Reproduktionen kan vara mycket varierande på grund av att det finns många olika organismer i detta fylum.Reproduktionen sker först mellan två motsatta kön. En hona lägger ägget och hanen befruktar det med spermier. Men vissa blötdjur är hermafroditer så de har både manligt och kvinnligt fortplantningssystem. Havssnäckor och ostron kan upprepade gånger byta kön för att skydda sitt barn.
Fruktning kan ske externt eller internt. Extern reproduktion förekommer mest mellan vattenlevande blötdjur. Han- och honmolluskerna kastar ut sina ägg eller spermier i vattnet och befruktningen och utvecklingen börjar. Inom 2-3 veckor kläcks ägget till en larv som kallas trocophore. Trokophorerna är sfäriska päronformade och omgivna av cilier. De använder cilierna för att svepa in flytande födopartiklar. Efter trokofore-stadiet utvecklas de till veliger-larver och ett velum bildas. Velumet används för simning, födointag och gasutbyte. I det här stadiet börjar de också utveckla en fot. Det är också i detta skede som de utvecklar sina vuxna drag och är kända som miniatyrvuxna.
Vissa andra blötdjur förökar sig internt, t.ex. landsnäckor. Befruktningen sker i honan när mannens spermier har lyckats befrukta ägget. För vissa arter gäller att när ägget är befruktat lägger honan ägget i vattnet. När ägget kläcks bildas en larv eller en vuxen miniatyr. Dessa larver genomgår samma stadier som de larver som utvecklas genom yttre fortplantning, trokofore och veliger. Hos andra blötdjur stannar de befruktade äggen inne i honan där de utvecklas fullt ut och sedan föds.