Nomenklatur för musstammar

En stor del av GEMM-stammarna (Genetically Engineered & Mutant Mice) är kongeniska stammar. Kongeniska stammar framställs genom att överföra en mutation från en genetisk bakgrund till en specifik inavelsstam genom upprepad backcrossing. Den kongena stammen och den inavlade partnern förväntas vara identiska på alla loci med undantag för det överförda locuset och ett länkat kromosomsegment. Storleken på segmentet och möjligheten till överförda alleler på andra kromosomer beror på antalet backcrossgenerationer.

En stam anses vara helt kongenisk efter tio generationers backcrossning (N10). Stammar som bär på mutationer och som har backcrossats på bakgrundsstammen i minst fem men färre än tio generationer anses dock vara begynnande kongena stammar och kan vara användbara inom en rad olika forskningsområden.

De flesta stamnamn för kongena möss som bär på spontana och riktade mutationer, liksom för några stammar som är kongena för histokompatibilitetsloci, har av historiska skäl inte följt den vanliga nomenklaturen för kongena stammar. Som svar på oron från forskarsamhället om ursprunget till genetiska mutationer och skillnader i fenotyp på grund av effekter av genetisk bakgrund har den internationella kommittén för standardiserad genetisk nomenklatur för möss och Jackson Laboratory åtagit sig att korrigera dessa inkonsekvenser.

Med verkan från och med den 1 juni 2000 ändrades ett stort antal stamnamn för JAX®-möss så att de anger mutationens ursprungsstam. Stammarna förtecknas med sina nya namn och de tidigare namnen anges i JAX® Mice Database. Exempel på dessa namnändringar finns nedan. Kongenisk nomenklatur antas när en stam har nått den femte generationen av backcrossing (N5), även om en stam inte anses vara helt kongenisk förrän vid N10. Beslutet fattades att inte ändra nomenklaturen för vissa stammar som bär på flera alleler som härrör från olika ursprung, antingen på grund av hur stammen genererades eller för att nomenklaturen skulle skapa ytterligare förvirring. Ytterligare information om ursprunget till transgener och genetiska mutationer kan hittas i JAX® Mice Database genom att göra en sökning med hjälp av den gensymbol eller det lagernummer som är av intresse.

Nomenklatur för kongena stammar

Kongena stammar betecknas med en sammansatt symbol som består av värdstammen (vanligen förkortad), en punkt, donatorstammen (också vanligen förkortad), ett bindestreck och den kursiverade symbolen för det eller de differentiella locus eller loci och allel(er) (t.ex, B10.129P-H12b). När donatorstammen antingen inte är en inavelsstam eller är komplex används symbolen ”Cg”, som betecknar kongenisk. Kongenisk nomenklatur tillämpas på såväl begynnande som fullständiga kongeniska stamtavlor. Generationsnumret ingår i stamuppgiften.

Den genetiska bakgrunden för många kongena är en blandning av C57BL/6J och en 129-substam (betecknad antingen B6;129, B6;129P eller B6;129S; se förklaringen nedan om ”Revised Nomenclature for Strain 129 Mice” (reviderad nomenklatur för mus av stam 129)). Bakgrunden till vissa kongeniska stammar är dock okänd, härrör från mer än två stammar eller har genetiska bidrag från en okänd eller främmande källa. Bakgrunden för sådana kongeniska stammar betecknas ofta som ”STOCK”. Tidigare beskrevs de flesta spontana och inducerade mutationer som överfördes genom backcrossing från en blandad bakgrund (t.ex. antingen B6;129 eller STOCK) till en inavelsbakgrund inte i den konventionella nomenklaturen för kongeniska stammar. Många namn på genetiskt modifierade och muterade mössstammar har dock ändrats för att tydligare ange mutationens ursprung (t.ex. B6.129P2-Apoetm1Unc/J).

Jackson Laboratory tillhandahåller ett stort antal histokompatibilitetskongena stammar. I vissa fall härstammar flera linjer från samma donatorstam och särskiljs med ett nummer och/eller en bokstav inom parentes (t.ex. B10.129P-H11b(10M)/SnJ och B10.129P-H46b H47b(21M)/Sn).

Under 2000 ändrades namnen på ett stort antal stammar av JAX®-möss för att ange mutationens ursprungsstam. Exempel på nomenklaturändringar

Exempel 1.

Note: Detta stamnamn bör inte förväxlas med namnet på en mutation som upprätthålls på en blandad genetisk bakgrund B6;129P, där stamförkortningarna i namnet skiljs åt med ett semikolon i stället för en punkt (se exempel 5). Vi har inkluderat ytterligare information (stamtyp, kontrollinformation, bakgrunds- och donatorstammar samt generationsnummer) i uppgifterna om kongena stammar både i vår tryckta litteratur och på vår webbplats för att tydligare beskriva den genetiska bakgrunden.

Exempel 2.

Note: Cg (för congenic) används när det finns flera donatorstammar eller när donatorstammen har en blandad genetisk bakgrund.

Exempel 3.

Anmärkning: I detta exempel används Cg för att undvika att antyda att båda mutationerna uppstod på DBA/J samtidigt som man visar att pälsfärgsmärket misty (m) och mutationen diabetes (Leprdb) upprätthålls i avstötning.

Exempel 4.

Note: Ytterligare bidragande genetiskt material kan ingå inom parentes efter donatorstammen. I detta exempel har en riktad mutation överförts från en blandad B6;129P-bakgrund till en tredje inavelsstam. Den genomiska region som flankerar den riktade genen är 129P2-liknande på grund av ES-cellinjens ursprung, men en okänd del av stammens genom kan vara av C57BL/6-ursprung. Mängden donatorstam-DNA, både kopplat och icke-kopplat till det differentiella locus, minskar med ökande generationer av backcrossing.

Stam med en mutation som bärs på en blandad genetisk bakgrund

Exempel 5.

Note: Detta är inte en kongenisk, utan snarare en blandning av C57BL/6 och 129P2 (från ES-cellinjen) och segregerar därför alleler från dessa två stammar. Komma mellan stamförkortningar ersattes med semikolon för att göra en tydligare distinktion från punkt i kongenisk nomenklatur.

Stammar med nomenklatur som inte ändrats, men som bär alleler från olika ursprung

Exempel 6.

Note: Denna stam framställdes genom parning, inte backcrossing, av tre individuella kongena stammar med differentiella alleler som redan fanns på en genetisk C57BL/6J-bakgrund (B6.C-Igha, B6.PL-Thy1a och B6.CAST-Gpi1).