Kódující sekvence proteinů

< Zpět do katalogu

Kódující sekvence proteinů jsou sekvence DNA, které se přepisují do mRNA a v nichž se příslušné molekuly mRNA překládají do polypeptidového řetězce. Každé tři nukleotidy, označované jako kodon, v kódující sekvenci proteinu kódují 1 aminokyselinu v polypeptidovém řetězci. V některých případech mohou různé podvozky mapovat daný kodon na jinou sekvenci nebo mohou používat různé kodony častěji či méně často. Proto mohou být některé sekvence kódující proteiny optimalizovány pro použití v určitém podvozku.

V registru začínají sekvence kódující proteiny počátečním kodonem (obvykle ATG) a končí stop kodonem (obvykle dvojitým stop kodonem TAA TAA). Kódující sekvence proteinů se často zkracují zkratkou CDS.

Ačkoli jsou kódující sekvence proteinů často považovány za základní části, ve skutečnosti mohou být kódující sekvence proteinů samy o sobě složeny z jedné nebo více oblastí, které se nazývají proteinové domény. Kódující sekvence bílkovin tedy může být zapsána buď jako základní část, nebo jako složená část dvou nebo více bílkovinných domén.

1. N-terminální doména kódující sekvence bílkovin je zvláštní v několika ohledech. Zaprvé vždy obsahuje startovací kodon, vzdálený ve vhodné vzdálenosti od ribozomálního vazebného místa. Za druhé, mnoho kódujících oblastí má na N-konci zvláštní vlastnosti, jako jsou značky pro export proteinů a značky pro štěpení a připojení lipoproteinů. Ty se vyskytují na začátku kódující oblasti, a proto se označují jako Headovy domény.
2. Bílkovinná doména je sekvence aminokyselin, které se skládají relativně nezávisle a které jsou evolučně promíchány jako jednotka mezi různými kódujícími oblastmi bílkovin. Sekvence DNA takových domén musí zachovávat in-frame translaci, a proto je násobkem tří bází. Protože se tyto proteinové domény nacházejí uvnitř kódující sekvence proteinu, nazývají se vnitřní domény. Některé Vnitřní domény mají zvláštní funkce při štěpení nebo sestřihu bílkovin a označují se jako Zvláštní vnitřní domény.
3. Podobně je zvláštní C-koncová doména bílkoviny, která obsahuje alespoň stop kodon. Na krajním C-konci se musí nacházet i další speciální vlastnosti, například degradační značky. Tyto domény opět nemohou fungovat, pokud jsou uvnitř kódující oblasti, a označují se jako Tail domény.

Další podrobnosti o proteinových doménách včetně způsobu sestavování proteinových domén do kódujících sekvencí proteinů naleznete v části Proteinové domény.

Kódovací sekvence proteinů by měly být následující

GAATTC GCGGCCGC T TCTAG T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG

	Design: Máte zájem navrhnout novou kódující sekvenci proteinu? Zde je několik pokynů, které vám pomohou navrhnout nové kódující sekvence proteinů.
	Help:

Běžně používané sekvence kódující proteiny

	Reportéry: Reportéry jsou proteiny, které lze použít k měření genové exprese nebo jiné vnitrobuněčné události. Reportéry obvykle produkují měřitelný signál, jako je fluorescence, barva nebo luminiscence.
	Transkripční regulátory: Zde jsou uvedeny proteiny podílející se na aktivaci nebo represi transkripce.
	Selekční markery: Proteiny podílející se na udělování selekční výhody nebo nevýhody buňkám, včetně markerů rezistence vůči antibiotikům. Tyto sekvence kódující proteiny jsou užitečné pro selekci buněk s určitým znakem, například obsahujícím plazmid.

Enzymy

	Biosyntéza:
	Modifikace DNA: Enzymy používané při štěpení, excizi, integraci, ligaci, remodelaci chromatinu a replikaci DNA.
	Proteázy: Proteázy štěpí nebo degradují jiné proteiny. Některé proteázy mohou štěpit i samy sebe.
	Enzymy posttranslační modifikace: Některé enzymy posttranslačně modifikují jiné proteiny například přidáním nebo odstraněním fofanové nebo metylové skupiny.

Jiné sekvence kódující proteiny

	Membránové proteiny: Zde jsou uvedeny peptidy s povrchovým zobrazením, transportéry, kanály a pumpy.
	Receptory a ligandy: Receptory a ligandy nespojené s buněčnou membránou.
	Lýza proteinů: Proteiny podílející se na usmrcování buněk prostřednictvím narušení membrány.

.