Katolická církev zuřivě reagovala na Salviniho politizaci náboženských symbolů. Kardinál Pietro Parolin, státní sekretář, ho pokáral s tím, že „je vždy nebezpečné dovolávat se Boha pro své vlastní já“. Avvenire, noviny italské biskupské konference, označily pana Salviniho za „nositele vlastního katolicismu, velmi vzdáleného učení papeže a církve“.

Jeden ze zdrojů napětí mezi panem Salvinim a církví spočívá v ministrově agresivní protiimigrační rétorice a politice. V loňském roce pan Salvini nařídil italským přístavům, aby blokovaly kotvení záchranných lodí s migranty; úspěšně také prosadil návrh zákona, který zavedl nová omezení pro žadatele o azyl v Itálii a dal jeho úřadu prakticky nekontrolované pravomoci zakázat vplutí jakékoli lodi do italských vod. Tyto snahy ho dostaly do přímého rozporu s papežem Františkem, který z přijímání migrantů učinil ústřední téma svého pontifikátu.

Ale pokud miliony katolíků volí pana Salviniho – podle průzkumů volilo Ligu 33 procent praktikujících katolíků, což z ní činí vedoucí stranu mezi církevními věřícími – může to být také proto, že vyplňuje vakuum v italské politice, které vzniklo po ústupu samotné církve za Františka z politických debat.

Dychtivost Františkovy církve kárat politiky, kteří se odvolávají na křesťanství, představuje ostrý rozchod s politikou Jana Pavla II. a Benedikta XVI, kteří se snažili udržet názory církve relevantní ve společnostech, včetně Itálie, které se stávají stále sekulárnějšími. Za těchto papežů mluvčí církve kritizovali občanské svazky a manželství osob stejného pohlaví v Itálii i v zahraničí a vedli kampaň proti postupům, jako je oplodnění in vitro.

Papež František však přijal nový model. V projevu k italské církvi v roce 2015 vyzval k ukončení činnosti tzv. biskupů-pilotů, duchovních pastýřů, kteří se snaží řídit politická rozhodnutí svých oveček. František nabádal církevní představitele, aby své působení omezili na pastorační rozměr. Toto poselství bylo v souladu s jeho myšlenkou, že biskupové by měli být „pastýři žijícími s pachem ovcí“, kteří se starají o chudé a marginalizované, místo aby byli posedlí sociálními otázkami. (Někteří kritici však tvrdili, že církev za Františka ani tak neustoupila od politiky, jako spíše přijala jiný druh politiky – že navzdory protestům Františkova církev neodvolala biskupy-piloty, ale spíše jim nařídila, aby nenápadně pilotovali katolický lid jiným, progresivnějším směrem)

.