoje postav, randomizací existujících matic nebo z jiných zdrojů.

Matrice postav lze také načítat ze souborů, včetně matic ve formátu NEXUS a dalších formátech, které lze importovat.

Odstranění a přejmenování matic

Matrice znaků můžete přejmenovat a odstranit na třech místech: v Editoru matic znaků, v okně Seznam matic znaků a na panelu projektu.

V Editoru matic znaků obsahuje podnabídka Aktuální matice v horní části nabídky matic položky nabídky pro přejmenování nebo odstranění matice zobrazené v okně.

V okně Seznam matic znaků (dostupné v nabídce Znaky) můžete přejmenovat matici přímou úpravou jejího názvu. Chcete-li matice odstranit, vyberte řádky odpovídající maticím, které chcete odstranit, a zvolte možnost Seznam>Odstranit vybrané matice znaků.

Chcete-li přejmenovat matici na panelu projektu v levé části oken, dotkněte se názvu matice, dokud se nezobrazí rozbalovací nabídka:

V této nabídce vyberte možnost Přejmenovat matici a matici přejmenujte. Pomocí této rozbalovací nabídky můžete matrici také odstranit.

Editor matic znaků

Jakmile máte matrici znaků, můžete ji upravovat pomocí Editoru matic znaků v systému Mesquite, který je k dispozici v horní části nabídky Znaky. Jedná se o tabulkový editor, stylem podobný editoru MacClade. Editor Mesquite sice umí pracovat se spojitými daty a má speciální nástroje, například pro porovnávání matic, ale chybí mu propracované funkce MacClade pro prohlížení a zarovnávání dat molekulárních sekvencí. Protože MacClade a Mesquite sdílejí formát souborů NEXUS, u většiny datových souborů budete moci upravovat matice v obou programech a používat je v tom druhém. Níže jsou uvedeny pokyny, jak upravit matici znaků. Většinu úprav lze provést v Editoru znakových matic, ale některé změny lze provést i v jiných oknech.

Editor matic znaků se ovládá pomocí nabídek Matrice a Výběr a pomocí nástrojů na paletě vlevo. Nabídka Matrice obsahuje položky pro změnu šířky sloupců (podnabídka Zobrazení), změnu zbarvení buněk a změnu údajů o znacích.

Dotykem na modré „i“ () v pravém horním nebo levém dolním rohu matice si můžete vyžádat panel, který zobrazí informace o matici a jejích znacích.

Můžete mít viditelný více než jeden editor matic pro práci se stejnou maticí. Chcete-li získat druhý Editor, zvolte v nabídce Znaky možnost Extra Matrix Editor. To může být užitečné, pokud chcete mít editory nastavené na různé pohledy (např. jeden na pohled Ptačí oko nebo barevný jako převedený na bílkovinu).

Všimněte si, že v současné době mnoho změn, které provedete v matici znaků, nelze vrátit zpět!

Editor znakové matice zobrazující morfologické údaje
Editor znakové matice zobrazující sekvence DNA	.

Vlevo dole v Editoru matic znaků jsou tlačítka pro otevření okna Seznam znaků () a okna Seznam taxonů (). Recipročně je v okně Seznam znaků tlačítko () pro zobrazení Editoru matice znaků.

Vrátit zpět

Editor matice znaků v systému Mesquite má určitou možnost vrátit zpět poslední provedenou změnu v závislosti na tom, o jakou změnu se jednalo. Požadavek na vrácení zpět můžete zadat v nabídce Úpravy. V současné době nelze vrátit zpět vymazání znaku, ani vymazání taxonu. Pracujeme na rozšíření rozsahu toho, co lze vrátit zpět. (Pokud se vás nemožnost vzít zpět týká, možná budete chtít zapnout automatické zálohování NEXUSu v podnabídce Výchozí nastavení v nabídce Soubor a často ukládat.)

Přidávání, mazání, přejmenovávání, slučování a třídění taxonů a znaků

Existuje několik metod pro přidávání taxonů nebo znaků do existující matice. Chcete-li přidat taxony, zvolte buď (Matice znaků) Matice>Přidat taxony… nebo (Taxony) Seznam>Přidat taxony… pro přidání taxonů na konec matice, nebo použijte nástroj Přidat taxon () v matici znaků pro přidání taxonu v místě matice, kterého se dotýká. Chcete-li přidat znaky, zvolte (Matice znaků) Matice>Přidat znaky… pro přidání znaků na konec matice nebo použijte nástroj Přidat znaky () v matici znaků pro přidání znaků v místě v matici, které je dotčeno.

Chcete-li odstranit existující taxony, vyberte taxony v okně Seznam taxonů (dotykem na číslo taxonu zcela vlevo) a zvolte (Taxony) Seznam>Odstranit vybrané taxony, nebo vyberte celý řádek taxonu, který chcete odstranit (dotykem na číslo taxonu zcela vlevo) v matici znaků a zvolte (Matice znaků) Matice>Odstranit vybrané.

Chcete-li odstranit existující znaky, vyberte znaky v okně Seznam znaků (dotykem na číslo znaku zcela vlevo) a zvolte (Znaky) Seznam>Odstranit vybrané znaky, nebo vyberte celý řádek pro znaky, které chcete odstranit (dotykem na číslo znaku zcela vlevo) v Matici znaků a zvolte (Matice znaků) Matice>Odstranit vybrané.

Chcete-li přejmenovat taxony nebo znaky, zvolte v okně Seznam taxonů, Seznam znaků nebo Matice znaků nástroj I-nosník (), vyberte název, který chcete upravit, a zadejte nový název.

Taxony lze sloučit pomocí funkce Sloučit taxony v podnabídce Nástroje pro taxony v nabídce Matrice. Tím se také sloučí jejich znakové stavy v libovolných maticích. Pokud mají oba taxony stejné stavy, použije se tento stav pro sloučený taxon. Pokud jeden z obou taxonů má chybějící údaje nebo mezeru (nepoužitelné), ale druhý má stav, použije se stav druhého taxonu (např. ? + A = A). Pokud má jeden z nich mezeru a druhý chybějící údaje, výsledkem jsou chybějící údaje. Pokud mají oba taxony rozdílné stavy, které jsou jednoduché nebo polymorfní, je výsledkem polymorfismus(např. A + G = A&G). Pokud mají dva taxony rozdílné stavy a alespoň jeden z nich je nejednoznačný, je výsledkem nejistota, pokud není nejednoznačnost zcela obsažena v polymorfismu druhého taxonu (např. A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

Chcete-li změnit pořadí znaků, můžete vybrat a přetáhnout celé znaky v okně Seznam znaků nebo v Editoru matice znaků. Můžete také použít nástroj pro řazení () pro automatické řazení znaků v abecedním nebo číselném pořadí sloupce nebo řádku, na který v těchto oknech sáhnete.

Zadávání údajů o znacích

Údaje o znacích můžete zadávat buď po jedné buňce, nebo pomocí nástrojů, které umožňují zadání více buněk najednou. Dostupné nástroje jsou uvedeny v následující tabulce:

	Nástroj	Akce
	I-paprsek	Vybere jednotlivou buňku a umožní upravovat obsah buňky jako jakýkoli standardní text.
	Vyber a napiš	Je-li tento nástroj aktivní, zadání klávesy způsobí, že se tato jediná hodnota zapíše do všech vybraných buněk. Tímto nástrojem lze vybírat buňky; podržením klávesy Shift nebo Command lze vybrat více buněk.
	Kyblík s barvou	Tento nástroj rychle vyplní blok buněk určitým stavem. Stav („barvu“) lze zvolit dotykem kapátka na buňku příslušného stavu nebo výběrem možnosti Nastavit stavy výplně z rozbalovací nabídky nástroje Kyblík s barvou.
	Kápátko na oči	Tento nástroj po dotyku na buňku v matici nastaví „barvu“ Kyblíku barvy na stavy v této buňce.

Výběr taxonů, znaků a buněk matice

Mesquite má několik nástrojů pro výběr taxonů, znaků nebo datových buněk, které jsou popsány v následující tabulce.

	Nástroj	Akce
	Šipka	Výběr jednotlivých nebo více buněk. Chcete-li k existujícímu výběru přidat nebo odebrat buňky, přidržte při dotyku na buňku klávesu Command (nebo Apple). Chcete-li rozšířit výběr tak, aby zahrnoval celý blok buněk, podržte při dotyku na buňce stisknutou klávesu Shift.
	Hůlka	Ve výchozím nastavení vybere všechny buňky, které mají stejný stav ocenění jako buňka, které se dotknete. To znamená, že pokud se dotknete buňky se stavem „1“, budou vybrány všechny buňky v celé matici se stavem „1“. Pomocí rozevírací nabídky jej však můžete požádat, aby vybral všechny buňky s hodnotou větší než ta, které se dotkl, nebo menší než. Ve výchozím nastavení tento nástroj vybírá buňky v celé matici. Pomocí rozevírací nabídky můžete požádat o omezení výběru na jeden taxon nebo jeden znak. Podržením klávesy Shift přidáte novou buňku ke stávajícímu výběru. Podržením klávesy Command (nebo Apple) přidáte nové buňky ke stávajícímu výběru, pokud se dotknete buňky, která není vybrána, a odstraníte buňky ze stávajícího výběru, pokud je buňka již vybrána.
	Taxonová hůlka	Ve výchozím nastavení vybere všechny taxony, které mají v rámci znaku, jehož se dotknete, stejný stav jako v buňce, které se dotknete. Pomocí rozbalovací nabídky jej však můžete požádat, aby vybral všechny taxony s hodnotou větší než dotýkaný nebo menší než. Podržením klávesy Shift přidáte nové taxony ke stávajícímu výběru. Podržením klávesy Command (nebo Apple) přidáte nový taxon ke stávajícímu výběru, pokud se dotknete taxonu, který není vybrán, a odstraníte taxon ze stávajícího výběru, pokud je taxon již vybrán.
	Znaková hůlka	Ve výchozím nastavení vybere všechny znaky, které mají v rámci dotýkaného znaku stejný stav jako v dotýkané buňce. Pomocí rozevírací nabídky jej však můžete požádat, aby vybral všechny znaky s hodnotou větší než dotýkaná, nebo menší než. Podržením klávesy Shift přidáte nové znaky ke stávajícímu výběru. Podržením klávesy Command (nebo Apple) přidáte nové znaky ke stávajícímu výběru, pokud se dotknete znaku, který není vybrán, a odstraníte znaky ze stávajícího výběru, pokud je znak již vybrán.

Taxy, znaky a buňky lze vybírat také pomocí položek v nabídce Výběr v Editoru matice znaků. Ty umožňují vybírat proměnné znaky, vybírat úseky sekvence odpovídající aktuálně vybranému úseku, obracet aktuální výběr a provádět další změny výběru.

Prohledávání matice

Obsah matice lze prohledávat dvěma způsoby. Zaprvé lze oblast pro vyhledávání v horní části okna nastavit na vyhledávání dat (nastaví se kliknutím na malou ikonu, dokud se nezobrazí jako ). Poté můžete zadat hledaný řetězec a stisknout klávesu Return.

Druhou možností je prohledávání matice pomocí příkazů Najít v nabídce Úpravy a Výběr podle hledání v nabídce Výběr. V nabídce Úpravy vybere příkaz Najít řetězec… první buňku instance v matici, která obsahuje zadaný textový řetězec. Vyhledává první názvy taxonů, názvy znaků, stavy znaků v matici. Další instance můžete vyhledat pomocí příkazu Najít znovu. Najít vše vybere všechny buňky obsahující daný řetězec. Funkce Najít poznámku pod čarou funguje stejně jako funkce Najít řetězec s tím rozdílem, že zvýrazní buňky, které obsahují poznámky pod čarou se zadaným textem. (Chcete-li najít text v rámci složitějších poznámek, musíte vyvolat okno poznámek pomocí nástroje Anotace (tužka) v editoru matic znaků a poté v nabídce Poznámky zvolit příkaz Najít poznámku)

Kopírování/vkládání

Můžete kopírovat názvy taxonů a znaků z jedné oblasti matice do druhé a z jedné matice do druhé. Můžete také zkopírovat jednu nebo více buněk v matici do schránky a vložit je do jiné oblasti matice nebo do jiné matice. Mesquite umožňuje pracovat s nespojitými výběry, pokud je počet buněk vybraných v prvním taxonu, který je vybrán při kopírování, stejný jako počet buněk vybraných v prvním taxonu, který je vybrán při vkládání, a stejný pro následující taxony. To znamená, že pokud vyberete dvě buňky v taxonu 3, jednu buňku v taxonu 5 a čtyři buňky v taxonu 7 a zkopírujete je do schránky, pak při vkládání musíte vybrat dvě buňky v prvním taxonu, do kterého chcete vložit, jednu v dalším a čtyři v posledním.

Mesquite vám nedovolí vložit blok buněk do matice, když máte v matici vybraný blok jiného tvaru. Pokud se však o to pokusíte, Mesquite nabídne změnu výběru tak, aby pokrýval stejný počet buněk jako ve výběru. Poté se můžete znovu pokusit o vložení.

Úprava názvů znaků a stavů

Jména znaků lze přiřadit buď úpravou záhlaví sloupců v Editoru matic znaků, nebo úpravou názvů znaků přímo v okně Seznam znaků.

Editor názvů stavů, dostupný volbou (Matice znaků) Matice>Upravit názvy stavů, umožňuje pojmenovat stavy kategoriálních znaků. Nebude k dispozici, pokud je vaše matice zadána jako nukleotidová nebo proteinová data. Orientaci (stavy podle znaků nebo znaky podle stavů) Editoru názvů stavů můžete změnit dotykem dvojité šipky v levém horním rohu okna. Poznámky pod čarou lze připojit k jednotlivým stavům tak, že vyberete stav a napíšete poznámku pod čarou do anotační oblasti v dolní části okna.

Anotace

Matrici znaků můžete anotovat připojením jednoduchých poznámek pod čarou, složitějších anotací nebo barev k taxonům, znakům nebo buňkám matice. Jednoduché poznámky pod čarou lze připojit tak, že vyberete buňku nástrojem šipka nebo I-nosník, poté přejdete do bílé anotační oblasti ve spodní části okna a zadáte poznámku pod čarou. Složitější poznámky a barvy lze připojit pomocí panelu poznámek, který je dostupný výběrem možnosti Zobrazit panel poznámek v nabídce Matrice. V současné době jsou systémy poznámek pod čarou a anotací v Mesquitu oddělené – poznámky pod čarou se zobrazují v anotační oblasti ve spodní části mnoha oken; propracované anotace se zobrazují v panelu vloženém do Editoru matic znaků. Příklad datového souboru s anotacemi je na adrese Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Panel anotací se zobrazuje v pravé části okna, a to následovně:

Výše uvedený panel anotací zobrazuje anotace (pokud existují) spojené s daným taxonem, znakem nebo buňkou v matici (podle toho, co bylo vybráno nástrojem anotace (tužka)). Poznámky lze přidávat nebo odstraňovat pomocí tlačítek (+) nebo koše vlevo nahoře. Ke každé poznámce lze přidat jeden obrázek a k obrázkům lze přidávat popisky pomocí kurzoru I-beam. Chcete-li ovládat vzhled těchto štítků, klikněte na štítek pravým tlačítkem myši nebo ovládacím tlačítkem myši, čímž se zobrazí rozbalovací nabídka upravující písmo, barvu a další vlastnosti štítku. Ukazatel štítku lze přemístit pomocí nástroje Upravit ukazatel. Další funkce anotací jsou přístupné pomocí podnabídky Anotace v nabídce Matrice. Anotace obsahující text můžete vyhledat pomocí položky Najít anotaci v podnabídce Anotace.

Obarvení buněk matice

Buňky nebo jejich text lze obarvit. Výchozí barva pozadí buněk se volí v podnabídce (Matice znaků) Matice>Barva pozadí. Barvy pro odlišení různých buněk lze zadat pomocí položek v podnabídkách (Matice znaků) Matice>Barva buněk a (Matice znaků) Matice>Barva textu. Tyto podnabídky určují barvu, která se má použít pro pozadí buňky nebo pro text v buňce podle následujících kritérií:

• Hodnota znaku – buňka je obarvena podle hodnoty pro celý znak, jako jsou například kroky parsování znaků.
• Hodnota buňky – buňka je obarvena podle hodnoty pro danou buňku. Například u sekvenčních dat DNA mohou být buňky obarveny modře, pokud je místo G nebo C, bíle, pokud je A nebo T. Výběrem možnosti (Matice znaků) Matice>Pohyblivé okno (pro barvy)… můžete nastavit velikost pohyblivého okna, přes které se obsah GC průměruje. Pro vlastnosti aminokyselin jsou k dispozici další hodnoty buněk (např, hydrofobnost)
• Vyloučeno – Buňka je zbarvena šedě, pokud je její znak vyloučen.
• Přítomná poznámka pod čarou – Buňka je zbarvena zeleně, pokud má poznámku pod čarou.
• Stav znaku – Buňka je zbarvena podle stavu znaku (např. různé barvy pro A, C, G, T)
• Připojená poznámka – Buňka je zbarvena zeleně, pokud je k ní připojena poznámka (ne poznámky pod čarou, ale úplné komplexní poznámky).
• Přiřazené barvy – Buňka je zobrazena barvou, jakou jí přiřadil nástroj štětec (). Chcete-li buňce přiřadit barvu, klikněte na buňku pomocí nástroje štětec. Dotykem a podržením tlačítka v paletě nástrojů získáte nabídku pro výběr použité barvy, odstranění barev nebo obarvení všech vybraných buněk.

Když jsou buňky obarveny, můžete si vyžádat legendu k barvám výběrem možnosti Zobrazit legendu barev v nabídce Matrix nebo dotykem malého tlačítka() v levém dolním rohu editoru Matrix (pod názvy taxonů). Pokud dvakrát kliknete na barvu v matici, editor se přesune na buňku s touto barvou.

Změny a transformace

V nabídce Alter/Transform v menu Matrix jsou k dispozici následující možnosti úprav buněk nebo znaků matice:

• Vyplnění vybraných buněk zadaným stavem: (Matice znaků) Matice>Změnit/Transformovat>Naplnit
• Naplnění vybraných buněk náhodnými stavy se stejnou četností pro všechny stavy: Zvolte (Matice znaků) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
• Náhodné přehazování stavů v rámci znaku mezi vybranými taxony: Zvolte (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Přeházet stavy mezi taxony
• Pro data nukleotidových sekvencí převeďte položky v každé buňce na jejich doplněk: (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Komplement nukleotidů
• Převod vybrané molekulární sekvence: Zvolte (Matice znaků) Matrix>Alter/Transform>Reverzní sekvence
• Odstranění znaků tvořených pouze mezerami: Odstranění znaků tvořených pouze mezerami
• Odstranění invariantních znaků: Zvolte (Matrix znaků) Matrix>Alter/Transform>Odstranění znaků tvořených pouze mezerami: (Matrix znaků) Matrix>Alter/Transform>Odstranit invariantní znaky

Změna atributů znaků

Znak může mít kromě stavů přiřazených v jednotlivých terminálních taxonech také další atributy. Znak je například označen jako zařazený nebo vyloučený a jsou mu přiřazeny předpoklady, jako je váha a model parsimonie evoluce. Tyto atributy se používají při různých výpočtech. Lze je přiřadit v oknech Seznam znaků, která jsou k dispozici v nabídce Znaky.

V okně Seznam znaků se sloupce vztahují k zařazení, parsimoniálnímu modelu a pravděpodobnostnímu modelu (pro výpočty pravděpodobnosti). Další sloupce lze požadovat pro členství ve skupině, váhu a (pro data DNA) pozici kodonu. O zobrazení sloupce můžete požádat pomocí nabídky Sloupce. U každého z těchto sloupců lze přiřazený atribut změnit tak, že nejprve vyberete znaky, které mají být změněny (pokud mají být změněny pouze některé znaky), nebo vyberete sloupec atributu (pokud mají být změněny všechny znaky). Poté se dotykem na název sloupce (kde by se měl objevit obrácený černý trojúhelník) zobrazí rozbalovací nabídka, která umožňuje provést příslušnou specifikaci.

Pro každý z atributů, kromě příslušnosti ke skupině, jsou spodní tři položky nabídky určeny k uložení do souboru aktuální specifikace jako pojmenované specifikační sady (podobně jako uložení sazby nebo váhové sady v MacClade), k nahrazení existující specifikační sady aktuální nebo k načtení uložené specifikační sady, aby se stala aktuální.

Následují možnosti specifické pro jednotlivé sloupce:

• Zahrnutí – Zahrnout, Vyloučit a Obrátit umožňují změnit zahrnutí znaků. Funkce Reverse mění vyloučené znaky na zahrnuté a naopak. Vyloučené znaky se neúčastní výpočtu délky stromu a mnoha dalších výpočtů. Vyloučení není ve výpočtech respektováno univerzálně, neboť některé výpočty používají i znaky, které jsou vyloučeny.
• Model parsimonie – Podnabídka Model umožňuje vybrat model parsimonie, který se přiřadí znakům a použije se při výpočtech parsimonie.
• Model pravděpodobnosti – Podnabídka Model umožňuje vybrat model pravděpodobnosti, který se přiřadí znakům, pro použití ve výpočtech pravděpodobnosti a simulacích.
• Členství ve skupině – Na obrázku výše je v posledním sloupci uvedeno Členství ve skupině. Chcete-li znaky přiřadit ke skupinám, musíte nejprve vytvořit skupiny pomocí funkce Nová skupina. Můžete například vytvořit skupinu Dospělé znaky a další skupinu Larvální znaky. Poté můžete znak do skupiny přiřadit pomocí podnabídky Nastavit skupinu. Můžete také upravit barvu skupiny a skupinu přejmenovat. Barva skupiny je užitečná pro odlišení znaků různých skupin, například v grafech nebo v editoru Matice znaků.
• Váha – Pomocí položky nabídky Nastavit váhu můžete nastavit váhu přiřazenou znaku. Ta se v současné době používá při výpočtech délky stromu.
• Pozice kodonu – Tento sloupec je k dispozici pro data DNA. Rozbalovací nabídka umožňuje přiřadit pozice.

Zobrazení informací o znacích v grafech

Informační statistiky a hodnoty pro znaky lze zobrazit nebo zobrazit v grafech v různých oknech. V nabídce Analýza lze vyžádat sloupcový & čárový graf, který zobrazí rozložení hodnoty pro řadu znaků. Například lze zobrazit graf počtu kroků parsimonie u znaků v aktuálním stromu. Rozptylový graf dostupný v nabídce Analýza vykresluje znaky ve dvourozměrném prostoru, přičemž osa X představuje jednu konkrétní hodnotu (např. pravděpodobnost znaku pod jedním stromem), osa Y jinou hodnotu (např. pravděpodobnost znaku pod jiným stromem). Hodnoty znaků lze také zobrazit v okně Seznam znaků, kde lze přidat sloupce (v nabídce Seznam) a zobrazit vybrané statistiky pro jednotlivé znaky.

Výpis všech matic znaků

Položka nabídky Seznam matic znaků v okně Znaky vyvolá seznam matic znaků. Zde můžete zobrazit statistiky a změnit názvy matic znaků.

Znakové matice lze označit jako „skryté“, což znamená, že nebudou zahrnuty ve většině nabídek a dialogových oken, v nichž lze vybírat matice, a nebudou se zobrazovat v panelu projektu v levé části okna. Viditelnost nastavíte v části Seznam matic znaků, sloupec>Viditelnost matice. Jakmile se sloupec zobrazí, vyberte řádky matic, jejichž viditelnost chcete změnit, a z rozevírací nabídky v horní části sloupce vyberte možnost Přepnout viditelnost.