I den här studien karaktäriserar vi den genetiska mångfalden och relationerna mellan shia- och sunnimuslimska befolkningar i Nordindien och geografiskt riktade grannpopulationer och globala populationer. Vi undersökte ett antal parametrar av populationsgenetiskt och kriminaltekniskt intresse baserat på allelfrekvenser från 15 autosomala STR-loci (D8S1179, D21S11, D7S820, CSF1PO, D19S433, VWA, TPOX, D18S51, D3S1358, THO1, D13S317, D16S539, D2S1338, D5S818 och FGA). Alla studerade loci överensstämde med Hardy-Weinberg-jämvikt, utom loci D18S51 och FGA för båda de muslimska populationerna, även efter tillämpning av Bonferroni-korrigering. De kombinerade värdena för uteslutningsförmåga och diskrimineringsförmåga för alla 15 STR-loci var 0,9999 respektive >0,99999 i båda de muslimska populationerna. Värdena för gendiversitet varierade från 0,6784 (TPOX) till 0,9027 (FGA) för shiamuslimer och från 0,7152 (CSF1PO) till 0,9120 (D18S51) för sunnimuslimer. Den observerade heterozygositeten (H(o)) varierade från 0,5833 (D18S51) till 0,8595 (VWA) hos shiamuslimer och från 0,6818 (CSF1PO) till 0,8333 (D21S11) hos sunnimuslimer, och den var lägre än den förväntade heterozygositeten (H(e)) för elva av de femton typade STR:erna. Vi analyserade de genetiska släktskapen mellan shia- och sunnimuslimska populationer och deras geografiskt närmast angränsande nordindiska, mellanösterns, östasiatiska och europeiska populationer med hjälp av avståndsbaserade metoder, inklusive grannföreningsträd och multidimensionell skalning. Dessutom uppskattade vi det genetiska bidraget från de förmodade föräldrapopulationer som ingick i analysen till den muslimska genpoolen för shia- och sunnimuslimerna med hjälp av blandningsanalys. Även om vi observerade en viss grad av genetiskt bidrag från Iran till båda de muslimska populationerna, tyder resultaten av de fylogenetiska analyserna baserade på autosomala STRs på genetiskt släktskap med några av de geografiskt närmast angränsande hinduiska religiösa populationerna.