Proteinkodande sekvenser

< Tillbaka till katalogen

Proteinkodande sekvenser är DNA-sekvenser som transkriberas till mRNA och där motsvarande mRNA-molekyler översätts till en polypeptidkedja. Var tredje nukleotid, kallad kodon, i en proteinkodande sekvens kodar för 1 aminosyra i polypeptidkedjan. I vissa fall kan olika chassin antingen mappa en viss kodon till en annan sekvens eller använda olika kodoner mer eller mindre ofta. Därför kan vissa proteinkodande sekvenser vara optimerade för användning i ett visst chassi.

I registret börjar proteinkodande sekvenser med en startkodon (vanligen ATG) och slutar med en stoppkodon (vanligen med en dubbel stoppkodon TAA TAA). Proteinkodande sekvenser förkortas ofta med akronymen CDS.

Och även om proteinkodande sekvenser ofta betraktas som grundläggande delar kan i själva verket proteinkodande sekvenser själva bestå av en eller flera regioner, så kallade proteindomäner. En proteinkodningssekvens kan således antingen anges som en grundläggande del eller som en sammansatt del av två eller flera proteindomäner.

1. Den N-terminala domänen i en proteinkodande sekvens är speciell på flera sätt. För det första innehåller den alltid ett startkodon, placerat på lämpligt avstånd från en ribosomal bindningsställe. För det andra har många kodningsregioner särskilda egenskaper vid N-terminen, t.ex. proteinexporttaggar och lipoproteinklyvnings- och fästtaggar. Dessa förekommer i början av en kodningsregion och kallas därför Head-domäner.
2. En proteindomän är en sekvens av aminosyror som veckar sig relativt oberoende av varandra och som evolutionärt sett blandas som en enhet bland olika proteinkodningsregioner. DNA-sekvensen för sådana domäner måste upprätthålla inframe translation och är därför en multipel av tre baser. Eftersom dessa proteindomäner finns inom en proteinkodningssekvens kallas de interna domäner. Vissa interna domäner har särskilda funktioner vid proteinklyvning eller splicing och kallas särskilda interna domäner.
3. På samma sätt är den C-terminala domänen av ett protein speciell, eftersom den innehåller minst ett stoppkodon. Andra specialfunktioner, t.ex. nedbrytningsmärken, måste också finnas vid den yttersta C-terminalen. Återigen kan dessa domäner inte fungera när de är interna i en kodningsregion, och kallas svansdomäner.

För mer information om proteindomäner, inklusive hur man sätter ihop proteindomäner i proteinkodningssekvenser, se Proteindomäner.

Proteinkodningssekvenser bör se ut på följande sätt

GAATTC GCGGCCCCGC T TCTAG T ACTAGT A GCGGCCG CTGCAG

	Design: Är du intresserad av att designa en ny proteinkodningssekvens? Här finns några riktlinjer som hjälper dig att designa nya proteinkodande sekvenser.
	Hjälp: En ordlista, vanliga frågor och svar samt ytterligare information om translationsenheter, proteinkodningssekvenser och proteindomäner.

Gemensamt använda proteinkodningssekvenser

	Rapporter: Reporters är proteiner som kan användas för att mäta genuttryck eller andra intracellulära händelser. Reporters producerar i allmänhet en mätbar signal såsom fluorescens, färg eller luminescens.
	Transkriptionella regulatorer: Proteiner som är involverade i aktivering eller repression av transkription listas här.
	Selektionsmarkörer: Proteiner som bidrar till att ge celler en selektiv fördel eller nackdel, inklusive antibiotikaresistensmarkörer. Dessa proteinkodande sekvenser är användbara för att välja ut celler med en viss egenskap, t.ex. innehållande en plasmid.

Enzymer

	Biosyntes: Enzymer som deltar i produktion eller nedbrytning av kemikalier och metaboliter förtecknas här.
	DNA-modifiering: Enzymer som används vid DNA-klyvning, excision, integration, ligering, kromatinremodellering och replikation.
	Proteaser: Proteaser klyver eller bryter ner andra proteiner. Vissa proteaser kan till och med klyva sig själva.
	Enzymer för posttranslationell modifiering: Vissa enzymer modifierar andra proteiner posttranslationellt genom att till exempel lägga till eller ta bort en fosfat- eller metylgrupp.

Andra proteinkodningssekvenser

	Membranproteiner: Här listas ytvisande peptider, transportörer, kanaler och pumpar.
	Receptorer och ligander: Receptorer och ligander som inte är associerade med cellmembranet.
	Lysisproteiner: Proteiner som är involverade i att döda celler genom att störa membranen.