Karaktärer och karaktärsmatriser

Karaktärer och deras karaktärstillstånd är medel för att beskriva egenskaper hos organismer. Mesquite stöder tecken vars tillstånd är kategoriska (diskreta och inte nödvändigtvis ordnade), kontinuerliga (mätningar med decimalvärde) eller meristiska (räkningar). Särskilda versioner av kategoriska tecken finns för DNA-, RNA- och proteinsekvensdata. För mer information som är specifik för dessa typer av tecken, se sidorna om molekylära och kontinuerliga tecken. Andra kategoriska tecken än molekylära tecken kan ha 55 tillstånd. Meristiska tecken är hela tal (och kan vara negativa).

Karaktärer kan finnas i matriser som lagras i en datafil. En matris kan således lagra en serie kategoriska tecken för att beskriva fenotypiska egenskaper. En separat matris kan lagra kontinuerliga tecken som beskriver mätningar som gjorts på organismerna, medan en tredje matris kan lagra DNA-sekvensdata, där varje anpassad plats behandlas som ett tecken (Mesquite behandlar för närvarande oanpassade data som om de vore anpassade, även om anpassningen kan ignoreras). Varje matris kan bara ha en enda typ av tecken, men en datafil kan innehålla mer än en matris.

Tecken kan också existera utanför matriser. Tecken kan till exempel skapas genom simuleringar och randomiseringar eller genom ordningar och användas direkt i beräkningar, utan att vid något tillfälle fångas upp i en matris och lagras i en fil. Den ”teckenkälla” som används för en beräkning kan alltså vara antingen matriser som lagras i filen eller tecken som skapas i farten genom simuleringar, slumpmässiga beräkningar eller ordinationer. Av denna anledning frågar Mesquite som standard vilken teckenkälla som ska användas när tecken eller matriser behövs. Eftersom vissa nybörjare kan tycka att denna fråga är förvirrande, kan du ställa in Mesquite så att det som standard väljer Stored Characters eller Stored Matrices, utan att fråga, genom att välja alternativet ”Use Stored Characters/Matrices by Default” (Använd Stored Characters/Matrices som standard) i undermenyn Defaults (Standard) i menyn File (Fil).

Det mesta på den här manualsidan gäller tecken/matriser som är lagrade i datafilen.

  • Typer av teckenmatriser
  • Skapa en teckenmatris
  • Radera och byta namn på teckenmatriser
  • Teckenmatrisredigeraren
    • Undgå
    • Att lägga till, ta bort, byta namn på och sortera taxa och tecken
    • Införa teckenuppgifter
    • Välja taxa, tecken och celler i matrisen
    • Sökning i matrisen
    • Kopiera/klistra in
    • Redigering av namn på tecken och stater
    • Annotationer
    • Färgning av celler i matrisen
    • Aterationer och transformationer
  • Ändring av teckenattribut
  • Kartläggning av information om tecken
  • Lista över alla teckenmatriser

Typer av teckenmatriser

Standardtyperna av teckenmatriser som finns tillgängliga i Mesquite är:

  • Standard kategoriska matriser – Tillstånden är diskreta, inte nödvändigtvis ordnade. Tecken kan ha så många som 55 tillstånd, vars symboler som standard är 0 – 9, A – H, K – N, P – Z, a – h, k – n, p – z. Polymorfismer (t.ex. tillstånd 0 och 2) indikeras med 0&2; osäkerhet (t.ex. tillstånd 0 eller 2) indikeras med 0/2. Ett helt okänt tillstånd anges som standard med ?. Om tecknet inte är tillämpligt på det taxonet är symbolen – som standard. Tillståndsnamn kan tilldelas med hjälp av Edit State Names.
  • DNA/RNA-matriser – Fyra tillstånd, A, C, G, T eller A, C, G, U. Standardiserade tvetydighetskoder (t.ex. R = A eller G) kan användas. Som standard är det okända tillståndet ? och luckan är -. Mer information om redigering av DNA-data finns här.
  • Proteinmatriser – Standardsymboler för aminosyror. Som standard är okänt tillstånd ?, gap är -. Mer information om redigering av proteindata finns här.
  • Kontinuerliga matriser – Tillstånden är kontinuerliga värden (t.ex. 1,02, 3e-4). En matris kan ha flera objekt, till exempel x, y eller min, max. Poster kan läggas till med hjälp av menyalternativen under Matrix>Utilities, eller med hjälp av informationspanelen för matrisen (visas med hjälp av det blå ”i” längst ned till vänster på matrisen). En speciell typ av kontinuerlig matris, Geographic, har två tecken (latitud, longitud). Mer information om kontinuerliga data finns här.
  • Meristiska matriser – Stater är hela tal (och kan vara negativa). Om tecknet inte är tillämpligt på det taxonet anges det med ett x, inte ”-” som i andra datatyper, för att undvika förväxling med minustecknet. Saknade uppgifter anges med ett frågetecken (?). Meristiska matriser kan ha flera poster, som kan läggas till med hjälp av informationspanelen för matrisen (visas med hjälp av det blå ”i” längst ned till vänster i matrisen).

Skapa en karaktärsmatris

Det finns flera sätt att skapa en karaktärsmatris som ska lagras i filen. Enklast är att skapa en tom (tom) matris genom att välja Characters>New Empty Matrix. I dialogrutan som visas namnger du teckenmatrisen och anger antalet tecken. Du måste också välja vilken typ av data matrisen ska innehålla (standardkategorisk, DNA- (eller RNA-) sekvensdata, kontinuerlig eller proteinsekvensdata). Normalt skapar du en tom matris om du ska börja skriva in observationer om organismer.

Det är också möjligt att skapa teckenmatriser som redan är fyllda med teckentillstånd. Om du till exempel vill göra en kopia av en befintlig teckenmatris väljer du Characters>Make New Matrix From>Stored Matrices. Om du vill skapa en matris från innehållet i klippbordet väljer du Characters>Make New Matrix From>Clipboard. Andra val som finns under Characters>Make New Matrix From> gör att du kan skapa och lagra matriser som är resultatet av simuleringar av karaktärernas utveckling, slumpmässiga anpassningar av befintliga matriser eller andra källor.

Karaktärsmatriser kan också läsas från filer, inklusive filer i NEXUS och andra format som kan importeras.

Släcka och byta namn på matriser

Det finns tre ställen där du kan byta namn på och ta bort teckenmatriser: i teckenmatrisredigeraren, i fönstret Lista över teckenmatriser och i projektpanelen.

I teckenmatrisredigeraren har undermenyn Current Matrix högst upp i matrismenyn menyalternativ för att byta namn på eller radera den matris som visas i fönstret.

I fönstret List of Character Matrices (tillgängligt i menyn Characters) kan du byta namn på en matris genom att redigera dess namn direkt. Om du vill ta bort matriser markerar du de rader som motsvarar de matriser som ska tas bort och väljer List>Delete Selected Character Matrices.

För att byta namn på en matris från projektpanelen till vänster i fönstren trycker du på matrisens namn tills en rullgardinsmeny visas:

Välj Rename Matrix från denna meny för att byta namn på matrisen. Du kan också använda den här rullgardinsmenyn för att ta bort en matris.

The Character Matrix Editor

När du har en teckenmatris kan du redigera den med hjälp av Mesquites Character Matrix Editor, som finns högst upp i menyn Characters. Det här är en kalkylbladeditor som liknar MacClade’s i stil. Även om Mesquite-redigeraren kan hantera kontinuerliga data och har särskilda verktyg, till exempel för att jämföra matriser, saknar den MacClades sofistikerade funktioner för visning och anpassning av molekylära sekvensdata. Eftersom MacClade och Mesquite delar NEXUS-filformatet kommer du för de flesta datafiler att kunna redigera matriser i något av programmen för att använda dem i det andra. Nedan finns instruktioner om hur man redigerar en teckenmatris. Det mesta av redigeringen kan göras i Character Matrix Editor, men vissa ändringar kan göras i andra fönster.

Tecknmatrisredigeraren styrs av menyerna Matrix och Select och av verktygen i paletten till vänster. Menyn Matrix innehåller objekt för att ändra kolumnbredder (undermenyn Display), ändra cellfärgningen och ändra teckendata.

Du kan begära att en panel ska visa information om matrisen och dess tecken genom att trycka på det blå ”i” () uppe till höger eller nere till vänster om matrisen.

Du kan ha mer än en matrisredigerare synlig för arbete på samma matris. För att få en andra Editor, välj Extra Matrix Editor från menyn Characters (tecken). Detta kan vara användbart om du vill ha redaktörerna inställda på olika vyer (t.ex. en på Birds eye view, eller färgad som översatt till protein).

Notera att för närvarande kan många ändringar du gör i en teckenmatris inte ångras!

The Character Matrix Editor visar morfologiska data
The Character Matrix Editor visar DNA-sekvenser .

Det finns knappar längst ned till vänster i teckenmatriseditorn för att öppna fönstret List of Characters () och List of Taxa (). Omvänt har fönstret List of Characters en knapp () för att visa Character Matrix Editor.

Ångra

Mesquites teckenmatrisredigerare har en viss möjlighet att ångra den senast gjorda ändringen, beroende på vad den ändringen var. Du kan begära Undo i Edit-menyn. För närvarande kan man inte ångra att man raderar tecken, och inte heller att man raderar taxa. Vi arbetar för att utöka omfattningen av vad som kan ångras. (Om oförmågan att ångra oroar dig kanske du vill aktivera automatisk NEXUS-backup i undermenyn Defaults i menyn File och spara ofta).

Lägga till, ta bort, byta namn, slå ihop och sortera taxa och tecken

Det finns flera metoder för att lägga till taxa eller tecken i en befintlig matris. För att lägga till taxa väljer du antingen (Character Matrix) Matrix>Add Taxa… eller (Taxa) List>Add Taxa… för att lägga till taxa i slutet av matrisen, eller använder verktyget Add Taxa () i teckenmatrisen för att lägga till taxa vid den punkt i matrisen som berörs. Om du vill lägga till tecken väljer du antingen (Character Matrix) Matrix>Add Characters… för att lägga till tecken i slutet av matrisen eller använder verktyget Add Characters () i teckenmatrisen för att lägga till tecken vid den punkt i matrisen som berörs.

För att radera befintliga taxa väljer du antingen taxa i fönstret Taxa List (genom att röra vid taxonets nummer längst till vänster) och väljer (Taxa) List>Delete Selected Taxa (Taxa), eller så väljer du hela raden för taxa som ska raderas (genom att röra vid taxonets nummer längst till vänster) i teckenmatrisen och väljer (Character Matrix) Matrix>Delete Selected (Teckenmatris).

För att radera befintliga tecken markerar du antingen tecknen i fönstret List of Characters (genom att trycka på tecknets nummer längst till vänster) och väljer (Characters) List>Delete Selected Characters (Tecken), eller så markerar du hela raden för de tecken som ska raderas (genom att trycka på tecknets nummer längst till vänster) i Character Matrix (Teckenmatris) och väljer (Character Matrix) Matrix>Delete Selected (Teckenmatris).

För att byta namn på taxa eller tecken väljer du I-balken-verktyget () i fönstret Taxa List Window, List of Characters Window eller Character Matrix Window, väljer det namn som ska redigeras och skriver det nya namnet.

Taxa kan slås samman med hjälp av Merge Taxa i undermenyn Taxon Utilities i menyn Matrix. Detta kommer också att slå samman deras teckentillstånd i eventuella matriser. Om de två taxa har samma teckentillstånd används detta tillstånd för den sammanslagna taxan. Om en av de två taxa har saknade uppgifter eller en lucka (ej tillämplig), men den andra har ett tillstånd, används den andra taxans tillstånd (t.ex. ? + A = A). Om den ena taxa har en lucka och den andra saknar uppgifter, är resultatet saknade uppgifter. Om de två taxa har olika tillstånd som är enskilda tillstånd eller polymorfa, uppstår en polymorfism (t.ex. A + G = A&G). Om de två taxa har olika tillstånd och minst ett av dem är tvetydigt, uppstår en osäkerhet, såvida inte tvetydigheten helt och hållet ingår i den andra taxans polymorfism (t.ex. A&C + C/T = A/C/T; A&C&T + C/T = A&C&T).

För att ändra ordningen på tecken kan du markera och dra hela tecken i fönstret List of Characters (teckenlista) eller i redigeringsverktyget för teckenmatris. Du kan också använda sorteringsverktyget () för att sortera tecken automatiskt i alfabetisk eller numerisk ordning i den kolumn eller rad som du rör vid i dessa fönster.

Inmatning av teckendata

Du kan mata in teckendata antingen en cell i taget eller med hjälp av verktyg som tillåter inmatning av flera celler samtidigt. Tillgängliga verktyg visas i följande tabell.

Verktyg Aktion
I-balken Väljer en enskild cell och gör det möjligt att redigera innehållet i cellen som med vanlig text.
Välj och skriv Om det här verktyget är aktivt kommer ett tangenttryck att leda till att det enskilda värdet skrivs in i alla valda celler. Celler kan väljas med det här verktyget; genom att hålla ned Shift- eller Command-tangenten kan flera celler väljas.
Måla hink Det här verktyget fyller snabbt ett block av celler med ett visst tillstånd. Tillståndet (”färg”) kan väljas genom att röra vid ögondropparna på en cell med lämpligt tillstånd eller genom att välja Set Fill States från Paint Buckets rullgardinsmeny.
Eye Dropper Detta verktyg, när det rör vid en cell i matrisen, ställer in Paint Buckets ”färg” till tillstånden i den cellen.

Välja taxa, tecken och celler i matrisen

Mesquite har flera verktyg för att välja taxa, tecken eller dataceller, som beskrivs i följande tabell.

Tool Action
Arrow Väljer enskilda eller flera celler. Om du vill lägga till eller dra ifrån celler till ett befintligt urval håller du ned Kommandotangenten (eller Apple-tangenten) när du rör vid en cell. Om du vill utöka ett urval till att omfatta ett helt block av celler håller du ned Shift-tangenten när du rör vid en cell.
Wand Som standard markerar du alla celler som har samma värderade status som den cell du rör vid. Det vill säga, om du rör vid den på en cell med tillståndet ”1” kommer alla celler i hela matrisen med tillståndet ”1” att väljas. Med hjälp av rullgardinsmenyn kan du dock be den att välja alla celler med ett värde som är större än det som berörs, eller mindre än. Som standard väljer verktyget celler i hela matrisen. Med hjälp av rullgardinsmenyn kan du be om att begränsa urvalet till ett enda taxon eller ett enda tecken. Om du håller ned Shift-tangenten läggs den nya cellen till det befintliga urvalet. Om du håller ned Kommandotangenten (eller Apple) läggs de nya cellerna till det befintliga urvalet om du rör vid en cell som inte är markerad, och cellerna tas bort från det befintliga urvalet om cellen redan är markerad.
Taxon Wand Som standard väljs alla taxa som har samma tillstånd inom det tecken som rörs som det i den cell som rörs. Med hjälp av rullgardinsmenyn kan du dock be den att välja alla taxa med ett värde som är större än det som berörs, eller mindre än. Om du håller ned Shift-tangenten läggs de nya taxa till det befintliga urvalet. Om du håller ned Kommandotangenten (eller Apple-tangenten) läggs den nya taxa till det befintliga urvalet om du rör vid en taxa som inte är markerad, och taxan tas bort från det befintliga urvalet om taxan redan är markerad.
Karaktärsstaven Väljer som standard alla tecken som har samma tillstånd inom det tecken som rörs som det i den cell som rörs. Med hjälp av rullgardinsmenyn kan du dock be den att välja alla tecken med ett värde som är större än det som berörs, eller mindre än. Om du håller ned Shift-tangenten läggs de nya tecknen till det befintliga urvalet. Om du håller ned Kommandotangenten (eller Apple-tangenten) läggs de nya tecknen till det befintliga urvalet om du rör vid ett tecken som inte är markerat, och tecknen tas bort från det befintliga urvalet om tecknet redan är markerat.

Taxa, tecken och celler kan också väljas med hjälp av objekt i menyn Välj i teckenmatrisredigeraren. Med dessa kan du välja variabla tecken, välja sekvenssträckor som matchar en aktuell markerad sträcka, vända det aktuella urvalet och utföra andra ändringar av urvalet.

Sökning i matrisen

Innehållet i matrisen kan sökas på två sätt. För det första kan sökområdet högst upp i fönstret ställas in på Search Data (ställas in genom att klicka på den lilla ikonen tills den visas som ). Därefter kan du skriva in en söksträng och trycka på return.

För det andra kan du söka i matrisen med hjälp av kommandona Sök i Edit-menyn och Select by Search i Select-menyn. I menyn Redigera väljer Sök sträng… den första instanscellen i matrisen som innehåller den givna textsträngen. Det söker först efter taxonnamn, teckennamn och teckentillstånd i matrisen. Du kan hitta efterföljande instanser med hjälp av kommandot Find Again. Find All väljer alla de celler som innehåller en given sträng. Find Footnote fungerar som Find String, förutom att det markerar celler som innehåller fotnoter med den givna texten. (För att hitta text i de mer utförliga Annotationerna måste du kalla upp ett annotationsfönster med hjälp av verktyget Annotera (penna) i teckenmatrisredigeraren och sedan välja Hitta Annotation i menyn Anteckningar.)

Kopiera/klistra in

Du kan kopiera taxon- och teckennamn från ett område i matrisen till ett annat och från en matris till en annan. Du kan också kopiera en eller flera celler i matrisen till Urklipp och klistra in dem i en annan region i matrisen eller i en annan matris. Mesquite tillåter dig att göra med diskontinuerliga val, så länge antalet celler som valts i det första taxonet som väljs när du kopierar är detsamma som antalet celler som valts i det första taxonet som väljs när du klistrar in, och detsamma för efterföljande taxa. Det vill säga, om du väljer två celler i taxon 3, en cell i taxon 5 och fyra celler i taxon 7 och kopierar detta till Urklipp, måste du när du klistrar in välja två celler i den första taxon som du ska klistra in, en i nästa och fyra i den sista.

Mesquite låter dig inte klistra in ett block av celler i matrisen samtidigt som du har valt ett annorlunda format block i matrisen. Om du försöker göra det kommer Mesquite dock att erbjuda dig att ändra markeringen så att den täcker samma antal celler som i markeringen. Du kan sedan försöka klistra in igen.

Redigering av namn på tecken och tillstånd

Teckennamn kan tilldelas antingen genom att redigera kolumnrubrikerna i teckenmatrisredigeraren eller genom att redigera teckennamnen direkt i fönstret List of Characters.

Med redaktören för statsnamn, som är tillgänglig genom att välja (Character Matrix) Matrix>Edit State Names, kan du namnge staterna för kategoriska tecken. Den är inte tillgänglig om din matris är specificerad som nukleotid- eller proteindata. Du kan ändra orienteringen (tillstånd genom tecken, eller tecken genom tillstånd) för State Names Editor genom att trycka på dubbelpilen uppe till vänster i fönstret. Fotnoter kan knytas till särskilda tillstånd genom att välja tillståndet och skriva fotnoten i annotationsområdet längst ned i fönstret.

Anteckningar

Du kan anteckna teckenmatrisen genom att fästa enkla fotnoter, mer utförliga anteckningar eller färger till taxa, tecken eller celler i matrisen. Enkla fotnoter kan fästas genom att välja cellen med pilen eller I-balken-verktyget och sedan gå till det vita annotationsområdet längst ner i fönstret och skriva in fotnoten. Mer utförliga anteckningar och färger kan fästas med hjälp av panelen Annotationer, som är tillgänglig genom att välja Visa panelen Annotationer i matrismenyn. För närvarande är systemen för fotnoter och annotationer åtskilda i Mesquite – fotnoterna visas i annotationsområdet längst ner i många fönster; de utförliga annotationerna visas i en panel som är inbäddad i teckenmatrisredigeraren. En exempeldatafil med annotationer finns i Mesquite_Folder/examples/Basic_Examples/characters/11a-annotations.nex

Panelen för annotationer visas till höger i fönstret, enligt följande:

Panelen för annotationer ovan visar de eventuella annotationer som är kopplade till ett visst taxon, tecken eller en cell i matrisen (beroende på vad som valdes med verktyget för annotationer (penna)). Anteckningar kan läggas till eller tas bort med hjälp av knapparna (+) eller papperskorgen uppe till vänster. En bild kan läggas till för varje anteckning, och etiketter kan läggas till bilderna med hjälp av I-balkens markör. För att kontrollera utseendet på dessa etiketter högerklickar du eller kontrollklickar du på etiketten för att få upp en rullgardinsmeny där du kan justera teckensnitt, färg och andra egenskaper för etiketten. Etikettens pekare kan flyttas med hjälp av verktyget Adjust Pointer. Andra funktioner för anteckningarna kan nås med hjälp av undermenyn Anteckningar i matrismenyn. Du kan söka efter anteckningar som innehåller text med hjälp av menyalternativet Find Annotation i undermenyn Annotations.

Färga celler i matrisen

Celler eller deras text kan färgas. Standardbakgrundsfärgen för cellerna väljs i undermenyn (teckenmatris) Matrix>Bakgrundsfärg. Färger för att särskilja olika celler kan anges med hjälp av punkterna i undermenyerna (Character Matrix) Matrix>Color Cells och (Character Matrix) Matrix>Color Text. I dessa undermenyer anges vilken färg som ska användas för cellens bakgrund eller för texten i cellen enligt följande kriterier:

  • Karaktärsvärde – En cell färgas enligt ett värde för hela tecknet, t.ex. parsimony-teckensteg.
  • Cellvärde – En cell färgas enligt ett värde för just den cellen. Med DNA-sekvensdata kan cellerna till exempel färgas blå om platsen är G eller C, vit om A eller T. Genom att välja (Character Matrix) Matrix>Moving Window (for colors)… kan du ställa in storleken på det rörliga fönster över vilket GC-innehållet medelvärdesbildas. Andra cellvärden är tillgängliga för aminosyreegenskaper (t.ex, hydrofobicitet)
  • Exkluderad – En cell färgas grå om dess tecken är uteslutet.
  • Fotnot närvarande- En cell färgas grön om den har en fotnot.
  • Karaktärstillstånd – En cell färgas enligt teckentillståndet (t.ex. olika färger för A, C, G, T)
  • Anteckning bifogad – En cell färgas grönt om en anteckning (inte fotnoter, utan fullständiga komplexa anteckningar) är bifogad till den.
  • Associerade färger – En cell visas med den färg som tilldelats av penselverktyget (). Om du vill tilldela en färg till en cell klickar du på cellen med penseln. Rör vid och håll kvar knappen i verktygspaletten för att få fram en meny där du kan välja den färg som används, ta bort färger eller färga alla markerade celler.

När cellerna är färgade kan du begära en legend för färgerna genom att välja Visa färglegend i matrismenyn eller genom att röra vid den lilla knappen() längst ned till vänster i matrisredigeraren (under taxonnamnen). Om du dubbelklickar på en färg i matrisen flyttas redigeraren till en cell med den färgen.

Ändringar och omvandlingar

Följande är tillgängliga i menyn Alter/Transform i matrismenyn för att ändra cellerna eller tecknen i en matris:

  • Fyllning av valda celler med ett specificerat tillstånd: Välj (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Fill
  • Fyllning av valda celler med slumpmässiga tillstånd med samma frekvens för alla tillstånd: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Random Fill
  • Förändra slumpmässigt tillstånden inom ett tecken bland de valda taxa: Välj (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Shuffle states among taxa
  • För nukleotidsekvensdata, konvertera posterna i varje cell till deras komplement: Välj (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Nukleotidkomplement
  • Vänd en vald molekylär sekvens: Välj (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence
  • För att ta bort tecken som inte består av annat än luckor: Välj (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Reverse Sequence: Välj (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Gaps-Only Characters
  • Removing invariant characters: Choose (Character Matrix) Matrix>Alter/Transform>Remove Invariant Characters

Ändra attribut för tecken

Ett tecken kan förutom att ha tilldelade tillstånd i vart och ett av de terminala taxa även ha andra attribut. Ett tecken är till exempel markerat som inkluderat eller uteslutet, och det har antaganden som tillskrivs det, till exempel en vikt och en sparsam utvecklingsmodell. Dessa attribut används i olika beräkningar. De kan tilldelas i fönstren List of Characters, som finns i menyn Characters.

I fönstret List of Characters hänvisar kolumnerna till inkludering, parsimonimodell och sannolikhetsmodell (för sannolikhetsberäkningar). Andra kolumner kan begäras för grupptillhörighet, vikt och (för DNA-data) kodonposition. Du kan be om att få visa en kolumn med hjälp av menyn Kolumner. För var och en av dessa kolumner kan det tilldelade attributet ändras genom att först antingen välja de tecken som ska ändras (om endast vissa tecken ska ändras) eller välja attributets kolumn (om alla tecken ska ändras). Genom att trycka på kolumnens namn (där en inverterad svart triangel ska visas) visas en rullgardinsmeny där du kan göra en lämplig specifikation.

För vart och ett av de andra attributen än grupptillhörighet är de tre nedersta menyalternativen att till filen lagra den aktuella specifikationen som en namngiven specifikationsuppsättning (som att spara en typsättning eller viktuppsättning i MacClade), att ersätta en befintlig specifikationsuppsättning med den aktuella eller att läsa in en lagrad specifikationsuppsättning så att den blir den aktuella.

Nedan följer de alternativ som är specifika för varje kolumn:

  • Inclusion – Med Include, Exclude och Reverse kan du ändra teckeninkludering. Omvändning ändrar uteslutna till inkluderade och vice versa. Tecken som utesluts deltar inte i trädlängd och många andra beräkningar. Uteslutning respekteras inte generellt av beräkningarna, för vissa beräkningar använder även tecken som är uteslutna.
  • Parsimonimodell – I undermenyn Modell kan du välja en parsimonimodell som ska tilldelas tecknen, för användning i parsimoniberäkningar.
  • Sannolikhetsmodell – I undermenyn Modell kan du välja en sannolikhetsmodell att tilldela tecknen, för användning vid sannolikhetsberäkningar och simuleringar.
  • Grupptillhörighet – I bilden ovan visas Grupptillhörighet i den sista kolumnen. För att tilldela tecken till grupper måste du först skapa grupper med hjälp av Ny grupp. Du kan till exempel skapa en grupp Adult Characters och en annan grupp Larval Characters. Därefter kan du tilldela tecken till gruppen med hjälp av undermenyn Set Group (Ange grupp). Du kan också redigera gruppens färg och byta namn på gruppen. Gruppfärgen är användbar för att särskilja tecken i olika grupper, till exempel i diagram eller i redigeringsverktyget för teckenmatris.
  • Vikt – Med menyalternativet Ange vikt kan du ställa in den vikt som tilldelas tecknet. Detta används för närvarande vid beräkningar av trädlängder.
  • Codonpositioner – Denna kolumn är tillgänglig för DNA-data. Med rullgardinsmenyn kan du tilldela positioner.

Kartläggning av information om tecken

Informativ statistik och värden för tecken kan visas eller kartläggas i olika fönster. I menyn Analys kan man begära ett streck & linjediagram för att visa fördelningen av ett värde för en serie tecken. Till exempel kan antalet parsimonysteg i tecknen i ett aktuellt träd kartläggas. Scattergrammet som finns tillgängligt i analysmenyn visar tecken i ett tvådimensionellt rum där X-axeln är ett visst värde (t.ex. teckenets sannolikhet under ett träd) och Y-axeln ett annat värde (t.ex. teckenets sannolikhet under ett annat träd). Värden för karaktärer kan också visas i fönstret Lista över karaktärer, där kolumner kan läggas till (i menyn Lista) för att visa utvald statistik för var och en av karaktärerna.

Lista alla teckenmatriser

Menyvalet List of Character Matrices (Lista teckenmatriser) under Characters (Tecken) ger en lista över teckenmatriser. Här kan du visa statistik och ändra namn på teckenmatriser.

Caraktärmatriser kan markeras som ”dolda”, vilket innebär att de inte kommer att finnas med i de flesta menyer och dialogrutor där du kan välja matriser, och de kommer inte att visas i projektpanelen till vänster i fönstret. För att ställa in synligheten går du till List of Character Matrices, Column>Visibility of Matrix. När kolumnen visas väljer du raderna för de matriser vars synlighet du vill ändra och väljer Toggle Visibility från rullgardinsmenyn högst upp i kolumnen.