Suharto se ujal vlády a přinesl určitou míru stability

Suharto převzal otěže vlády a postupně uvolnil Sukarna z úřadu, čímž v roce 1967 dokončil upevnění své moci. Za Suharta převzala armáda zastřešující roli v národních záležitostech a došlo k posílení vztahů se Západem. Indonéské hospodářství se výrazně zlepšilo a byly povoleny celostátní volby, i když opozice byla tak přísně kontrolována, že prakticky zadusila disent.

Indonésie anektuje Východní Timor

V roce 1975 Indonésie obsadila bývalou portugalskou polovinu ostrova Timor; území se zmocnila v roce 1976. Okamžitě se rozvinulo separatistické hnutí. Na rozdíl od zbytku Indonésie, která byla nizozemskou kolonií, byl Východní Timor 400 let spravován Portugalci, a zatímco 90 % Indonésanů jsou muslimové, Východotimorci jsou především katolíci. Uvádí se, že od anexe zemřelo více než 200 000 Timorčanů na následky hladomoru, nemocí a bojů. V roce 1996 obdrželi dva východotimorští odbojáři, biskup Carlos Filipe Ximenes Belo a Jos Ramos-Horta, Nobelovu cenu míru.

V létě 1997 utrpěla Indonésie spolu s většinou ostatních asijských ekonomik velký hospodářský propad. Banky zkrachovaly a hodnota indonéské měny rupie prudce klesla. Vypukly protivládní demonstrace a nepokoje namířené především proti prosperujícímu čínskému etniku v zemi. S prohlubující se hospodářskou krizí obsadili studentští demonstranti národní parlament a požadovali Suhartovo svržení. Dne 21. května 1998 Suharto odstoupil, čímž ukončil 32 let své vlády, a předal moc viceprezidentovi B. J. Habibiemu.

7. června 1999 se v Indonésii konaly první svobodné parlamentní volby od roku 1955. Vládnoucí strana Golkar ustoupila Indonéské demokratické straně – Boj (PDI-P), kterou vedla Megawati Sukarnoputri, dcera Sukarna, prvního indonéského prezidenta.

Východní Timor získal nezávislost

Etnické, náboženské a politické napětí, které bylo během Suhartovy 32leté autoritářské vlády drženo na uzdě, propuklo v měsících po jeho pádu. Nepokoje a násilí otřásly provinciemi Aceh, Ambon (na Molukách), Borneo a Irian Jaya. Nikde však nebylo násilí tak brutální a nespravedlivé jako ve Východním Timoru. Habibie nečekaně ukončil 25 let indonéské neústupnosti, když v únoru 1999 oznámil, že je ochoten uspořádat referendum o nezávislosti Východního Timoru. Referendum organizované OSN bylo dvakrát přeloženo kvůli násilnostem a nakonec se uskutečnilo 30. srpna 1999, kdy se 78,5 % obyvatel vyslovilo pro odtržení od Indonésie. Ve dnech následujících po volbách proindonéské milice a indonéští vojáci zmasakrovali civilisty a donutili třetinu obyvatel opustit region. Po obrovském mezinárodním tlaku vláda, která nebyla ochotna nebo schopna zastavit násilné řádění, nakonec 12. září 1999 souhlasila s tím, že do Východního Timoru vpustí jednotky OSN. Východní Timor získal nezávislost 20. května 2002.

Nepokoje sužují Wahidovo působení ve funkci prezidenta

20. října 1999 indonéský parlament překvapivě zvolil novým prezidentem Indonésie Abdurrahmana Wahida, který porazil Megawati Sukarnoputriovou, populární vůdkyni Indonéské demokratické strany – Boj. Wahid byl súfijský duchovní a zároveň zkušený politik s pověstí čestného a umírněného politika.

V roce 2000 Indonésii nadále sužovaly výtržnosti, bombové útoky a rostoucí nepokoje. Dne 4. června 2000 vyhlásili separatisté Irian Jaya (nazývanou také Západní Papua) nezávislým státem. Wahid se ostře postavil proti nezávislosti provincie, v níž se nacházejí značné doly na měď a zlato. Na rozdíl od Východního Timoru má nezávislá Irian Jaya jen malou mezinárodní podporu.

Na podzim roku 2000 se Suharto dvakrát nedostavil k soudu, aby čelil obvinění z korupce a zpronevěry 570 milionů dolarů ze státních fondů, ale jeho právníci trvali na tom, že je příliš nemocný na to, aby stanul před soudem. V červenci 2007 podali prokurátoři na Suharta občanskoprávní žalobu, v níž požadovali 440 milionů dolarů, které zpronevěřil, a 1,1 miliardy dolarů jako náhradu škody.

Na podzim 2000 a v zimě 2001 byl prezident Wahid stále více kritizován za korupci a neschopnost. Bylo mu vyčítáno, že nezastavil etnické střety a zabíjení v Acehu, Irian Jaya, na Moluckých ostrovech a zejména na Borneu, kde se obyvatelé kmene Dayak obrátili proti přistěhovalcům z kmene Madurese a povraždili stovky lidí. Wahid byl v červenci 2001 donucen odejít od moci a do čela státu se postavila viceprezidentka Megawati Sukarnoputriová.

Teroristé zaútočili na noční klub na Bali

Při teroristickém útoku 12. října 2002 v nočním klubu na Bali zahynulo více než 200 lidí, převážně turistů. V roce 2003 byli Amrozi bin Nurhasyim a Imam Samudra, členové Jemaah Islamiyah, islámské teroristické skupiny napojené na al-Káidu, odsouzeni za svou roli v bombovém útoku k trestu smrti. Radikální muslimský duchovní Abu Bakar Bashir, považovaný za šéfa Jemaah Islamiyah, však byl odsouzen pouze k mírnému tříletému trestu na základě mírnějších obvinění, což vyvolalo v mezinárodním společenství pochybnosti o odhodlání Indonésie bojovat proti terorismu. Úřady Bašíra zatkly v dubnu 2004?ve stejný den, kdy měl být propuštěn z vězení?tvrdily, že mají nové důkazy, které dokazují, že je skutečně vůdcem Jemaah Islamiyah a že schválil bombový útok na Bali. V březnu 2005 byl shledán nevinným z obvinění z terorismu v souvislosti s bombovými útoky na jakartský hotel Marriott v roce 2003 a na noční klub na Bali. Byl však odsouzen za méně závažné obvinění?zločinné spiknutí. Toto obvinění bylo v prosinci 2006 zrušeno.

V květnu 2003 vyhlásila prezidentka Megawati v Acehu vojenskou vládu a zahájila ofenzívu, jejímž cílem bylo zničit Hnutí za svobodný Aceh. Invaze znamenala konec příměří, které bylo podepsáno v prosinci 2002 mezi indonéskou vládou a acehskými separatisty. Vláda a separatisté podepsali v srpnu 2005 mírovou smlouvu, která ukončila 30 let trvající válku, jež si vyžádala životy 15 000 lidí. Acehané souhlasili, že se vzdají svých požadavků na nezávislost výměnou za právo zakládat politické strany. Separatisté v prosinci rozpustili svou armádu, čímž definitivně ukončili své povstání.

Strana PDI-P Megawatiho ve volbách v dubnu 2004 neuspěla a skončila druhá za stranou Golkar bývalého prezidenta Suharta. V červenci se v prvních přímých prezidentských volbách v zemi umístil na prvním místě generál ve výslužbě Susilo Bambang Yudhoyono, který však nezískal dostatek hlasů k přímému vítězství. V zářijovém druhém kole voleb však Megawatiho jasně porazil.

Přírodní katastrofy pustoší Indonésii

Dne 26. prosince 2004 způsobilo zemětřesení o síle 9,0 stupně Richterovy škály, jehož epicentrum se nacházelo u západního pobřeží indonéského ostrova Sumatra, v Indickém oceánu ohromně silné tsunami, které zpustošilo 12 asijských zemí. Při katastrofě zahynulo nejméně 225 000 lidí a miliony zůstaly bez domova. Nejvíce byla zasažena Indonésie, kde si tsunami vyžádala více než 150 000 obětí. K mnoha obětem došlo ve válkou zmítané provincii Aceh.

26. května 2006 zahynulo při zemětřesení o síle 6,3 stupně na Jávě více než 6 200 lidí. Asi 130 000 lidí zůstalo bez domova. Jen o dva měsíce později, 17. července, zasáhlo Jávu zemětřesení a tsunami, při nichž zahynulo více než 500 lidí. Bylo to čtvrté velké zemětřesení, které zemi postihlo během 19 měsíců.

Suharto zemřel 27. ledna 2008 poté, co většinu měsíce strávil v nemocnici kvůli onemocnění srdce, plic a ledvin. V době jeho smrti stále probíhala občanskoprávní žaloba, která byla podána v roce 2007 a požadovala 440 milionů dolarů, které zpronevěřil, a 1,1 miliardy dolarů jako náhradu škody. Nikdy nebyl obviněn z trestného činu zpronevěry ani ze smrti přibližně 500 000 lidí, kteří zemřeli při čistce podezřelých komunistů na konci 60. let. Organizace spojených národů označila Suharta za nejzkorumpovanějšího současného vůdce.

Amrozi bin Nurhasyim, Imam Samudra a Mukhlas, známý také jako Ali Ghufron, byli v listopadu 2008 popraveni zastřelením za svou roli při bombovém útoku v nočním klubu na Bali v roce 2002, při kterém zahynulo 202 lidí, většinou turistů.

V Indonésii se konaly parlamentní a prezidentské volby

V parlamentních volbách 9. dubna 2009 zvýšila Demokratická strana prezidenta Susila Bambanga Yudhoyona svůj celkový podíl hlasů oproti volbám konaným v roce 2004. Současně klesla podpora indonéských islámských stran z 38 % na přibližně 20 %. Výsledky byly na Západě přivítány jako znamení, že Indonésie se hlásí spíše k umírněné demokracii než k islámskému extremismu. V červencových prezidentských volbách Yudhoyono s přehledem zvítězil ve svém znovuzvolení.

V únoru a březnu 2010 provedla policie v provincii Aceh sérii razií v podezřelých výcvikových táborech Jemaah Islamiyah, islámské teroristické skupiny napojené na Al-Káidu. Bylo zatčeno patnáct osob podezřelých z terorismu. O několik týdnů později policie zastřelila Dulmatina, údajného strůjce bombových útoků na Bali v roce 2002.

Předběžné výsledky ukázaly, že v parlamentních volbách v dubnu 2014 se na prvním místě umístila opoziční Indonéská demokratická strana boje, která získala 19 % hlasů. Bylo to však zklamání, neboť strana doufala v zisk 25 až 30 %. Špatný výsledek donutí stranu vytvořit koalici, aby mohla nominovat svého kandidáta, starostu Jakarty Joko Widoda, na prezidenta. Strana nebo koalice musí získat 25 % hlasů voličů nebo 20 % křesel v parlamentu, aby mohla nominovat svého vybraného kandidáta.

22. července 2014 oznámila indonéská volební komise oficiální výsledky sčítání hlasů z předčasných červencových prezidentských voleb: Vítězem voleb se stal Joko Widodo neboli Jokowi, guvernér Jakarty, který získal více než 8 milionů hlasů. Poražený kandidát, bývalý generál Prabowo Subianto, volal po podvodech a hlasování napadl.

Tři pády letadel během osmi měsíců, při nichž zahynuly stovky lidí

Komerční letadlo AirAsia, let QZ8501, zmizelo koncem prosince 2014 v indonéském vzdušném prostoru se 162 lidmi na palubě. Nikdo nepřežil. Letadlo letělo z indonéské Surabaje do Singapuru, když se ztratilo nad Jávským mořem. Než letadlo ztratilo kontakt, jeden z pilotů kontaktoval řízení letového provozu a požádal o let ve větší výšce kvůli špatnému počasí. Havárie následovala po zmizení letadla společnosti Malaysia Airlinesb

.